htsworkflow/frontend/inventory/views.py

   1 from htsworkflow.frontend.inventory.models import Item, LongTermStorage
   2 from htsworkflow.frontend.experiments.models import FlowCell
   3 from htsworkflow.frontend.bcmagic.forms import BarcodeMagicForm
   4 from htsworkflow.util.jsonutil import encode_json
   5
   6 from django.core.exceptions import ObjectDoesNotExist
   7 from django.http import HttpResponse, HttpResponseRedirect
   8 from django.shortcuts import render_to_response
   9 from django.template import RequestContext
  10 from django.template.loader import get_template
  11 from django.contrib.auth.decorators import login_required
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  15 INVENTORY_CONTEXT_DEFAULTS = {
  16     'app_name': 'Inventory Tracker',
  17     'bcmagic': BarcodeMagicForm()
  18 }
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  20 def data_items(request):
  21     """
  22     Returns items in json format
  23     """
  24     item_list = Item.objects.all()
  25     d = { 'results': len(item_list) }
  26     rows = []
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  28     for item in item_list:
  29         item_d = {}
  30         item_d['uuid'] = item.uuid
  31         item_d['barcode_id'] = item.barcode_id
  32         item_d['model_id'] = item.item_info.model_id
  33         item_d['part_number'] = item.item_info.part_number
  34         item_d['lot_number'] = item.item_info.lot_number
  35         item_d['vendor'] = item.item_info.vendor.name
  36         item_d['creation_date'] = item.creation_date.strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S')
  37         item_d['modified_date'] = item.modified_date.strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S')
  38         item_d['location'] = item.location.name
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  40         # Item status if exists
  41         if item.status is None:
  42             item_d['status'] = ''
  43         else:
  44             item_d['status'] = item.status.name
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  46         # Stored flowcells on device
  47         if item.longtermstorage_set.count() > 0:
  48             item_d['flowcells'] = ','.join([ lts.flowcell.flowcell_id for lts in item.longtermstorage_set.all() ])
  49         else:
  50             item_d['flowcells'] = ''
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  52         item_d['type'] = item.item_type.name
  53         rows.append(item_d)
  54
  55     d['rows'] = rows
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  57     return HttpResponse(encode_json(d), content_type="application/javascript")
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  60 def index(request):
  61     """
  62     Inventory Index View
  63     """
  64     context_dict = {
  65         'page_name': 'Inventory Index'
  66     }
  67     context_dict.update(INVENTORY_CONTEXT_DEFAULTS)
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  69     return render_to_response('inventory_index.html',
  70                               context_dict,
  71                               context_instance=RequestContext(request))
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  74 def link_flowcell_and_device(request, flowcell, serial):
  75     """
  76     Updates database records of a flowcell being archived on a device with a particular serial #
  77     """
  78     assert flowcell is not None
  79     assert serial is not None
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  81     LTS_UPDATED = False
  82     SD_UPDATED = False
  83     LIBRARY_UPDATED = False
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  85     ###########################################
  86     # Retrieve Storage Device
  87     try:
  88         sd = Item.objects.get(barcode_id=serial)
  89     except ObjectDoesNotExist, e:
  90         msg = "Item with barcode_id of %s not found." % (serial)
  91         raise ObjectDoesNotExist(msg)
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  93     ###########################################
  94     # Retrieve FlowCell
  95     try:
  96         fc = FlowCell.objects.get(flowcell_id=flowcell)
  97     except ObjectDoesNotExist, e:
  98         msg = "FlowCell with flowcell_id of %s not found." % (flowcell)
  99         raise ObjectDoesNotExist(msg)
 100
 101     ###########################################
 102     # Retrieve or create LongTermStorage Object
 103     count = fc.longtermstorage_set.count()
 104     lts = None
 105     if count > 1:
 106         msg = "There really should only be one longtermstorage object per flowcell"
 107         raise ValueError, msg
 108     elif count == 1:
 109         # lts already attached to flowcell
 110         lts = fc.longtermstorage_set.all()[0]
 111     else:
 112         lts = LongTermStorage()
 113         # Attach flowcell
 114         lts.flowcell = fc
 115         # Need a primary keey before linking to storage devices
 116         lts.save()
 117         LTS_UPDATED = True
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 120     ############################################
 121     # Link Storage to Flowcell
 122
 123     # Add a link to this storage device if it is not already linked.
 124     if sd not in lts.storage_devices.all():
 125         lts.storage_devices.add(sd)
 126         SD_UPDATED = True
 127
 128     ###########################################
 129     # Add Library Links to LTS
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 131     if fc.lane_1_library not in lts.libraries.all():
 132         lts.libraries.add(fc.lane_1_library)
 133         LIBRARY_UPDATED = True
 134         print 1
 135
 136     if fc.lane_2_library not in lts.libraries.all():
 137         lts.libraries.add(fc.lane_2_library)
 138         LIBRARY_UPDATED = True
 139         print 2
 140
 141     if fc.lane_3_library not in lts.libraries.all():
 142         lts.libraries.add(fc.lane_3_library)
 143         LIBRARY_UPDATED = True
 144         print 3
 145
 146     if fc.lane_4_library not in lts.libraries.all():
 147         lts.libraries.add(fc.lane_4_library)
 148         LIBRARY_UPDATED = True
 149         print 4
 150
 151
 152     if fc.lane_5_library not in lts.libraries.all():
 153         lts.libraries.add(fc.lane_5_library)
 154         LIBRARY_UPDATED = True
 155         print 5
 156
 157     if fc.lane_6_library not in lts.libraries.all():
 158         lts.libraries.add(fc.lane_6_library)
 159         LIBRARY_UPDATED = True
 160         print 6
 161
 162     if fc.lane_7_library not in lts.libraries.all():
 163         lts.libraries.add(fc.lane_7_library)
 164         LIBRARY_UPDATED = True
 165         print 7
 166
 167     if fc.lane_8_library not in lts.libraries.all():
 168         lts.libraries.add(fc.lane_8_library)
 169         LIBRARY_UPDATED = True
 170         print 8
 171
 172     # Save Changes
 173     lts.save()
 174
 175     msg = ['Success:']
 176     if LTS_UPDATED or SD_UPDATED or LIBRARY_UPDATED:
 177         msg.append('  LongTermStorage (LTS) Created: %s' % (LTS_UPDATED))
 178         msg.append('   Storage Device Linked to LTS: %s' % (SD_UPDATED))
 179         msg.append('       Libraries updated in LTS: %s' % (LIBRARY_UPDATED))
 180     else:
 181         msg.append('  No Updates Needed.')
 182
 183     return HttpResponse('\n'.join(msg))