htsworkflow/frontend/experiments/migrations/0002_auto__add_flowcelltype.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 from south.utils import datetime_utils as datetime
   3 from south.db import db
   4 from south.v2 import SchemaMigration
   5 from django.db import models
   6
   7
   8 class Migration(SchemaMigration):
   9
  10     def forwards(self, orm):
  11         # Adding model 'FlowCellModel'
  12         db.create_table(u'experiments_flowcellmodel', (
  13             (u'id', self.gf('django.db.models.fields.AutoField')(primary_key=True)),
  14             ('name', self.gf('django.db.models.fields.TextField')()),
  15             ('fixed_time', self.gf('django.db.models.fields.IntegerField')(default=0)),
  16             ('per_cycle_time', self.gf('django.db.models.fields.IntegerField')(default=0)),
  17             ('isdefault', self.gf('django.db.models.fields.BooleanField')(default=False)),
  18         ))
  19         db.send_create_signal(u'experiments', ['FlowCellModel'])
  20
  21         # Adding field 'FlowCell.flowcell_model'
  22         db.add_column(u'experiments_flowcell', 'flowcell_model',
  23                       self.gf('django.db.models.fields.related.ForeignKey')(default=1, to=orm['experiments.FlowCellModel']),
  24                       keep_default=False)
  25
  26
  27     def backwards(self, orm):
  28         # Deleting model 'FlowCellModel'
  29         db.delete_table(u'experiments_flowcellmodel')
  30
  31         # Deleting field 'FlowCell.flowcell_model'
  32         db.delete_column(u'experiments_flowcell', 'flowcell_model_id')
  33
  34
  35     models = {
  36         u'auth.group': {
  37             'Meta': {'object_name': 'Group'},
  38             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  39             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '80'}),
  40             'permissions': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'to': u"orm['auth.Permission']", 'symmetrical': 'False', 'blank': 'True'})
  41         },
  42         u'auth.permission': {
  43             'Meta': {'ordering': "(u'content_type__app_label', u'content_type__model', u'codename')", 'unique_together': "((u'content_type', u'codename'),)", 'object_name': 'Permission'},
  44             'codename': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100'}),
  45             'content_type': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['contenttypes.ContentType']"}),
  46             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  47             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'})
  48         },
  49         u'auth.user': {
  50             'Meta': {'object_name': 'User'},
  51             'date_joined': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {'default': 'datetime.datetime.now'}),
  52             'email': ('django.db.models.fields.EmailField', [], {'max_length': '75', 'blank': 'True'}),
  53             'first_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '30', 'blank': 'True'}),
  54             'groups': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'symmetrical': 'False', 'related_name': "u'user_set'", 'blank': 'True', 'to': u"orm['auth.Group']"}),
  55             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  56             'is_active': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'True'}),
  57             'is_staff': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
  58             'is_superuser': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
  59             'last_login': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {'default': 'datetime.datetime.now'}),
  60             'last_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '30', 'blank': 'True'}),
  61             'password': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '128'}),
  62             'user_permissions': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'symmetrical': 'False', 'related_name': "u'user_set'", 'blank': 'True', 'to': u"orm['auth.Permission']"}),
  63             'username': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '30'})
  64         },
  65         u'contenttypes.contenttype': {
  66             'Meta': {'ordering': "('name',)", 'unique_together': "(('app_label', 'model'),)", 'object_name': 'ContentType', 'db_table': "'django_content_type'"},
  67             'app_label': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100'}),
  68             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  69             'model': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100'}),
  70             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100'})
  71         },
  72         u'experiments.clusterstation': {
  73             'Meta': {'ordering': "['-isdefault', 'name']", 'object_name': 'ClusterStation'},
  74             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  75             'isdefault': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
  76             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '50'})
  77         },
  78         u'experiments.datafile': {
  79             'Meta': {'object_name': 'DataFile'},
  80             'data_run': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.DataRun']"}),
  81             'file_type': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.FileType']"}),
  82             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  83             'library': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Library']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
  84             'random_key': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'default': "'0bbbaa1c-82f1-11e3-82b3-f0def16fbea3'", 'max_length': '64', 'db_index': 'True'}),
  85             'relative_pathname': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '255', 'db_index': 'True'})
  86         },
  87         u'experiments.datarun': {
  88             'Meta': {'object_name': 'DataRun'},
  89             'alignment_software': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
  90             'alignment_version': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
  91             'basecall_software': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
  92             'basecall_version': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
  93             'comment': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'}),
  94             'cycle_start': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
  95             'cycle_stop': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
  96             'flowcell': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.FlowCell']"}),
  97             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  98             'image_software': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
  99             'image_version': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
 100             'last_update_time': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {}),
 101             'result_dir': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '255'}),
 102             'run_start_time': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {}),
 103             'run_status': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 104             'runfolder_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'})
 105         },
 106         u'experiments.filetype': {
 107             'Meta': {'object_name': 'FileType'},
 108             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 109             'mimetype': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 110             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
 111             'regex': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'null': 'True', 'blank': 'True'})
 112         },
 113         u'experiments.flowcell': {
 114             'Meta': {'ordering': "['-run_date']", 'object_name': 'FlowCell'},
 115             'advanced_run': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 116             'cluster_station': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.ClusterStation']"}),
 117             'control_lane': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 118             'flowcell_id': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '20', 'db_index': 'True'}),
 119             'flowcell_model': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'default': 'None', 'to': u"orm['experiments.FlowCellModel']"}),
 120             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 121             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'}),
 122             'paired_end': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 123             'read_length': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '32'}),
 124             'run_date': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {}),
 125             'sequencer': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.Sequencer']"})
 126         },
 127         u'experiments.flowcellmodel': {
 128             'Meta': {'object_name': 'FlowCellModel'},
 129             'fixed_time': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '0'}),
 130             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 131             'isdefault': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 132             'name': ('django.db.models.fields.TextField', [], {}),
 133             'per_cycle_time': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '0'})
 134         },
 135         u'experiments.lane': {
 136             'Meta': {'object_name': 'Lane'},
 137             'cluster_estimate': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 138             'comment': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 139             'flowcell': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.FlowCell']"}),
 140             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 141             'lane_number': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {}),
 142             'library': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Library']"}),
 143             'pM': ('django.db.models.fields.DecimalField', [], {'default': '5', 'max_digits': '5', 'decimal_places': '2'}),
 144             'status': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'})
 145         },
 146         u'experiments.sequencer': {
 147             'Meta': {'ordering': "['-isdefault', '-active', 'name']", 'object_name': 'Sequencer'},
 148             'active': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'True'}),
 149             'comment': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '255'}),
 150             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 151             'instrument_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'db_index': 'True'}),
 152             'isdefault': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 153             'model': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '255'}),
 154             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'db_index': 'True'}),
 155             'serial_number': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'db_index': 'True'})
 156         },
 157         u'samples.affiliation': {
 158             'Meta': {'ordering': "['name', 'contact']", 'unique_together': "(('name', 'contact'),)", 'object_name': 'Affiliation'},
 159             'contact': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '256', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 160             'email': ('django.db.models.fields.EmailField', [], {'max_length': '75', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 161             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 162             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '256', 'db_index': 'True'}),
 163             'users': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'symmetrical': 'False', 'to': u"orm['samples.HTSUser']", 'null': 'True', 'blank': 'True'})
 164         },
 165         u'samples.antibody': {
 166             'Meta': {'ordering': "['antigene']", 'object_name': 'Antibody'},
 167             'antibodies': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '500', 'db_index': 'True'}),
 168             'antigene': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '500', 'db_index': 'True'}),
 169             'biology': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 170             'catalog': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 171             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 172             'nickname': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'db_index': 'True', 'max_length': '20', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 173             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 174             'source': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'db_index': 'True', 'max_length': '500', 'null': 'True', 'blank': 'True'})
 175         },
 176         u'samples.cellline': {
 177             'Meta': {'ordering': "['cellline_name']", 'object_name': 'Cellline'},
 178             'cellline_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '100', 'db_index': 'True'}),
 179             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 180             'nickname': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'db_index': 'True', 'max_length': '20', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 181             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'})
 182         },
 183         u'samples.condition': {
 184             'Meta': {'ordering': "['condition_name']", 'object_name': 'Condition'},
 185             'condition_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '2000', 'db_index': 'True'}),
 186             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 187             'nickname': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'db_index': 'True', 'max_length': '20', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 188             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'})
 189         },
 190         u'samples.experimenttype': {
 191             'Meta': {'object_name': 'ExperimentType'},
 192             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 193             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '50'})
 194         },
 195         u'samples.htsuser': {
 196             'Meta': {'ordering': "['first_name', 'last_name', 'username']", 'object_name': 'HTSUser', '_ormbases': [u'auth.User']},
 197             u'user_ptr': ('django.db.models.fields.related.OneToOneField', [], {'to': u"orm['auth.User']", 'unique': 'True', 'primary_key': 'True'})
 198         },
 199         u'samples.library': {
 200             'Meta': {'ordering': "['-id']", 'object_name': 'Library'},
 201             'account_number': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 202             'affiliations': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'symmetrical': 'False', 'related_name': "'library_affiliations'", 'null': 'True', 'to': u"orm['samples.Affiliation']"}),
 203             'amplified_from_sample': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'blank': 'True', 'related_name': "'amplified_into_sample'", 'null': 'True', 'to': u"orm['samples.Library']"}),
 204             'antibody': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Antibody']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 205             'bioanalyzer_concentration': ('django.db.models.fields.DecimalField', [], {'null': 'True', 'max_digits': '5', 'decimal_places': '2', 'blank': 'True'}),
 206             'bioanalyzer_image_url': ('django.db.models.fields.URLField', [], {'default': "''", 'max_length': '200', 'blank': 'True'}),
 207             'bioanalyzer_summary': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'default': "''", 'blank': 'True'}),
 208             'cell_line': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Cellline']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 209             'condition': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Condition']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 210             'creation_date': ('django.db.models.fields.DateField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 211             'experiment_type': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.ExperimentType']"}),
 212             'gel_cut_size': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '225', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 213             'hidden': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 214             'id': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '10', 'primary_key': 'True'}),
 215             'insert_size': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 216             'library_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '100'}),
 217             'library_species': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Species']"}),
 218             'library_type': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.LibraryType']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 219             'made_by': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'default': "'Lorian'", 'max_length': '50', 'blank': 'True'}),
 220             'made_for': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'blank': 'True'}),
 221             'multiplex_id': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '128', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 222             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'}),
 223             'replicate': ('django.db.models.fields.PositiveSmallIntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 224             'stopping_point': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'default': "'Done'", 'max_length': '25'}),
 225             'successful_pM': ('django.db.models.fields.DecimalField', [], {'null': 'True', 'max_digits': '9', 'decimal_places': '1', 'blank': 'True'}),
 226             'tags': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'blank': 'True', 'related_name': "'library_tags'", 'null': 'True', 'symmetrical': 'False', 'to': u"orm['samples.Tag']"}),
 227             'ten_nM_dilution': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 228             'undiluted_concentration': ('django.db.models.fields.DecimalField', [], {'null': 'True', 'max_digits': '5', 'decimal_places': '2', 'blank': 'True'})
 229         },
 230         u'samples.librarytype': {
 231             'Meta': {'ordering': "['-id']", 'object_name': 'LibraryType'},
 232             'can_multiplex': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'True'}),
 233             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 234             'is_paired_end': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'True'}),
 235             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '255'})
 236         },
 237         u'samples.species': {
 238             'Meta': {'ordering': "['scientific_name']", 'object_name': 'Species'},
 239             'common_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '256', 'blank': 'True'}),
 240             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 241             'scientific_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '256', 'db_index': 'True'})
 242         },
 243         u'samples.tag': {
 244             'Meta': {'ordering': "['context', 'tag_name']", 'object_name': 'Tag'},
 245             'context': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'default': "'Library'", 'max_length': '50'}),
 246             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 247             'tag_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100', 'db_index': 'True'})
 248         }
 249     }
 250
 251     complete_apps = ['experiments']