htsworkflow/frontend/experiments/models.py

   1 from django.db import models
   2 from htsworkflow.frontend.samples.models import *
   3 from htsworkflow.frontend.settings import options
   4 from django.core.exceptions import ObjectDoesNotExist
   5 import logging
   6
   7 class ClusterStation(models.Model):
   8   name = models.CharField(max_length=50, unique=True)
   9
  10   def __unicode__(self):
  11     return unicode(self.name)
  12
  13 class Sequencer(models.Model):
  14   name = models.CharField(max_length=50, unique=True)
  15
  16   def __unicode__(self):
  17     return unicode(self.name)
  18
  19 default_pM = 5
  20 try:
  21   default_pM = int(options.get('frontend', 'default_pm'))
  22 except ValueError,e:
  23   logging.error("invalid value for frontend.default_pm")
  24
  25
  26
  27
  28 class FlowCell(models.Model):
  29
  30   flowcell_id = models.CharField(max_length=20, unique=True, db_index=True)
  31   run_date = models.DateTimeField()
  32   advanced_run = models.BooleanField(default=False)
  33   paired_end = models.BooleanField(default=False)
  34   read_length = models.IntegerField(default=32) #Stanford is currenlty 25
  35
  36   lane_1_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_1_library")
  37   lane_2_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_2_library")
  38   lane_3_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_3_library")
  39   lane_4_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_4_library")
  40   lane_5_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_5_library")
  41   lane_6_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_6_library")
  42   lane_7_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_7_library")
  43   lane_8_library = models.ForeignKey(Library, related_name="lane_8_library")
  44
  45   lane_1_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
  46   lane_2_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
  47   lane_3_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
  48   lane_4_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
  49   lane_5_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
  50   lane_6_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
  51   lane_7_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
  52   lane_8_pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
  53
  54   lane_1_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  55   lane_2_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  56   lane_3_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  57   lane_4_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  58   lane_5_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  59   lane_6_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  60   lane_7_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  61   lane_8_cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
  62
  63   # lane_1_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_1_primer")
  64   # lane_2_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_2_primer")
  65   # lane_3_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_3_primer")
  66   # lane_4_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_4_primer")
  67   # lane_5_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_5_primer")
  68   # lane_6_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_6_primer")
  69   # lane_7_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_7_primer")
  70   # lane_8_primer = models.ForeignKey(Primer,blank=True,null=True,related_name="lane_8_primer")
  71
  72   cluster_station = models.ForeignKey(ClusterStation, default=3)
  73   sequencer = models.ForeignKey(Sequencer, default=1)
  74
  75   notes = models.TextField(blank=True)
  76
  77   def __unicode__(self):
  78       return unicode(self.flowcell_id)
  79
  80   def Create_LOG(self):
  81     str = ''
  82     str +='<a target=_balnk href="/experiments/'+self.flowcell_id+'" title="Create XLS like sheet for this Flowcell ..." ">Create LOG</a>'
  83     try:
  84       t = DataRun.objects.get(fcid=self.id)
  85       str +='<br/><a target=_self href="/admin/experiments/datarun/?q='+self.flowcell_id+'" title="Check Data Runs ..." ">DataRun ..</a>'
  86     except ObjectDoesNotExist:
  87       str += '<br/><span style="color:red">not sequenced</span>'
  88     return str
  89   Create_LOG.allow_tags = True
  90
  91   def Lanes(self):
  92     library_url = '/admin/samples/library/%s'
  93     html = ['<table>']
  94     for i in range(1,9):
  95         cluster_estimate = getattr(self, 'lane_%d_cluster_estimate' % (i,))
  96         if cluster_estimate is not None:
  97             cluster_estimate = "%s k" % ((int(cluster_estimate)/1000), )
  98         else:
  99             cluster_estimate = 'None'
 100         library_id = getattr(self, 'lane_%d_library_id' % (i,))
 101         library = getattr(self, 'lane_%d_library' % i)
 102         element = '<tr><td>%d</td><td><a href="%s">%s</a></td><td>%s</td></tr>'
 103         expanded_library_url = library_url %(library_id,)
 104         html.append(element % (i, expanded_library_url, library, cluster_estimate))
 105     html.append('</table>')
 106     return "\n".join(html)
 107   Lanes.allow_tags = True
 108
 109   class Meta:
 110     ordering = ["-run_date"]
 111
 112 ### -----------------------
 113 class DataRun(models.Model):
 114   ConfTemplate = "CONFIG PARAMS WILL BE GENERATED BY THE PIPELINE SCRIPT.\nYOU'LL BE ABLE TO EDIT AFTER IF NEEDED."
 115   run_folder = models.CharField(max_length=50,unique=True, db_index=True)
 116   fcid = models.ForeignKey(FlowCell,verbose_name="Flowcell Id")
 117   config_params = models.TextField(default=ConfTemplate)
 118   run_start_time = models.DateTimeField()
 119   RUN_STATUS_CHOICES = (
 120       (0, 'Sequencer running'), ##Solexa Data Pipeline Not Yet Started'),
 121       (1, 'Data Pipeline Started'),
 122       (2, 'Data Pipeline Interrupted'),
 123       (3, 'Data Pipeline Finished'),
 124       (4, 'CollectReads Started'),
 125       (5, 'CollectReads Finished'),
 126       (6, 'QC Finished'),
 127       (7, 'DONE'),
 128     )
 129   run_status = models.IntegerField(choices=RUN_STATUS_CHOICES, default=0)
 130   run_note = models.TextField(blank=True)
 131
 132
 133   def main_status(self):
 134     str = '<div'
 135     if self.run_status >= 5:
 136       str += ' style="color:green">'
 137       str += '<b>'+self.RUN_STATUS_CHOICES[self.run_status][1]+'</b>'
 138       str += '<br/><br/>' #<span style="color:red;font-size:80%;">New!</span>'
 139       str +='<br/><a target=_balnk href="'+settings.TASKS_PROJS_SERVER+'/Flowcells/'+self.fcid.flowcell_id+'/'+self.fcid.flowcell_id+'_QC_Summary.html" title="View QC Summaries of this run ..." ">View QC Page</a>'
 140     else:
 141       str += '>'+self.RUN_STATUS_CHOICES[self.run_status][1]
 142
 143     str += '</div>'
 144     return str
 145   main_status.allow_tags = True
 146
 147   main_status.allow_tags = True
 148
 149   def Flowcell_Info(self):
 150     str = '<b>'+self.fcid.__str__()+'</b>'
 151     str += '  (c: '+self.fcid.cluster_mac_id+',  s: '+self.fcid.seq_mac_id+')'
 152     str += '<div style="margin-top:5px;">'
 153     str +='<a title="View Lane List here ..."  onClick="el = document.getElementById(\'LanesOf'+self.fcid.__str__()+'\');if(el) (el.style.display==\'none\'?el.style.display=\'block\':el.style.display=\'none\')" style="cursor:pointer;color: #5b80b2;">View/hide lanes</a>'
 154     str += '<div id="LanesOf'+self.fcid.__str__()+'" style="display:block;border:solid #cccccc 1px;width:350px">'
 155     LanesList = '1: '+self.fcid.lane_1_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_1_library.library_species.use_genome_build+')<br/>2: '+self.fcid.lane_2_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_2_library.library_species.use_genome_build+')<br/>3: '+self.fcid.lane_3_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_3_library.library_species.use_genome_build+')<br/>4: '+self.fcid.lane_4_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_4_library.library_species.use_genome_build+')<br/>5: '+self.fcid.lane_5_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_5_library.library_species.use_genome_build+')<br/>6: '+self.fcid.lane_6_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_6_library.library_species.use_genome_build+')<br/>7: '+self.fcid.lane_7_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_7_library.library_species.use_genome_build+')<br/>8: '+self.fcid.lane_8_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_8_library.library_species.use_genome_build+')'
 156     str += LanesList ## self.fcid.Lanes()
 157     str += '</div>'
 158     str += '<div><a title="open Flowcell record" href="/admin/exp_track/flowcell/'+self.fcid.id.__str__()+'/" target=_self>Edit Flowcell record</a>'
 159     #str += '<span style="color:red;font-size:80%;margin-left:15px;margin-right:3px">New!</span>'
 160     str +='<a style="margin-left:15px;" target=_balnk href="/exp_track/'+self.fcid.flowcell_id+'" title="View XLS like sheet for this Flowcell LOG ..." ">GA LOG Page</a>'
 161     str += '</div>'
 162     str += '</div>'
 163     return str
 164   Flowcell_Info.allow_tags = True
 165
 166
 167 class Lane(models.Model):
 168   flowcell = models.ForeignKey(FlowCell)
 169   lane_number = models.IntegerField(choices=[(1,1),(2,2),(3,3),(4,4),(5,5),(6,6),(7,7),(8,8)])
 170   library = models.ForeignKey(Library)
 171   pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
 172   cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 173   comment = models.TextField(null=True, blank=True)