htsworkflow/frontend/experiments/admin.py

   1 from htsworkflow.frontend.experiments.models import FlowCell, DataRun, ClusterStation, Sequencer, Lane
   2 from django.contrib import admin
   3 from django.contrib.admin.widgets import FilteredSelectMultiple
   4 from django.forms import ModelForm
   5 from django.forms.fields import Field, CharField
   6 from django.forms.widgets import TextInput
   7 from django.utils.translation import ugettext_lazy as _
   8
   9 class DataRunOptions(admin.ModelAdmin):
  10   search_fields = [
  11       'run_folder',
  12       'run_note',
  13       'config_params', ]
  14   list_display = [
  15       'run_folder',
  16       'Flowcell_Info',
  17       'run_start_time',
  18       'main_status',
  19       'run_note',
  20   ]
  21   list_filter = ('run_status', 'run_start_time')
  22
  23 # lane form setup needs to come before Flowcell form config
  24 # as flowcell refers to the LaneInline class
  25 class LaneForm(ModelForm):
  26     comment = CharField(widget=TextInput(attrs={'size':'80'}), required=False)
  27
  28     class Meta:
  29         model = Lane
  30
  31 class LaneInline(admin.StackedInline):
  32     """
  33     Controls display of Lanes on the Flowcell form.
  34     """
  35     model = Lane
  36     max_num = 8
  37     extra = 8
  38     form = LaneForm
  39     raw_id_fields = ('library',)
  40     fieldsets = (
  41       (None, {
  42         'fields': ('lane_number', 'flowcell',
  43                    ('library',),
  44                    ('pM', 'cluster_estimate', 'status'),
  45                    'comment',)
  46       }),
  47     )
  48
  49 class LaneOptions(admin.ModelAdmin):
  50     """
  51     Controls display of Lane browser
  52     """
  53     search_fields = ('=flowcell__flowcell_id', 'library__id', 'library__library_name' )
  54     list_display = ('flowcell', 'lane_number', 'library', 'comment')
  55     fieldsets = (
  56       (None, {
  57         'fields': ('lane_number', 'flowcell',
  58                    ('library'),
  59                    ('pM', 'cluster_estimate'))
  60       }),
  61       ('Optional', {
  62         'classes': ('collapse', ),
  63         'fields': ('comment', )
  64       }),
  65     )
  66
  67 class FlowCellOptions(admin.ModelAdmin):
  68     date_hierarchy = "run_date"
  69     save_on_top = True
  70     search_fields = ('flowcell_id',
  71         'sequencer__name',
  72         'cluster_station__name',
  73         '=lane__library__id',
  74         'lane__library__library_name')
  75     list_display = ('flowcell_id','run_date','Lanes')
  76     list_filter = ('sequencer','cluster_station')
  77     fieldsets = (
  78         (None, {
  79           'fields': ('run_date', ('flowcell_id','cluster_station','sequencer'),
  80                     ('read_length', 'control_lane', 'paired_end'),)
  81         }),
  82         ('Notes:', { 'fields': ('notes',),}),
  83     )
  84     inlines = [
  85       LaneInline,
  86     ]
  87
  88     def formfield_for_dbfield(self, db_field, **kwargs):
  89         field = super(FlowCellOptions, self).formfield_for_dbfield(db_field,
  90                                                                    **kwargs)
  91         # Override field attributes
  92         if db_field.name == "notes":
  93             field.widget.attrs["rows"] = "3"
  94         return field
  95
  96 class ClusterStationOptions(admin.ModelAdmin):
  97     list_display = ('name', )
  98     fieldsets = ( ( None, { 'fields': ( 'name', ) } ), )
  99
 100 class SequencerOptions(admin.ModelAdmin):
 101     list_display = ('name', )
 102     fieldsets = ( ( None, { 'fields': ( 'name', ) } ), )
 103
 104
 105 #admin.site.register(DataRun, DataRunOptions)
 106 admin.site.register(FlowCell, FlowCellOptions)
 107 admin.site.register(ClusterStation, ClusterStationOptions)
 108 admin.site.register(Sequencer, SequencerOptions)
 109 admin.site.register(Lane, LaneOptions)