htsworkflow/frontend/experiments/models.py

   1 import logging
   2
   3 from django.core.exceptions import ObjectDoesNotExist
   4 from django.core import urlresolvers
   5 from django.db import models
   6
   7 from htsworkflow.frontend.samples.models import *
   8 from htsworkflow.frontend.settings import options
   9
  10 class ClusterStation(models.Model):
  11   name = models.CharField(max_length=50, unique=True)
  12
  13   def __unicode__(self):
  14     return unicode(self.name)
  15
  16 class Sequencer(models.Model):
  17   name = models.CharField(max_length=50, unique=True)
  18
  19   def __unicode__(self):
  20     return unicode(self.name)
  21
  22 default_pM = 5
  23 try:
  24   default_pM = int(options.get('frontend', 'default_pm'))
  25 except ValueError,e:
  26   logging.error("invalid value for frontend.default_pm")
  27
  28 class FlowCell(models.Model):
  29
  30   flowcell_id = models.CharField(max_length=20, unique=True, db_index=True)
  31   run_date = models.DateTimeField()
  32   advanced_run = models.BooleanField(default=False)
  33   paired_end = models.BooleanField(default=False)
  34   read_length = models.IntegerField(default=32) #Stanford is currenlty 25
  35   control_lane = models.IntegerField(choices=[(1,1),(2,2),(3,3),(4,4),(5,5),(6,6),(7,7),(8,8),(0,'All Lanes')], null=True)
  36
  37   cluster_station = models.ForeignKey(ClusterStation, default=3)
  38   sequencer = models.ForeignKey(Sequencer, default=1)
  39
  40   notes = models.TextField(blank=True)
  41
  42   def __unicode__(self):
  43       return unicode(self.flowcell_id)
  44
  45   def Create_LOG(self):
  46     str = ''
  47     str +='<a target=_balnk href="/experiments/'+self.flowcell_id+'" title="Create XLS like sheet for this Flowcell ..." ">Create LOG</a>'
  48     try:
  49       t = DataRun.objects.get(fcid=self.id)
  50       str +='<br/><a target=_self href="/admin/experiments/datarun/?q='+self.flowcell_id+'" title="Check Data Runs ..." ">DataRun ..</a>'
  51     except ObjectDoesNotExist:
  52       str += '<br/><span style="color:red">not sequenced</span>'
  53     return str
  54   Create_LOG.allow_tags = True
  55
  56   def Lanes(self):
  57     library_url = '/admin/samples/library/%s'
  58     html = ['<table>']
  59     #for i in range(1,9):
  60     for lane in self.lane_set.all():
  61         cluster_estimate = lane.cluster_estimate
  62         if cluster_estimate is not None:
  63             cluster_estimate = "%s k" % ((int(cluster_estimate)/1000), )
  64         else:
  65             cluster_estimate = 'None'
  66         library_id = lane.library_id
  67         library = lane.library
  68         element = '<tr><td>%d</td><td><a href="%s">%s</a></td><td>%s</td></tr>'
  69         expanded_library_url = library_url %(library_id,)
  70         html.append(element % (lane.lane_number, expanded_library_url, library, cluster_estimate))
  71     html.append('</table>')
  72     return "\n".join(html)
  73   Lanes.allow_tags = True
  74
  75   class Meta:
  76     ordering = ["-run_date"]
  77
  78   def get_admin_url(self):
  79     # that's the django way... except it didn't work
  80     #return urlresolvers.reverse('admin_experiments_FlowCell_change', args=(self.id,))
  81     return '/admin/experiments/flowcell/%s/' % (self.id,)
  82
  83   def flowcell_type(self):
  84     """
  85     Convert our boolean 'is paired' flag to a name
  86     """
  87     if self.paired_end:
  88       return u"Paired"
  89     else:
  90       return u"Single"
  91
  92   @models.permalink
  93   def get_absolute_url(self):
  94       return ('htsworkflow.frontend.experiments.views.flowcell_detail',
  95               [str(self.flowcell_id)])
  96
  97 ### -----------------------
  98 class DataRun(models.Model):
  99   ConfTemplate = "CONFIG PARAMS WILL BE GENERATED BY THE PIPELINE SCRIPT.\nYOU'LL BE ABLE TO EDIT AFTER IF NEEDED."
 100   run_folder = models.CharField(max_length=50,unique=True, db_index=True)
 101   fcid = models.ForeignKey(FlowCell,verbose_name="Flowcell Id")
 102   config_params = models.TextField(default=ConfTemplate)
 103   run_start_time = models.DateTimeField()
 104   RUN_STATUS_CHOICES = (
 105       (0, 'Sequencer running'), ##Solexa Data Pipeline Not Yet Started'),
 106       (1, 'Data Pipeline Started'),
 107       (2, 'Data Pipeline Interrupted'),
 108       (3, 'Data Pipeline Finished'),
 109       (4, 'CollectReads Started'),
 110       (5, 'CollectReads Finished'),
 111       (6, 'QC Finished'),
 112       (7, 'DONE'),
 113     )
 114   run_status = models.IntegerField(choices=RUN_STATUS_CHOICES, default=0)
 115   run_note = models.TextField(blank=True)
 116
 117
 118   def main_status(self):
 119     str = '<div'
 120     if self.run_status >= 5:
 121       str += ' style="color:green">'
 122       str += '<b>'+self.RUN_STATUS_CHOICES[self.run_status][1]+'</b>'
 123       str += '<br/><br/>' #<span style="color:red;font-size:80%;">New!</span>'
 124       str +='<br/><a target=_balnk href="'+settings.TASKS_PROJS_SERVER+'/Flowcells/'+self.fcid.flowcell_id+'/'+self.fcid.flowcell_id+'_QC_Summary.html" title="View QC Summaries of this run ..." ">View QC Page</a>'
 125     else:
 126       str += '>'+self.RUN_STATUS_CHOICES[self.run_status][1]
 127
 128     str += '</div>'
 129     return str
 130   main_status.allow_tags = True
 131
 132   main_status.allow_tags = True
 133
 134   def Flowcell_Info(self):
 135     str = '<b>'+self.fcid.__str__()+'</b>'
 136     str += '  (c: '+self.fcid.cluster_mac_id+',  s: '+self.fcid.seq_mac_id+')'
 137     str += '<div style="margin-top:5px;">'
 138     str +='<a title="View Lane List here ..."  onClick="el = document.getElementById(\'LanesOf'+self.fcid.__str__()+'\');if(el) (el.style.display==\'none\'?el.style.display=\'block\':el.style.display=\'none\')" style="cursor:pointer;color: #5b80b2;">View/hide lanes</a>'
 139     str += '<div id="LanesOf'+self.fcid.__str__()+'" style="display:block;border:solid #cccccc 1px;width:350px">'
 140     LanesList = '1: '+self.fcid.lane_1_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_1_library.library_species.use_genome_build+')<br/>2: '+self.fcid.lane_2_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_2_library.library_species.use_genome_build+')<br/>3: '+self.fcid.lane_3_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_3_library.library_species.use_genome_build+')<br/>4: '+self.fcid.lane_4_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_4_library.library_species.use_genome_build+')<br/>5: '+self.fcid.lane_5_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_5_library.library_species.use_genome_build+')<br/>6: '+self.fcid.lane_6_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_6_library.library_species.use_genome_build+')<br/>7: '+self.fcid.lane_7_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_7_library.library_species.use_genome_build+')<br/>8: '+self.fcid.lane_8_library.__str__()+' ('+self.fcid.lane_8_library.library_species.use_genome_build+')'
 141     str += LanesList ## self.fcid.Lanes()
 142     str += '</div>'
 143     str += '<div><a title="open Flowcell record" href="/admin/exp_track/flowcell/'+self.fcid.id.__str__()+'/" target=_self>Edit Flowcell record</a>'
 144     #str += '<span style="color:red;font-size:80%;margin-left:15px;margin-right:3px">New!</span>'
 145     str +='<a style="margin-left:15px;" target=_balnk href="/exp_track/'+self.fcid.flowcell_id+'" title="View XLS like sheet for this Flowcell LOG ..." ">GA LOG Page</a>'
 146     str += '</div>'
 147     str += '</div>'
 148     return str
 149   Flowcell_Info.allow_tags = True
 150
 151 LANE_STATUS_CODES = [(0, 'Failed'),
 152                     (1, 'Marginal'),
 153                     (2, 'Good'),]
 154 LANE_STATUS_MAP = dict((int(k),v) for k,v in LANE_STATUS_CODES )
 155 LANE_STATUS_MAP[None] = "Unknown"
 156
 157 class Lane(models.Model):
 158   flowcell = models.ForeignKey(FlowCell)
 159   lane_number = models.IntegerField(choices=[(1,1),(2,2),(3,3),(4,4),(5,5),(6,6),(7,7),(8,8)])
 160   library = models.ForeignKey(Library)
 161   pM = models.DecimalField(max_digits=5, decimal_places=2,blank=False, null=False,default=default_pM)
 162   cluster_estimate = models.IntegerField(blank=True, null=True)
 163   status = models.IntegerField(choices=LANE_STATUS_CODES, null=True, blank=True)
 164   comment = models.TextField(null=True, blank=True)
 165
 166   @models.permalink
 167   def get_absolute_url(self):
 168        return ('htsworkflow.frontend.experiments.views.flowcell_lane_detail',
 169                [str(self.flowcell.flowcell_id), str(self.lane_number)])