htsworkflow/frontend/inventory/views.py

   1 from htsworkflow.frontend.inventory.models import Item, LongTermStorage
   2 from htsworkflow.frontend.experiments.models import FlowCell
   3 from htsworkflow.frontend.bcmagic.forms import BarcodeMagicForm
   4
   5 from django.core.exceptions import ObjectDoesNotExist
   6 from django.http import HttpResponse, HttpResponseRedirect
   7 from django.shortcuts import render_to_response
   8 from django.template import RequestContext
   9 from django.template.loader import get_template
  10 from django.contrib.auth.decorators import login_required
  11
  12 import json
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  14 INVENTORY_CONTEXT_DEFAULTS = {
  15     'app_name': 'Inventory Tracker',
  16     'bcmagic': BarcodeMagicForm()
  17 }
  18
  19 def data_items(request):
  20     """
  21     Returns items in json format
  22     """
  23     item_list = Item.objects.all()
  24     d = { 'results': len(item_list) }
  25     rows = []
  26
  27     for item in item_list:
  28         item_d = {}
  29         item_d['uuid'] = item.uuid
  30         item_d['barcode_id'] = item.barcode_id
  31         item_d['creation_date'] = item.creation_date.strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S')
  32         item_d['modified_date'] = item.modified_date.strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S')
  33         item_d['type'] = item.item_type.name
  34         rows.append(item_d)
  35
  36     d['rows'] = rows
  37
  38     j = json.JSONEncoder()
  39     return HttpResponse(j.encode(d), content_type="application/javascript")
  40
  41 def index(request):
  42     """
  43     Inventory Index View
  44     """
  45     context_dict = {
  46         'page_name': 'Inventory Index'
  47     }
  48     context_dict.update(INVENTORY_CONTEXT_DEFAULTS)
  49
  50     return render_to_response('inventory_index.html',
  51                               context_dict,
  52                               context_instance=RequestContext(request))
  53
  54
  55 def link_flowcell_and_device(request, flowcell, serial):
  56     """
  57     Updates database records of a flowcell being archived on a device with a particular serial #
  58     """
  59     assert flowcell is not None
  60     assert serial is not None
  61
  62     LTS_UPDATED = False
  63     SD_UPDATED = False
  64     LIBRARY_UPDATED = False
  65
  66     ###########################################
  67     # Retrieve Storage Device
  68     try:
  69         sd = Item.objects.get(barcode_id=serial)
  70     except ObjectDoesNotExist, e:
  71         msg = "Item with barcode_id of %s not found." % (serial)
  72         raise ObjectDoesNotExist(msg)
  73
  74     ###########################################
  75     # Retrieve FlowCell
  76     try:
  77         fc = FlowCell.objects.get(flowcell_id=flowcell)
  78     except ObjectDoesNotExist, e:
  79         msg = "FlowCell with flowcell_id of %s not found." % (flowcell)
  80         raise ObjectDoesNotExist(msg)
  81
  82     ###########################################
  83     # Retrieve or create LongTermStorage Object
  84     count = fc.longtermstorage_set.count()
  85     lts = None
  86     if count > 1:
  87         msg = "There really should only be one longtermstorage object per flowcell"
  88         raise ValueError, msg
  89     elif count == 1:
  90         # lts already attached to flowcell
  91         lts = fc.longtermstorage_set.all()[0]
  92     else:
  93         lts = LongTermStorage()
  94         # Attach flowcell
  95         lts.flowcell = fc
  96         # Need a primary keey before linking to storage devices
  97         lts.save()
  98         LTS_UPDATED = True
  99
 100
 101     ############################################
 102     # Link Storage to Flowcell
 103
 104     # Add a link to this storage device if it is not already linked.
 105     if sd not in lts.storage_devices.all():
 106         lts.storage_devices.add(sd)
 107         SD_UPDATED = True
 108
 109     ###########################################
 110     # Add Library Links to LTS
 111
 112     if fc.lane_1_library not in lts.libraries.all():
 113         lts.libraries.add(fc.lane_1_library)
 114         LIBRARY_UPDATED = True
 115         print 1
 116
 117     if fc.lane_2_library not in lts.libraries.all():
 118         lts.libraries.add(fc.lane_2_library)
 119         LIBRARY_UPDATED = True
 120         print 2
 121
 122     if fc.lane_3_library not in lts.libraries.all():
 123         lts.libraries.add(fc.lane_3_library)
 124         LIBRARY_UPDATED = True
 125         print 3
 126
 127     if fc.lane_4_library not in lts.libraries.all():
 128         lts.libraries.add(fc.lane_4_library)
 129         LIBRARY_UPDATED = True
 130         print 4
 131
 132
 133     if fc.lane_5_library not in lts.libraries.all():
 134         lts.libraries.add(fc.lane_5_library)
 135         LIBRARY_UPDATED = True
 136         print 5
 137
 138     if fc.lane_6_library not in lts.libraries.all():
 139         lts.libraries.add(fc.lane_6_library)
 140         LIBRARY_UPDATED = True
 141         print 6
 142
 143     if fc.lane_7_library not in lts.libraries.all():
 144         lts.libraries.add(fc.lane_7_library)
 145         LIBRARY_UPDATED = True
 146         print 7
 147
 148     if fc.lane_8_library not in lts.libraries.all():
 149         lts.libraries.add(fc.lane_8_library)
 150         LIBRARY_UPDATED = True
 151         print 8
 152
 153     # Save Changes
 154     lts.save()
 155
 156     msg = ['Success:']
 157     if LTS_UPDATED or SD_UPDATED or LIBRARY_UPDATED:
 158         msg.append('  LongTermStorage (LTS) Created: %s' % (LTS_UPDATED))
 159         msg.append('   Storage Device Linked to LTS: %s' % (SD_UPDATED))
 160         msg.append('       Libraries updated in LTS: %s' % (LIBRARY_UPDATED))
 161     else:
 162         msg.append('  No Updates Needed.')
 163
 164     return HttpResponse('\n'.join(msg))