htsworkflow/frontend/experiments/models.py

   1 import logging
   2
   3 from django.core.exceptions import ObjectDoesNotExist
   4 from django.core import urlresolvers
   5 from django.db import models
   6
   7 from htsworkflow.frontend.samples.models import *
   8 from htsworkflow.frontend.settings import options
   9
  10 class ClusterStation(models.Model):
  11   name = models.CharField(max_length=50, unique=True)
  12
  13   def __unicode__(self):
  14     return unicode(self.name)
  15
  16 class Sequencer(models.Model):
  17   name = models.CharField(max_length=50, unique=True)
  18
  19   def __unicode__(self):
  20     return unicode(self.name)
  21
  22 default_pM = 5
  23 try:
  24   default_pM = int(options.get('frontend', 'default_pm'))
  25 except ValueError,e:
  26   logging.error("invalid value for frontend.default_pm")
  27
  28 class FlowCell(models.Model):
  29
  30   flowcell_id = models.CharField(max_length=20, unique=True, db_index=True)
  31   run_date = models.DateTimeField()
  32   advanced_run = models.BooleanField(default=False)
  33   paired_end = models.BooleanField(default=False)
  34   read_length = models.IntegerField(default=32) #Stanford is currenlty 25
  35
  36   cluster_station = models.ForeignKey(ClusterStation, default=3)
  37   sequencer = models.ForeignKey(Sequencer, default=1)
  38
  39   notes = models.TextField(blank=True)
  40
  41   def __unicode__(self):
  42       return unicode(self.flowcell_id)
  43
  44   def Create_LOG(self):
  45     str = ''
  46     str +='<a target=_balnk href="/experiments/'+self.flowcell_id+'" title="Create XLS like sheet for this Flowcell ..." ">Create LOG</a>'
  47     try:
  48       t = DataRun.objects.get(fcid=self.id)
  49       str +='<br/><a target=_self href="/admin/experiments/datarun/?q='+self.flowcell_id+'" title="Check Data Runs ..." ">DataRun ..</a>'
  50     except ObjectDoesNotExist:
  51       str += '<br/><span style="color:red">not sequenced</span>'
  52     return str
  53   Create_LOG.allow_tags = True
  54
  55   def Lanes(self):
  56     library_url = '/admin/samples/library/%s'
  57     html = ['<table>']
  58     #for i in range(1,9):
  59     for lane in self.lane_set.all():
  60         cluster_estimate = lane.cluster_estimate
  61         if cluster_estimate is not None:
  62             cluster_estimate = "%s k" % ((int(cluster_estimate)/1000), )
  63         else:
  64             cluster_estimate = 'None'
  65         library_id = lane.library_id
  66         library = lane.library
  67         element = '<tr><td>%d</td><td><a href="%s">%s</a></td><td>%s</td></tr>'
  68         expanded_library_url = library_url %(library_id,)
  69         html.append(element % (lane.lane_number, expanded_library_url, library, cluster_estimate))
  70     html.append('</table>')
  71     return "\n".join(html)
  72   Lanes.allow_tags = True
  73
  74   class Meta:
  75     ordering = ["-run_date"]
  76
  77 ### -----------------------
  78 class DataRun(models.Model):
  79   ConfTemplate = "CONFIG PARAMS WILL BE GENERATED BY THE PIPELINE SCRIPT.\nYOU'LL BE ABLE TO EDIT AFTER IF NEEDED."
  80   run_folder = models.CharField(max_length=50,unique=True, db_index=True)
  81   fcid = models.ForeignKey(FlowCell,verbose_name="Flowcell Id")
  82   config_params = models.TextField(default=ConfTemplate)
  83   run_start_time = models.DateTimeField()
  84   RUN_STATUS_CHOICES = (
  85       (0, 'Sequencer running'), ##Solexa Data Pipeline Not Yet Started'),
  86       (1, 'Data Pipeline Started'),
  87       (2, 'Data Pipeline Interrupted'),
  88       (3, 'Data Pipeline Finished'),
  89       (4, 'CollectReads Started'),
  90       (5, 'CollectReads Finished'),
  91       (6, 'QC Finished'),
  92       (7, 'DONE'),
  93     )
  94   run_status = models.IntegerField(choices=RUN_STATUS_CHOICES, default=0)
  95   run_note = models.TextField(blank=True)
  96
  97
  98   def main_status(self):
  99     str = '<div'
 100     if self.run_status >= 5:
 101       str += ' style="color:green">'
 102       str += '<b>'+self.RUN_STATUS_CHOICES[self.run_status][1]+'</b>'
 103       str += '<br/><br/>' #<span style="color:red;font-size:80%;">New!</span>'
 104       str +='<br/><a target=_balnk href="'+settings.TASKS_PROJS_SERVER+'/Flowcells/'+self.fcid.flowcell_id+'/'+self.fcid.flowcell_id+'_QC_Summary.html" title="View QC Summaries of this run ..." ">View QC Page</a>'
 105     else:
 106       str += '>'+self.RUN_STATUS_CHOICES[self.run_status][1]
 107
 108     str += '</div>'
 109     return str
 110   main_status.allow_tags = True
 111
 112   main_status.allow_tags = True
 113
 114   def Flowcell_Info(self):
 115     str = '<b>'+self.fcid.__str__()+'</b>'
 116     str += '  (c: '+self.fcid.cluster_mac_id+',  s: '+self.fcid.seq_mac_id+')'
 117     str += '<div style="margin-top:5px;">'
 118     str +='<a title="View Lane List here ..."  onClick="el = document.getElementById(\'LanesOf'+self.fcid.__str__()+'\');if(el) (el.style.display==\'none\'?el.style.display=\'block\':el.style.display=\'none\')" style="cursor:pointer;color: #5b80b2;">View/hide lanes</a>'
 119     str += '<div id="LanesOf'+self.fcid.__str__()+'" style="display:block;border:solid #cccccc 1px;width:350px">'
 120     LanesList = '1: '+self.fcid.lane_1_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_1_library.library_species.use_genome_build+')<br/>2: '+self.fcid.lane_2_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_2_library.library_species.use_genome_build+')<br/>3: '+self.fcid.lane_3_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_3_library.library_species.use_genome_build+')<br/>4: '+self.fcid.lane_4_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_4_library.library_species.use_genome_build+')<br/>5: '+self.fcid.lane_5_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_5_library.library_species.use_genome_build+')<br/>6: '+self.fcid.lane_6_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_6_library.library_species.use_genome_build+')<br/>7: '+self.fcid.lane_7_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_7_library.library_species.use_genome_build+')<br/>8: '+self.fcid.lane_8_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_8_library.library_species.use_genome_build+')'
 121     str += LanesList ## self.fcid.Lanes()
 122     str += '</div>'
 123     str += '<div><a title="open Flowcell record" href="/admin/exp_track/flowcell/'+self.fcid.id.__str__()+'/" target=_self>Edit Flowcell record</a>'
 124     #str += '<span style="color:red;font-size:80%;margin-left:15px;margin-right:3px">New!</span>'
 125     str +='<a style="margin-left:15px;" target=_balnk href="/exp_track/'+self.fcid.flowcell_id+'" title="View XLS like sheet for this Flowcell LOG ..." ">GA LOG Page</a>'
 126     str += '</div>'
 127     str += '</div>'
 128     return str
 129   Flowcell_Info.allow_tags = True
 130
 131
 132 class Lane(models.Model):
 133   flowcell = models.ForeignKey(FlowCell)
 134   lane_number = models.IntegerField(choices=[(1,1),(2,2),(3,3),(4,4),(5,5),(6,6),(7,7),(8,8)])
 135   library = models.ForeignKey(Library)
 136   pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
 137   cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 138   comment = models.TextField(null=True, blank=True)