htsworkflow/frontend/inventory/views.py

   1 from htsworkflow.frontend.inventory.models import Item, LongTermStorage
   2 from htsworkflow.frontend.experiments.models import FlowCell
   3
   4 from django.core.exceptions import ObjectDoesNotExist
   5 from django.http import HttpResponse
   6
   7
   8 def link_flowcell_and_device(request, flowcell, serial):
   9     """
  10     Updates database records of a flowcell being archived on a device with a particular serial #
  11     """
  12     assert flowcell is not None
  13     assert serial is not None
  14
  15     LTS_UPDATED = False
  16     SD_UPDATED = False
  17     LIBRARY_UPDATED = False
  18
  19     ###########################################
  20     # Retrieve Storage Device
  21     try:
  22         sd = Item.objects.get(barcode_id=serial)
  23     except ObjectDoesNotExist, e:
  24         msg = "Item with barcode_id of %s not found." % (serial)
  25         raise ObjectDoesNotExist(msg)
  26
  27     ###########################################
  28     # Retrieve FlowCell
  29     try:
  30         fc = FlowCell.objects.get(flowcell_id=flowcell)
  31     except ObjectDoesNotExist, e:
  32         msg = "FlowCell with flowcell_id of %s not found." % (flowcell)
  33         raise ObjectDoesNotExist(msg)
  34
  35     ###########################################
  36     # Retrieve or create LongTermStorage Object
  37     count = fc.longtermstorage_set.count()
  38     lts = None
  39     if count > 1:
  40         msg = "There really should only be one longtermstorage object per flowcell"
  41         raise ValueError, msg
  42     elif count == 1:
  43         # lts already attached to flowcell
  44         lts = fc.longtermstorage_set.all()[0]
  45     else:
  46         lts = LongTermStorage()
  47         # Attach flowcell
  48         lts.flowcell = fc
  49         # Need a primary keey before linking to storage devices
  50         lts.save()
  51         LTS_UPDATED = True
  52
  53
  54     ############################################
  55     # Link Storage to Flowcell
  56
  57     # Add a link to this storage device if it is not already linked.
  58     if sd not in lts.storage_devices.all():
  59         lts.storage_devices.add(sd)
  60         SD_UPDATED = True
  61
  62     ###########################################
  63     # Add Library Links to LTS
  64
  65     if fc.lane_1_library not in lts.libraries.all():
  66         lts.libraries.add(fc.lane_1_library)
  67         LIBRARY_UPDATED = True
  68         print 1
  69
  70     if fc.lane_2_library not in lts.libraries.all():
  71         lts.libraries.add(fc.lane_2_library)
  72         LIBRARY_UPDATED = True
  73         print 2
  74
  75     if fc.lane_3_library not in lts.libraries.all():
  76         lts.libraries.add(fc.lane_3_library)
  77         LIBRARY_UPDATED = True
  78         print 3
  79
  80     if fc.lane_4_library not in lts.libraries.all():
  81         lts.libraries.add(fc.lane_4_library)
  82         LIBRARY_UPDATED = True
  83         print 4
  84
  85
  86     if fc.lane_5_library not in lts.libraries.all():
  87         lts.libraries.add(fc.lane_5_library)
  88         LIBRARY_UPDATED = True
  89         print 5
  90
  91     if fc.lane_6_library not in lts.libraries.all():
  92         lts.libraries.add(fc.lane_6_library)
  93         LIBRARY_UPDATED = True
  94         print 6
  95
  96     if fc.lane_7_library not in lts.libraries.all():
  97         lts.libraries.add(fc.lane_7_library)
  98         LIBRARY_UPDATED = True
  99         print 7
 100
 101     if fc.lane_8_library not in lts.libraries.all():
 102         lts.libraries.add(fc.lane_8_library)
 103         LIBRARY_UPDATED = True
 104         print 8
 105
 106     # Save Changes
 107     lts.save()
 108
 109     msg = ['Success:']
 110     if LTS_UPDATED or SD_UPDATED or LIBRARY_UPDATED:
 111         msg.append('  LongTermStorage (LTS) Created: %s' % (LTS_UPDATED))
 112         msg.append('   Storage Device Linked to LTS: %s' % (SD_UPDATED))
 113         msg.append('       Libraries updated in LTS: %s' % (LIBRARY_UPDATED))
 114     else:
 115         msg.append('  No Updates Needed.')
 116
 117     return HttpResponse('\n'.join(msg))