htsworkflow/frontend/experiments/models.py

   1 import logging
   2
   3 from django.core.exceptions import ObjectDoesNotExist
   4 from django.core import urlresolvers
   5 from django.db import models
   6
   7 from htsworkflow.frontend.samples.models import *
   8 from htsworkflow.frontend.settings import options
   9
  10 class ClusterStation(models.Model):
  11   name = models.CharField(max_length=50, unique=True)
  12
  13   def __unicode__(self):
  14     return unicode(self.name)
  15
  16 class Sequencer(models.Model):
  17   name = models.CharField(max_length=50, unique=True)
  18
  19   def __unicode__(self):
  20     return unicode(self.name)
  21
  22 default_pM = 5
  23 try:
  24   default_pM = int(options.get('frontend', 'default_pm'))
  25 except ValueError,e:
  26   logging.error("invalid value for frontend.default_pm")
  27
  28 class FlowCell(models.Model):
  29
  30   flowcell_id = models.CharField(max_length=20, unique=True, db_index=True)
  31   run_date = models.DateTimeField()
  32   advanced_run = models.BooleanField(default=False)
  33   paired_end = models.BooleanField(default=False)
  34   read_length = models.IntegerField(default=32) #Stanford is currenlty 25
  35   control_lane = models.IntegerField(choices=[(1,1),(2,2),(3,3),(4,4),(5,5),(6,6),(7,7),(8,8)], null=True)
  36
  37   cluster_station = models.ForeignKey(ClusterStation, default=3)
  38   sequencer = models.ForeignKey(Sequencer, default=1)
  39
  40   notes = models.TextField(blank=True)
  41
  42   def __unicode__(self):
  43       return unicode(self.flowcell_id)
  44
  45   def Create_LOG(self):
  46     str = ''
  47     str +='<a target=_balnk href="/experiments/'+self.flowcell_id+'" title="Create XLS like sheet for this Flowcell ..." ">Create LOG</a>'
  48     try:
  49       t = DataRun.objects.get(fcid=self.id)
  50       str +='<br/><a target=_self href="/admin/experiments/datarun/?q='+self.flowcell_id+'" title="Check Data Runs ..." ">DataRun ..</a>'
  51     except ObjectDoesNotExist:
  52       str += '<br/><span style="color:red">not sequenced</span>'
  53     return str
  54   Create_LOG.allow_tags = True
  55
  56   def Lanes(self):
  57     library_url = '/admin/samples/library/%s'
  58     html = ['<table>']
  59     #for i in range(1,9):
  60     for lane in self.lane_set.all():
  61         cluster_estimate = lane.cluster_estimate
  62         if cluster_estimate is not None:
  63             cluster_estimate = "%s k" % ((int(cluster_estimate)/1000), )
  64         else:
  65             cluster_estimate = 'None'
  66         library_id = lane.library_id
  67         library = lane.library
  68         element = '<tr><td>%d</td><td><a href="%s">%s</a></td><td>%s</td></tr>'
  69         expanded_library_url = library_url %(library_id,)
  70         html.append(element % (lane.lane_number, expanded_library_url, library, cluster_estimate))
  71     html.append('</table>')
  72     return "\n".join(html)
  73   Lanes.allow_tags = True
  74
  75   class Meta:
  76     ordering = ["-run_date"]
  77
  78   def get_admin_url(self):
  79     # that's the django way... except it didn't work
  80     #return urlresolvers.reverse('admin_experiments_FlowCell_change', args=(self.id,))
  81     return '/admin/experiments/flowcell/%s/' % (self.id,)
  82
  83 ### -----------------------
  84 class DataRun(models.Model):
  85   ConfTemplate = "CONFIG PARAMS WILL BE GENERATED BY THE PIPELINE SCRIPT.\nYOU'LL BE ABLE TO EDIT AFTER IF NEEDED."
  86   run_folder = models.CharField(max_length=50,unique=True, db_index=True)
  87   fcid = models.ForeignKey(FlowCell,verbose_name="Flowcell Id")
  88   config_params = models.TextField(default=ConfTemplate)
  89   run_start_time = models.DateTimeField()
  90   RUN_STATUS_CHOICES = (
  91       (0, 'Sequencer running'), ##Solexa Data Pipeline Not Yet Started'),
  92       (1, 'Data Pipeline Started'),
  93       (2, 'Data Pipeline Interrupted'),
  94       (3, 'Data Pipeline Finished'),
  95       (4, 'CollectReads Started'),
  96       (5, 'CollectReads Finished'),
  97       (6, 'QC Finished'),
  98       (7, 'DONE'),
  99     )
 100   run_status = models.IntegerField(choices=RUN_STATUS_CHOICES, default=0)
 101   run_note = models.TextField(blank=True)
 102
 103
 104   def main_status(self):
 105     str = '<div'
 106     if self.run_status >= 5:
 107       str += ' style="color:green">'
 108       str += '<b>'+self.RUN_STATUS_CHOICES[self.run_status][1]+'</b>'
 109       str += '<br/><br/>' #<span style="color:red;font-size:80%;">New!</span>'
 110       str +='<br/><a target=_balnk href="'+settings.TASKS_PROJS_SERVER+'/Flowcells/'+self.fcid.flowcell_id+'/'+self.fcid.flowcell_id+'_QC_Summary.html" title="View QC Summaries of this run ..." ">View QC Page</a>'
 111     else:
 112       str += '>'+self.RUN_STATUS_CHOICES[self.run_status][1]
 113
 114     str += '</div>'
 115     return str
 116   main_status.allow_tags = True
 117
 118   main_status.allow_tags = True
 119
 120   def Flowcell_Info(self):
 121     str = '<b>'+self.fcid.__str__()+'</b>'
 122     str += '  (c: '+self.fcid.cluster_mac_id+',  s: '+self.fcid.seq_mac_id+')'
 123     str += '<div style="margin-top:5px;">'
 124     str +='<a title="View Lane List here ..."  onClick="el = document.getElementById(\'LanesOf'+self.fcid.__str__()+'\');if(el) (el.style.display==\'none\'?el.style.display=\'block\':el.style.display=\'none\')" style="cursor:pointer;color: #5b80b2;">View/hide lanes</a>'
 125     str += '<div id="LanesOf'+self.fcid.__str__()+'" style="display:block;border:solid #cccccc 1px;width:350px">'
 126     LanesList = '1: '+self.fcid.lane_1_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_1_library.library_species.use_genome_build+')<br/>2: '+self.fcid.lane_2_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_2_library.library_species.use_genome_build+')<br/>3: '+self.fcid.lane_3_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_3_library.library_species.use_genome_build+')<br/>4: '+self.fcid.lane_4_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_4_library.library_species.use_genome_build+')<br/>5: '+self.fcid.lane_5_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_5_library.library_species.use_genome_build+')<br/>6: '+self.fcid.lane_6_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_6_library.library_species.use_genome_build+')<br/>7: '+self.fcid.lane_7_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_7_library.library_species.use_genome_build+')<br/>8: '+self.fcid.lane_8_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_8_library.library_species.use_genome_build+')'
 127     str += LanesList ## self.fcid.Lanes()
 128     str += '</div>'
 129     str += '<div><a title="open Flowcell record" href="/admin/exp_track/flowcell/'+self.fcid.id.__str__()+'/" target=_self>Edit Flowcell record</a>'
 130     #str += '<span style="color:red;font-size:80%;margin-left:15px;margin-right:3px">New!</span>'
 131     str +='<a style="margin-left:15px;" target=_balnk href="/exp_track/'+self.fcid.flowcell_id+'" title="View XLS like sheet for this Flowcell LOG ..." ">GA LOG Page</a>'
 132     str += '</div>'
 133     str += '</div>'
 134     return str
 135   Flowcell_Info.allow_tags = True
 136
 137
 138 class Lane(models.Model):
 139   flowcell = models.ForeignKey(FlowCell)
 140   lane_number = models.IntegerField(choices=[(1,1),(2,2),(3,3),(4,4),(5,5),(6,6),(7,7),(8,8)])
 141   library = models.ForeignKey(Library)
 142   pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
 143   cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 144   comment = models.TextField(null=True, blank=True)