htsworkflow/frontend/experiments/migrations/0003_auto__chg_field_filetype_regex.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 from south.utils import datetime_utils as datetime
   3 from south.db import db
   4 from south.v2 import SchemaMigration
   5 from django.db import models
   6
   7
   8 class Migration(SchemaMigration):
   9
  10     def forwards(self, orm):
  11
  12         # Changing field 'FileType.regex'
  13         db.alter_column(u'experiments_filetype', 'regex', self.gf('django.db.models.fields.TextField')(null=True))
  14
  15     def backwards(self, orm):
  16
  17         # Changing field 'FileType.regex'
  18         db.alter_column(u'experiments_filetype', 'regex', self.gf('django.db.models.fields.CharField')(max_length=50, null=True))
  19
  20     models = {
  21         u'auth.group': {
  22             'Meta': {'object_name': 'Group'},
  23             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  24             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '80'}),
  25             'permissions': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'to': u"orm['auth.Permission']", 'symmetrical': 'False', 'blank': 'True'})
  26         },
  27         u'auth.permission': {
  28             'Meta': {'ordering': "(u'content_type__app_label', u'content_type__model', u'codename')", 'unique_together': "((u'content_type', u'codename'),)", 'object_name': 'Permission'},
  29             'codename': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100'}),
  30             'content_type': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['contenttypes.ContentType']"}),
  31             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  32             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'})
  33         },
  34         u'auth.user': {
  35             'Meta': {'object_name': 'User'},
  36             'date_joined': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {'default': 'datetime.datetime.now'}),
  37             'email': ('django.db.models.fields.EmailField', [], {'max_length': '75', 'blank': 'True'}),
  38             'first_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '30', 'blank': 'True'}),
  39             'groups': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'symmetrical': 'False', 'related_name': "u'user_set'", 'blank': 'True', 'to': u"orm['auth.Group']"}),
  40             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  41             'is_active': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'True'}),
  42             'is_staff': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
  43             'is_superuser': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
  44             'last_login': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {'default': 'datetime.datetime.now'}),
  45             'last_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '30', 'blank': 'True'}),
  46             'password': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '128'}),
  47             'user_permissions': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'symmetrical': 'False', 'related_name': "u'user_set'", 'blank': 'True', 'to': u"orm['auth.Permission']"}),
  48             'username': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '30'})
  49         },
  50         u'contenttypes.contenttype': {
  51             'Meta': {'ordering': "('name',)", 'unique_together': "(('app_label', 'model'),)", 'object_name': 'ContentType', 'db_table': "'django_content_type'"},
  52             'app_label': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100'}),
  53             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  54             'model': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100'}),
  55             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100'})
  56         },
  57         u'experiments.clusterstation': {
  58             'Meta': {'ordering': "['-isdefault', 'name']", 'object_name': 'ClusterStation'},
  59             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  60             'isdefault': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
  61             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '50'})
  62         },
  63         u'experiments.datafile': {
  64             'Meta': {'object_name': 'DataFile'},
  65             'data_run': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.DataRun']"}),
  66             'file_type': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.FileType']"}),
  67             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  68             'library': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Library']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
  69             'random_key': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'default': "'8e0f4e4c-83be-11e3-bace-f0def16fbea3'", 'max_length': '64', 'db_index': 'True'}),
  70             'relative_pathname': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '255', 'db_index': 'True'})
  71         },
  72         u'experiments.datarun': {
  73             'Meta': {'object_name': 'DataRun'},
  74             'alignment_software': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
  75             'alignment_version': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
  76             'basecall_software': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
  77             'basecall_version': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
  78             'comment': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'}),
  79             'cycle_start': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
  80             'cycle_stop': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
  81             'flowcell': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.FlowCell']"}),
  82             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  83             'image_software': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
  84             'image_version': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
  85             'last_update_time': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {}),
  86             'result_dir': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '255'}),
  87             'run_start_time': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {}),
  88             'run_status': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
  89             'runfolder_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'})
  90         },
  91         u'experiments.filetype': {
  92             'Meta': {'object_name': 'FileType'},
  93             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  94             'mimetype': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
  95             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
  96             'regex': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'})
  97         },
  98         u'experiments.flowcell': {
  99             'Meta': {'ordering': "['-run_date']", 'object_name': 'FlowCell'},
 100             'advanced_run': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 101             'cluster_station': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.ClusterStation']"}),
 102             'control_lane': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 103             'flowcell_id': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '20', 'db_index': 'True'}),
 104             'flowcell_model': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'default': 'None', 'to': u"orm['experiments.FlowCellModel']"}),
 105             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 106             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'}),
 107             'paired_end': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 108             'read_length': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '32'}),
 109             'run_date': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {}),
 110             'sequencer': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.Sequencer']"})
 111         },
 112         u'experiments.flowcellmodel': {
 113             'Meta': {'object_name': 'FlowCellModel'},
 114             'fixed_time': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '0'}),
 115             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 116             'isdefault': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 117             'name': ('django.db.models.fields.TextField', [], {}),
 118             'per_cycle_time': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '0'})
 119         },
 120         u'experiments.lane': {
 121             'Meta': {'object_name': 'Lane'},
 122             'cluster_estimate': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 123             'comment': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 124             'flowcell': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.FlowCell']"}),
 125             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 126             'lane_number': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {}),
 127             'library': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Library']"}),
 128             'pM': ('django.db.models.fields.DecimalField', [], {'default': '5', 'max_digits': '5', 'decimal_places': '2'}),
 129             'status': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'})
 130         },
 131         u'experiments.sequencer': {
 132             'Meta': {'ordering': "['-isdefault', '-active', 'name']", 'object_name': 'Sequencer'},
 133             'active': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'True'}),
 134             'comment': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '255'}),
 135             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 136             'instrument_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'db_index': 'True'}),
 137             'isdefault': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 138             'model': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '255'}),
 139             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'db_index': 'True'}),
 140             'serial_number': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'db_index': 'True'})
 141         },
 142         u'samples.affiliation': {
 143             'Meta': {'ordering': "['name', 'contact']", 'unique_together': "(('name', 'contact'),)", 'object_name': 'Affiliation'},
 144             'contact': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '256', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 145             'email': ('django.db.models.fields.EmailField', [], {'max_length': '75', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 146             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 147             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '256', 'db_index': 'True'}),
 148             'users': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'symmetrical': 'False', 'to': u"orm['samples.HTSUser']", 'null': 'True', 'blank': 'True'})
 149         },
 150         u'samples.antibody': {
 151             'Meta': {'ordering': "['antigene']", 'object_name': 'Antibody'},
 152             'antibodies': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '500', 'db_index': 'True'}),
 153             'antigene': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '500', 'db_index': 'True'}),
 154             'biology': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 155             'catalog': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 156             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 157             'nickname': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'db_index': 'True', 'max_length': '20', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 158             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 159             'source': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'db_index': 'True', 'max_length': '500', 'null': 'True', 'blank': 'True'})
 160         },
 161         u'samples.cellline': {
 162             'Meta': {'ordering': "['cellline_name']", 'object_name': 'Cellline'},
 163             'cellline_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '100', 'db_index': 'True'}),
 164             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 165             'nickname': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'db_index': 'True', 'max_length': '20', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 166             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'})
 167         },
 168         u'samples.condition': {
 169             'Meta': {'ordering': "['condition_name']", 'object_name': 'Condition'},
 170             'condition_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '2000', 'db_index': 'True'}),
 171             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 172             'nickname': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'db_index': 'True', 'max_length': '20', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 173             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'})
 174         },
 175         u'samples.experimenttype': {
 176             'Meta': {'object_name': 'ExperimentType'},
 177             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 178             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '50'})
 179         },
 180         u'samples.htsuser': {
 181             'Meta': {'ordering': "['first_name', 'last_name', 'username']", 'object_name': 'HTSUser', '_ormbases': [u'auth.User']},
 182             u'user_ptr': ('django.db.models.fields.related.OneToOneField', [], {'to': u"orm['auth.User']", 'unique': 'True', 'primary_key': 'True'})
 183         },
 184         u'samples.library': {
 185             'Meta': {'ordering': "['-id']", 'object_name': 'Library'},
 186             'account_number': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 187             'affiliations': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'symmetrical': 'False', 'related_name': "'library_affiliations'", 'null': 'True', 'to': u"orm['samples.Affiliation']"}),
 188             'amplified_from_sample': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'blank': 'True', 'related_name': "'amplified_into_sample'", 'null': 'True', 'to': u"orm['samples.Library']"}),
 189             'antibody': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Antibody']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 190             'bioanalyzer_concentration': ('django.db.models.fields.DecimalField', [], {'null': 'True', 'max_digits': '5', 'decimal_places': '2', 'blank': 'True'}),
 191             'bioanalyzer_image_url': ('django.db.models.fields.URLField', [], {'default': "''", 'max_length': '200', 'blank': 'True'}),
 192             'bioanalyzer_summary': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'default': "''", 'blank': 'True'}),
 193             'cell_line': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Cellline']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 194             'condition': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Condition']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 195             'creation_date': ('django.db.models.fields.DateField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 196             'experiment_type': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.ExperimentType']"}),
 197             'gel_cut_size': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '225', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 198             'hidden': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 199             'id': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '10', 'primary_key': 'True'}),
 200             'insert_size': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 201             'library_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '100'}),
 202             'library_species': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Species']"}),
 203             'library_type': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.LibraryType']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 204             'made_by': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'default': "'Lorian'", 'max_length': '50', 'blank': 'True'}),
 205             'made_for': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'blank': 'True'}),
 206             'multiplex_id': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '128', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 207             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'}),
 208             'replicate': ('django.db.models.fields.PositiveSmallIntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 209             'stopping_point': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'default': "'Done'", 'max_length': '25'}),
 210             'successful_pM': ('django.db.models.fields.DecimalField', [], {'null': 'True', 'max_digits': '9', 'decimal_places': '1', 'blank': 'True'}),
 211             'tags': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'blank': 'True', 'related_name': "'library_tags'", 'null': 'True', 'symmetrical': 'False', 'to': u"orm['samples.Tag']"}),
 212             'ten_nM_dilution': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 213             'undiluted_concentration': ('django.db.models.fields.DecimalField', [], {'null': 'True', 'max_digits': '5', 'decimal_places': '2', 'blank': 'True'})
 214         },
 215         u'samples.librarytype': {
 216             'Meta': {'ordering': "['-id']", 'object_name': 'LibraryType'},
 217             'can_multiplex': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'True'}),
 218             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 219             'is_paired_end': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'True'}),
 220             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '255'})
 221         },
 222         u'samples.species': {
 223             'Meta': {'ordering': "['scientific_name']", 'object_name': 'Species'},
 224             'common_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '256', 'blank': 'True'}),
 225             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 226             'scientific_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '256', 'db_index': 'True'})
 227         },
 228         u'samples.tag': {
 229             'Meta': {'ordering': "['context', 'tag_name']", 'object_name': 'Tag'},
 230             'context': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'default': "'Library'", 'max_length': '50'}),
 231             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 232             'tag_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100', 'db_index': 'True'})
 233         }
 234     }
 235
 236     complete_apps = ['experiments']