htsworkflow/frontend/experiments/migrations/0004_auto__add_field_datafile_flowcell__add_field_datafile_lane_number.py

   1 # -*- coding: utf-8 -*-
   2 from south.utils import datetime_utils as datetime
   3 from south.db import db
   4 from south.v2 import SchemaMigration
   5 from django.db import models
   6
   7
   8 class Migration(SchemaMigration):
   9
  10     def forwards(self, orm):
  11         # Adding model 'RawResult'
  12         db.create_table(u'experiments_rawresult', (
  13             (u'id', self.gf('django.db.models.fields.AutoField')(primary_key=True)),
  14             ('datafile', self.gf('django.db.models.fields.related.ForeignKey')(to=orm['experiments.DataFile'])),
  15             ('reads', self.gf('django.db.models.fields.IntegerField')(default=0)),
  16             ('read_length', self.gf('django.db.models.fields.IntegerField')(default=0)),
  17             ('pass_qc', self.gf('django.db.models.fields.IntegerField')(default=0)),
  18             ('average_score', self.gf('django.db.models.fields.TextField')(default='')),
  19         ))
  20         db.send_create_signal(u'experiments', ['RawResult'])
  21
  22         # Adding field 'DataFile.flowcell'
  23         db.add_column(u'experiments_datafile', 'flowcell',
  24                       self.gf('django.db.models.fields.related.ForeignKey')(to=orm['experiments.FlowCell'], null=True, blank=True),
  25                       keep_default=False)
  26
  27         # Adding field 'DataFile.lane'
  28         db.add_column(u'experiments_datafile', 'lane',
  29                       self.gf('django.db.models.fields.IntegerField')(null=True, blank=True),
  30                       keep_default=False)
  31
  32
  33     def backwards(self, orm):
  34         # Deleting model 'RawResult'
  35         db.delete_table(u'experiments_rawresult')
  36
  37         # Deleting field 'DataFile.flowcell'
  38         db.delete_column(u'experiments_datafile', 'flowcell_id')
  39
  40         # Deleting field 'DataFile.lane'
  41         db.delete_column(u'experiments_datafile', 'lane')
  42
  43
  44     models = {
  45         u'auth.group': {
  46             'Meta': {'object_name': 'Group'},
  47             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  48             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '80'}),
  49             'permissions': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'to': u"orm['auth.Permission']", 'symmetrical': 'False', 'blank': 'True'})
  50         },
  51         u'auth.permission': {
  52             'Meta': {'ordering': "(u'content_type__app_label', u'content_type__model', u'codename')", 'unique_together': "((u'content_type', u'codename'),)", 'object_name': 'Permission'},
  53             'codename': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100'}),
  54             'content_type': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['contenttypes.ContentType']"}),
  55             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  56             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'})
  57         },
  58         u'auth.user': {
  59             'Meta': {'object_name': 'User'},
  60             'date_joined': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {'default': 'datetime.datetime.now'}),
  61             'email': ('django.db.models.fields.EmailField', [], {'max_length': '75', 'blank': 'True'}),
  62             'first_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '30', 'blank': 'True'}),
  63             'groups': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'symmetrical': 'False', 'related_name': "u'user_set'", 'blank': 'True', 'to': u"orm['auth.Group']"}),
  64             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  65             'is_active': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'True'}),
  66             'is_staff': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
  67             'is_superuser': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
  68             'last_login': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {'default': 'datetime.datetime.now'}),
  69             'last_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '30', 'blank': 'True'}),
  70             'password': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '128'}),
  71             'user_permissions': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'symmetrical': 'False', 'related_name': "u'user_set'", 'blank': 'True', 'to': u"orm['auth.Permission']"}),
  72             'username': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '30'})
  73         },
  74         u'contenttypes.contenttype': {
  75             'Meta': {'ordering': "('name',)", 'unique_together': "(('app_label', 'model'),)", 'object_name': 'ContentType', 'db_table': "'django_content_type'"},
  76             'app_label': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100'}),
  77             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  78             'model': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100'}),
  79             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100'})
  80         },
  81         u'experiments.clusterstation': {
  82             'Meta': {'ordering': "['-isdefault', 'name']", 'object_name': 'ClusterStation'},
  83             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  84             'isdefault': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
  85             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '50'})
  86         },
  87         u'experiments.datafile': {
  88             'Meta': {'object_name': 'DataFile'},
  89             'data_run': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.DataRun']"}),
  90             'file_type': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.FileType']"}),
  91             'flowcell': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.FlowCell']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
  92             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
  93             'lane': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
  94             'library': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Library']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
  95             'random_key': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'default': "'2ac2c64c-95cb-11e3-b746-f0def16fbea3'", 'max_length': '64', 'db_index': 'True'}),
  96             'relative_pathname': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '255', 'db_index': 'True'})
  97         },
  98         u'experiments.datarun': {
  99             'Meta': {'object_name': 'DataRun'},
 100             'alignment_software': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
 101             'alignment_version': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
 102             'basecall_software': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
 103             'basecall_version': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
 104             'comment': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'}),
 105             'cycle_start': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 106             'cycle_stop': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 107             'flowcell': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.FlowCell']"}),
 108             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 109             'image_software': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
 110             'image_version': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
 111             'last_update_time': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {}),
 112             'result_dir': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '255'}),
 113             'run_start_time': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {}),
 114             'run_status': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 115             'runfolder_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'})
 116         },
 117         u'experiments.filetype': {
 118             'Meta': {'object_name': 'FileType'},
 119             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 120             'mimetype': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 121             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50'}),
 122             'regex': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'})
 123         },
 124         u'experiments.flowcell': {
 125             'Meta': {'ordering': "['-run_date']", 'object_name': 'FlowCell'},
 126             'advanced_run': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 127             'cluster_station': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.ClusterStation']"}),
 128             'control_lane': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 129             'flowcell_id': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '20', 'db_index': 'True'}),
 130             'flowcell_model': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'default': 'None', 'to': u"orm['experiments.FlowCellModel']"}),
 131             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 132             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'}),
 133             'paired_end': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 134             'read_length': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '32'}),
 135             'run_date': ('django.db.models.fields.DateTimeField', [], {}),
 136             'sequencer': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.Sequencer']"})
 137         },
 138         u'experiments.flowcellmodel': {
 139             'Meta': {'object_name': 'FlowCellModel'},
 140             'fixed_time': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '0'}),
 141             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 142             'isdefault': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 143             'name': ('django.db.models.fields.TextField', [], {}),
 144             'per_cycle_time': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '0'})
 145         },
 146         u'experiments.lane': {
 147             'Meta': {'object_name': 'Lane'},
 148             'cluster_estimate': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 149             'comment': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 150             'flowcell': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.FlowCell']"}),
 151             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 152             'lane_number': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {}),
 153             'library': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Library']"}),
 154             'pM': ('django.db.models.fields.DecimalField', [], {'default': '5', 'max_digits': '5', 'decimal_places': '2'}),
 155             'status': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'})
 156         },
 157         u'experiments.rawresult': {
 158             'Meta': {'object_name': 'RawResult'},
 159             'average_score': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'default': "''"}),
 160             'datafile': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['experiments.DataFile']"}),
 161             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 162             'pass_qc': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '0'}),
 163             'read_length': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '0'}),
 164             'reads': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '0'})
 165         },
 166         u'experiments.sequencer': {
 167             'Meta': {'ordering': "['-isdefault', '-active', 'name']", 'object_name': 'Sequencer'},
 168             'active': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'True'}),
 169             'comment': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '255'}),
 170             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 171             'instrument_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'db_index': 'True'}),
 172             'isdefault': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 173             'model': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '255'}),
 174             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'db_index': 'True'}),
 175             'serial_number': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'db_index': 'True'})
 176         },
 177         u'samples.affiliation': {
 178             'Meta': {'ordering': "['name', 'contact']", 'unique_together': "(('name', 'contact'),)", 'object_name': 'Affiliation'},
 179             'contact': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '256', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 180             'email': ('django.db.models.fields.EmailField', [], {'max_length': '75', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 181             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 182             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '256', 'db_index': 'True'}),
 183             'users': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'symmetrical': 'False', 'to': u"orm['samples.HTSUser']", 'null': 'True', 'blank': 'True'})
 184         },
 185         u'samples.antibody': {
 186             'Meta': {'ordering': "['antigene']", 'object_name': 'Antibody'},
 187             'antibodies': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '500', 'db_index': 'True'}),
 188             'antigene': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '500', 'db_index': 'True'}),
 189             'biology': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 190             'catalog': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 191             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 192             'nickname': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'db_index': 'True', 'max_length': '20', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 193             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 194             'source': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'db_index': 'True', 'max_length': '500', 'null': 'True', 'blank': 'True'})
 195         },
 196         u'samples.cellline': {
 197             'Meta': {'ordering': "['cellline_name']", 'object_name': 'Cellline'},
 198             'cellline_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '100', 'db_index': 'True'}),
 199             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 200             'nickname': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'db_index': 'True', 'max_length': '20', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 201             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'})
 202         },
 203         u'samples.condition': {
 204             'Meta': {'ordering': "['condition_name']", 'object_name': 'Condition'},
 205             'condition_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '2000', 'db_index': 'True'}),
 206             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 207             'nickname': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'db_index': 'True', 'max_length': '20', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 208             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'})
 209         },
 210         u'samples.experimenttype': {
 211             'Meta': {'object_name': 'ExperimentType'},
 212             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 213             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '50'})
 214         },
 215         u'samples.htsuser': {
 216             'Meta': {'ordering': "['first_name', 'last_name', 'username']", 'object_name': 'HTSUser', '_ormbases': [u'auth.User']},
 217             u'user_ptr': ('django.db.models.fields.related.OneToOneField', [], {'to': u"orm['auth.User']", 'unique': 'True', 'primary_key': 'True'})
 218         },
 219         u'samples.library': {
 220             'Meta': {'ordering': "['-id']", 'object_name': 'Library'},
 221             'account_number': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 222             'affiliations': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'symmetrical': 'False', 'related_name': "'library_affiliations'", 'null': 'True', 'to': u"orm['samples.Affiliation']"}),
 223             'amplified_from_sample': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'blank': 'True', 'related_name': "'amplified_into_sample'", 'null': 'True', 'to': u"orm['samples.Library']"}),
 224             'antibody': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Antibody']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 225             'bioanalyzer_concentration': ('django.db.models.fields.DecimalField', [], {'null': 'True', 'max_digits': '5', 'decimal_places': '2', 'blank': 'True'}),
 226             'bioanalyzer_image_url': ('django.db.models.fields.URLField', [], {'default': "''", 'max_length': '200', 'blank': 'True'}),
 227             'bioanalyzer_summary': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'default': "''", 'blank': 'True'}),
 228             'cell_line': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Cellline']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 229             'condition': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Condition']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 230             'creation_date': ('django.db.models.fields.DateField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 231             'experiment_type': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.ExperimentType']"}),
 232             'gel_cut_size': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'default': '225', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 233             'hidden': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 234             'id': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '10', 'primary_key': 'True'}),
 235             'insert_size': ('django.db.models.fields.IntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 236             'library_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '100'}),
 237             'library_species': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.Species']"}),
 238             'library_type': ('django.db.models.fields.related.ForeignKey', [], {'to': u"orm['samples.LibraryType']", 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 239             'made_by': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'default': "'Lorian'", 'max_length': '50', 'blank': 'True'}),
 240             'made_for': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '50', 'blank': 'True'}),
 241             'multiplex_id': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '128', 'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 242             'notes': ('django.db.models.fields.TextField', [], {'blank': 'True'}),
 243             'replicate': ('django.db.models.fields.PositiveSmallIntegerField', [], {'null': 'True', 'blank': 'True'}),
 244             'stopping_point': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'default': "'Done'", 'max_length': '25'}),
 245             'successful_pM': ('django.db.models.fields.DecimalField', [], {'null': 'True', 'max_digits': '9', 'decimal_places': '1', 'blank': 'True'}),
 246             'tags': ('django.db.models.fields.related.ManyToManyField', [], {'blank': 'True', 'related_name': "'library_tags'", 'null': 'True', 'symmetrical': 'False', 'to': u"orm['samples.Tag']"}),
 247             'ten_nM_dilution': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'False'}),
 248             'undiluted_concentration': ('django.db.models.fields.DecimalField', [], {'null': 'True', 'max_digits': '5', 'decimal_places': '2', 'blank': 'True'})
 249         },
 250         u'samples.librarytype': {
 251             'Meta': {'ordering': "['-id']", 'object_name': 'LibraryType'},
 252             'can_multiplex': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'True'}),
 253             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 254             'is_paired_end': ('django.db.models.fields.BooleanField', [], {'default': 'True'}),
 255             'name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'unique': 'True', 'max_length': '255'})
 256         },
 257         u'samples.species': {
 258             'Meta': {'ordering': "['scientific_name']", 'object_name': 'Species'},
 259             'common_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '256', 'blank': 'True'}),
 260             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 261             'scientific_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '256', 'db_index': 'True'})
 262         },
 263         u'samples.tag': {
 264             'Meta': {'ordering': "['context', 'tag_name']", 'object_name': 'Tag'},
 265             'context': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'default': "'Library'", 'max_length': '50'}),
 266             u'id': ('django.db.models.fields.AutoField', [], {'primary_key': 'True'}),
 267             'tag_name': ('django.db.models.fields.CharField', [], {'max_length': '100', 'db_index': 'True'})
 268         }
 269     }
 270
 271     complete_apps = ['experiments']