htsworkflow/frontend/experiments/migrations/0002_auto__add_flowcelltype.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 from south.utils import datetime_utils as datetime
   3 from south.db import db
   4 from south.v2 import SchemaMigration
   5 from django.db import models
   6
   7
   8 class Migration(SchemaMigration):
   9
  10     def forwards(self, orm):
  11         # Adding model 'FlowCellModel'
  12         db.create_table(u'experiments_flowcellmodel', (
  13             (u'id', self.gf('django.db.models.fields.AutoField')(primary_key=True)),
  14             ('name', self.gf('django.db.models.fields.TextField')()),
  15             ('fixed_time', self.gf('django.db.models.fields.IntegerField')(default=0)),
  16             ('per_cycle_time', self.gf('django.db.models.fields.IntegerField')(default=0)),
  17             ('isdefault', self.gf('django.db.models.fields.BooleanField')(default=False)),
  18         ))
  19         db.send_create_signal(u'experiments', ['FlowCellModel'])
  20
  21         default = orm.FlowCellModel.objects.create()
  22         default.id = 1
  23         default.name = 'classic'
  24         default.fixed_time = 800
  25         default.per_cycle_time = 800
  26         default.isdefault = True
  27         default.save()
  28
  29         # Adding field 'FlowCell.flowcell_model'
  30         db.add_column(u'experiments_flowcell', 'flowcell_model',
  31                       self.gf('django.db.models.fields.related.ForeignKey')(default=1, to=orm['experiments.FlowCellModel']),
  32                       keep_default=False)
  33
  34
  35     def backwards(self, orm):
  36         # Deleting model 'FlowCellModel'
  37         db.delete_table(u'experiments_flowcellmodel')
  38
  39         # Deleting field 'FlowCell.flowcell_model'
  40         db.delete_column(u'experiments_flowcell', 'flowcell_model_id')
  41
  42
  43     models = {
  44         u'auth.group': {
  45             'Meta': {'object_name': 'Group'},
  46             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  47             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '80'}),
  48             'permissions': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'to': u"orm['auth.Permission']", 'symmetrical': 'False', 'blank': 'True'})
  49         },
  50         u'auth.permission': {
  51             'Meta': {'ordering': "(u'content_type__app_label', u'content_type__model', u'codename')", 'unique_together': "((u'content_type', u'codename'),)", 'object_name': 'Permission'},
  52             'codename': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100'}),
  53             'content_type': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['contenttypes.ContentType']"}),
  54             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  55             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'})
  56         },
  57         u'auth.user': {
  58             'Meta': {'object_name': 'User'},
  59             'date_joined': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {'default': 'datetime.datetime.now'}),
  60             'email': ('django.db.models.fields.EmailField', [], {'max_length': '75', 'blank': 'True'}),
  61             'first_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '30', 'blank': 'True'}),
  62             'groups': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'symmetrical': 'False', 'related_name': "u'user_set'", 'blank': 'True', 'to': u"orm['auth.Group']"}),
  63             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  64             'is_active': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'True'}),
  65             'is_staff': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
  66             'is_superuser': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
  67             'last_login': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {'default': 'datetime.datetime.now'}),
  68             'last_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '30', 'blank': 'True'}),
  69             'password': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '128'}),
  70             'user_permissions': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'symmetrical': 'False', 'related_name': "u'user_set'", 'blank': 'True', 'to': u"orm['auth.Permission']"}),
  71             'username': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '30'})
  72         },
  73         u'contenttypes.contenttype': {
  74             'Meta': {'ordering': "('name',)", 'unique_together': "(('app_label', 'model'),)", 'object_name': 'ContentType', 'db_table': "'django_content_type'"},
  75             'app_label': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100'}),
  76             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  77             'model': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100'}),
  78             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100'})
  79         },
  80         u'experiments.clusterstation': {
  81             'Meta': {'ordering': "['-isdefault', 'name']", 'object_name': 'ClusterStation'},
  82             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  83             'isdefault': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
  84             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '50'})
  85         },
  86         u'experiments.datafile': {
  87             'Meta': {'object_name': 'DataFile'},
  88             'data_run': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.DataRun']"}),
  89             'file_type': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.FileType']"}),
  90             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  91             'library': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Library']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
  92             'random_key': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'default': "'0bbbaa1c-82f1-11e3-82b3-f0def16fbea3'", 'max_length': '64', 'db_index': 'True'}),
  93             'relative_pathname': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '255', 'db_index': 'True'})
  94         },
  95         u'experiments.datarun': {
  96             'Meta': {'object_name': 'DataRun'},
  97             'alignment_software': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
  98             'alignment_version': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
  99             'basecall_software': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
 100             'basecall_version': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
 101             'comment': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'}),
 102             'cycle_start': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 103             'cycle_stop': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 104             'flowcell': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.FlowCell']"}),
 105             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 106             'image_software': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
 107             'image_version': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
 108             'last_update_time': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {}),
 109             'result_dir': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '255'}),
 110             'run_start_time': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {}),
 111             'run_status': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 112             'runfolder_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'})
 113         },
 114         u'experiments.filetype': {
 115             'Meta': {'object_name': 'FileType'},
 116             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 117             'mimetype': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 118             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
 119             'regex': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'null': 'True', 'blank': 'True'})
 120         },
 121         u'experiments.flowcell': {
 122             'Meta': {'ordering': "['-run_date']", 'object_name': 'FlowCell'},
 123             'advanced_run': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 124             'cluster_station': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.ClusterStation']"}),
 125             'control_lane': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 126             'flowcell_id': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '20', 'db_index': 'True'}),
 127             'flowcell_model': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'default': 'None', 'to': u"orm['experiments.FlowCellModel']"}),
 128             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 129             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'}),
 130             'paired_end': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 131             'read_length': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '32'}),
 132             'run_date': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {}),
 133             'sequencer': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.Sequencer']"})
 134         },
 135         u'experiments.flowcellmodel': {
 136             'Meta': {'object_name': 'FlowCellModel'},
 137             'fixed_time': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '0'}),
 138             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 139             'isdefault': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 140             'name': ('django.db.models.fields.TextField', [], {}),
 141             'per_cycle_time': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '0'})
 142         },
 143         u'experiments.lane': {
 144             'Meta': {'object_name': 'Lane'},
 145             'cluster_estimate': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 146             'comment': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 147             'flowcell': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.FlowCell']"}),
 148             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 149             'lane_number': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {}),
 150             'library': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Library']"}),
 151             'pM': ('django.db.models.fields.DecimalField', [], {'default': '5', 'max_digits': '5', 'decimal_places': '2'}),
 152             'status': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'})
 153         },
 154         u'experiments.sequencer': {
 155             'Meta': {'ordering': "['-isdefault', '-active', 'name']", 'object_name': 'Sequencer'},
 156             'active': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'True'}),
 157             'comment': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '255'}),
 158             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 159             'instrument_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'db_index': 'True'}),
 160             'isdefault': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 161             'model': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '255'}),
 162             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'db_index': 'True'}),
 163             'serial_number': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'db_index': 'True'})
 164         },
 165         u'samples.affiliation': {
 166             'Meta': {'ordering': "['name', 'contact']", 'unique_together': "(('name', 'contact'),)", 'object_name': 'Affiliation'},
 167             'contact': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '256', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 168             'email': ('django.db.models.fields.EmailField', [], {'max_length': '75', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 169             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 170             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '256', 'db_index': 'True'}),
 171             'users': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'symmetrical': 'False', 'to': u"orm['samples.HTSUser']", 'null': 'True', 'blank': 'True'})
 172         },
 173         u'samples.antibody': {
 174             'Meta': {'ordering': "['antigene']", 'object_name': 'Antibody'},
 175             'antibodies': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '500', 'db_index': 'True'}),
 176             'antigene': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '500', 'db_index': 'True'}),
 177             'biology': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 178             'catalog': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 179             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 180             'nickname': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'db_index': 'True', 'max_length': '20', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 181             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 182             'source': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'db_index': 'True', 'max_length': '500', 'null': 'True', 'blank': 'True'})
 183         },
 184         u'samples.cellline': {
 185             'Meta': {'ordering': "['cellline_name']", 'object_name': 'Cellline'},
 186             'cellline_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '100', 'db_index': 'True'}),
 187             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 188             'nickname': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'db_index': 'True', 'max_length': '20', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 189             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'})
 190         },
 191         u'samples.condition': {
 192             'Meta': {'ordering': "['condition_name']", 'object_name': 'Condition'},
 193             'condition_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '2000', 'db_index': 'True'}),
 194             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 195             'nickname': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'db_index': 'True', 'max_length': '20', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 196             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'})
 197         },
 198         u'samples.experimenttype': {
 199             'Meta': {'object_name': 'ExperimentType'},
 200             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 201             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '50'})
 202         },
 203         u'samples.htsuser': {
 204             'Meta': {'ordering': "['first_name', 'last_name', 'username']", 'object_name': 'HTSUser', '_ormbases': [u'auth.User']},
 205             u'user_ptr': ('django.db.models.fields.related.OneToOneField', [], {'to': u"orm['auth.User']", 'unique': 'True', 'primary_key': 'True'})
 206         },
 207         u'samples.library': {
 208             'Meta': {'ordering': "['-id']", 'object_name': 'Library'},
 209             'account_number': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 210             'affiliations': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'symmetrical': 'False', 'related_name': "'library_affiliations'", 'null': 'True', 'to': u"orm['samples.Affiliation']"}),
 211             'amplified_from_sample': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'blank': 'True', 'related_name': "'amplified_into_sample'", 'null': 'True', 'to': u"orm['samples.Library']"}),
 212             'antibody': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Antibody']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 213             'bioanalyzer_concentration': ('django.db.models.fields.DecimalField', [], {'null': 'True', 'max_digits': '5', 'decimal_places': '2', 'blank': 'True'}),
 214             'bioanalyzer_image_url': ('django.db.models.fields.URLField', [], {'default': "''", 'max_length': '200', 'blank': 'True'}),
 215             'bioanalyzer_summary': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'default': "''", 'blank': 'True'}),
 216             'cell_line': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Cellline']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 217             'condition': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Condition']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 218             'creation_date': ('django.db.models.fields.DateField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 219             'experiment_type': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.ExperimentType']"}),
 220             'gel_cut_size': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '225', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 221             'hidden': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 222             'id': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '10', 'primary_key': 'True'}),
 223             'insert_size': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 224             'library_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '100'}),
 225             'library_species': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Species']"}),
 226             'library_type': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.LibraryType']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 227             'made_by': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'default': "'Lorian'", 'max_length': '50', 'blank': 'True'}),
 228             'made_for': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'blank': 'True'}),
 229             'multiplex_id': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '128', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 230             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'}),
 231             'replicate': ('django.db.models.fields.PositiveSmallIntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 232             'stopping_point': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'default': "'Done'", 'max_length': '25'}),
 233             'successful_pM': ('django.db.models.fields.DecimalField', [], {'null': 'True', 'max_digits': '9', 'decimal_places': '1', 'blank': 'True'}),
 234             'tags': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'blank': 'True', 'related_name': "'library_tags'", 'null': 'True', 'symmetrical': 'False', 'to': u"orm['samples.Tag']"}),
 235             'ten_nM_dilution': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 236             'undiluted_concentration': ('django.db.models.fields.DecimalField', [], {'null': 'True', 'max_digits': '5', 'decimal_places': '2', 'blank': 'True'})
 237         },
 238         u'samples.librarytype': {
 239             'Meta': {'ordering': "['-id']", 'object_name': 'LibraryType'},
 240             'can_multiplex': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'True'}),
 241             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 242             'is_paired_end': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'True'}),
 243             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '255'})
 244         },
 245         u'samples.species': {
 246             'Meta': {'ordering': "['scientific_name']", 'object_name': 'Species'},
 247             'common_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '256', 'blank': 'True'}),
 248             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 249             'scientific_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '256', 'db_index': 'True'})
 250         },
 251         u'samples.tag': {
 252             'Meta': {'ordering': "['context', 'tag_name']", 'object_name': 'Tag'},
 253             'context': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'default': "'Library'", 'max_length': '50'}),
 254             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 255             'tag_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100', 'db_index': 'True'})
 256         }
 257     }
 258
 259     complete_apps = ['experiments']