htsworkflow/frontend/experiments/models.py

   1 from django.db import models
   2 from htsworkflow.frontend.samples.models import *
   3 from htsworkflow.frontend.settings import options
   4 from django.core.exceptions import ObjectDoesNotExist
   5 import logging
   6
   7 class ClusterStation(models.Model):
   8   name = models.CharField(max_length=50, unique=True)
   9
  10   def __unicode__(self):
  11     return unicode(self.name)
  12
  13 class Sequencer(models.Model):
  14   name = models.CharField(max_length=50, unique=True)
  15
  16   def __unicode__(self):
  17     return unicode(self.name)
  18
  19 default_pM = 5
  20 try:
  21   default_pM = int(options.get('frontend', 'default_pm'))
  22 except ValueError,e:
  23   logging.error("invalid value for frontend.default_pm")
  24
  25 class FlowCell(models.Model):
  26
  27   flowcell_id = models.CharField(max_length=20, unique=True, db_index=True)
  28   run_date = models.DateTimeField()
  29   advanced_run = models.BooleanField(default=False)
  30   paired_end = models.BooleanField(default=False)
  31   read_length = models.IntegerField(default=32) #Stanford is currenlty 25
  32
  33   lane_1_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_1_library")
  34   lane_2_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_2_library")
  35   lane_3_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_3_library")
  36   lane_4_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_4_library")
  37   lane_5_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_5_library")
  38   lane_6_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_6_library")
  39   lane_7_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_7_library")
  40   lane_8_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_8_library")
  41
  42   lane_1_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
  43   lane_2_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
  44   lane_3_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
  45   lane_4_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
  46   lane_5_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
  47   lane_6_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
  48   lane_7_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
  49   lane_8_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
  50
  51   lane_1_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  52   lane_2_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  53   lane_3_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  54   lane_4_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  55   lane_5_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  56   lane_6_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  57   lane_7_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  58   lane_8_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  59
  60   # lane_1_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_1_primer")
  61   # lane_2_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_2_primer")
  62   # lane_3_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_3_primer")
  63   # lane_4_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_4_primer")
  64   # lane_5_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_5_primer")
  65   # lane_6_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_6_primer")
  66   # lane_7_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_7_primer")
  67   # lane_8_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_8_primer")
  68
  69   cluster_station = models.ForeignKey(ClusterStation, default=3)
  70   sequencer = models.ForeignKey(Sequencer, default=1)
  71
  72   notes = models.TextField(blank=True)
  73
  74   def __unicode__(self):
  75       return unicode(self.flowcell_id)
  76
  77   def Create_LOG(self):
  78     str = ''
  79     str +='<a target=_balnk href="/experiments/'+self.flowcell_id+'" title="Create XLS like sheet for this Flowcell ..." ">Create LOG</a>'
  80     try:
  81       t = DataRun.objects.get(fcid=self.id)
  82       str +='<br/><a target=_self href="/admin/experiments/datarun/?q='+self.flowcell_id+'" title="Check Data Runs ..." ">DataRun ..</a>'
  83     except ObjectDoesNotExist:
  84       str += '<br/><span style="color:red">not sequenced</span>'
  85     return str
  86   Create_LOG.allow_tags = True
  87
  88   def Lanes(self):
  89     library_url = '/admin/samples/library/%s'
  90     html = ['<table>']
  91     for i in range(1,9):
  92         cluster_estimate = getattr(self, 'lane_%d_cluster_estimate' % (i,))
  93         if cluster_estimate is not None:
  94             cluster_estimate = "%s k" % ((int(cluster_estimate)/1000), )
  95         else:
  96             cluster_estimate = 'None'
  97         library_id = getattr(self, 'lane_%d_library_id' % (i,))
  98         library = getattr(self, 'lane_%d_library' % i)
  99         element = '<tr><td>%d</td><td><a href="%s">%s</a></td><td>%s</td></tr>'
 100         expanded_library_url = library_url %(library_id,)
 101         html.append(element % (i, expanded_library_url, library, cluster_estimate))
 102     html.append('</table>')
 103     return "\n".join(html)
 104   Lanes.allow_tags = True
 105
 106   class Meta:
 107     ordering = ["-run_date"]
 108
 109 ### -----------------------
 110 class DataRun(models.Model):
 111   ConfTemplate = "CONFIG PARAMS WILL BE GENERATED BY THE PIPELINE SCRIPT.\nYOU'LL BE ABLE TO EDIT AFTER IF NEEDED."
 112   run_folder = models.CharField(max_length=50,unique=True, db_index=True)
 113   fcid = models.ForeignKey(FlowCell,verbose_name="Flowcell Id")
 114   config_params = models.TextField(default=ConfTemplate)
 115   run_start_time = models.DateTimeField()
 116   RUN_STATUS_CHOICES = (
 117       (0, 'Sequencer running'), ##Solexa Data Pipeline Not Yet Started'),
 118       (1, 'Data Pipeline Started'),
 119       (2, 'Data Pipeline Interrupted'),
 120       (3, 'Data Pipeline Finished'),
 121       (4, 'CollectReads Started'),
 122       (5, 'CollectReads Finished'),
 123       (6, 'QC Finished'),
 124       (7, 'DONE'),
 125     )
 126   run_status = models.IntegerField(choices=RUN_STATUS_CHOICES, default=0)
 127   run_note = models.TextField(blank=True)
 128
 129
 130   def main_status(self):
 131     str = '<div'
 132     if self.run_status >= 5:
 133       str += ' style="color:green">'
 134       str += '<b>'+self.RUN_STATUS_CHOICES[self.run_status][1]+'</b>'
 135       str += '<br/><br/>' #<span style="color:red;font-size:80%;">New!</span>'
 136       str +='<br/><a target=_balnk href="'+settings.TASKS_PROJS_SERVER+'/Flowcells/'+self.fcid.flowcell_id+'/'+self.fcid.flowcell_id+'_QC_Summary.html" title="View QC Summaries of this run ..." ">View QC Page</a>'
 137     else:
 138       str += '>'+self.RUN_STATUS_CHOICES[self.run_status][1]
 139
 140     str += '</div>'
 141     return str
 142   main_status.allow_tags = True
 143
 144   main_status.allow_tags = True
 145
 146   def Flowcell_Info(self):
 147     str = '<b>'+self.fcid.__str__()+'</b>'
 148     str += '  (c: '+self.fcid.cluster_mac_id+',  s: '+self.fcid.seq_mac_id+')'
 149     str += '<div style="margin-top:5px;">'
 150     str +='<a title="View Lane List here ..."  onClick="el = document.getElementById(\'LanesOf'+self.fcid.__str__()+'\');if(el) (el.style.display==\'none\'?el.style.display=\'block\':el.style.display=\'none\')" style="cursor:pointer;color: #5b80b2;">View/hide lanes</a>'
 151     str += '<div id="LanesOf'+self.fcid.__str__()+'" style="display:block;border:solid #cccccc 1px;width:350px">'
 152     LanesList = '1: '+self.fcid.lane_1_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_1_library.library_species.use_genome_build+')<br/>2: '+self.fcid.lane_2_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_2_library.library_species.use_genome_build+')<br/>3: '+self.fcid.lane_3_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_3_library.library_species.use_genome_build+')<br/>4: '+self.fcid.lane_4_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_4_library.library_species.use_genome_build+')<br/>5: '+self.fcid.lane_5_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_5_library.library_species.use_genome_build+')<br/>6: '+self.fcid.lane_6_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_6_library.library_species.use_genome_build+')<br/>7: '+self.fcid.lane_7_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_7_library.library_species.use_genome_build+')<br/>8: '+self.fcid.lane_8_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_8_library.library_species.use_genome_build+')'
 153     str += LanesList ## self.fcid.Lanes()
 154     str += '</div>'
 155     str += '<div><a title="open Flowcell record" href="/admin/exp_track/flowcell/'+self.fcid.id.__str__()+'/" target=_self>Edit Flowcell record</a>'
 156     #str += '<span style="color:red;font-size:80%;margin-left:15px;margin-right:3px">New!</span>'
 157     str +='<a style="margin-left:15px;" target=_balnk href="/exp_track/'+self.fcid.flowcell_id+'" title="View XLS like sheet for this Flowcell LOG ..." ">GA LOG Page</a>'
 158     str += '</div>'
 159     str += '</div>'
 160     return str
 161   Flowcell_Info.allow_tags = True