htsworkflow/frontend/settings.py

   1 """
   2 Generate settings for the Django Application.
   3
   4 To make it easier to customize the application the settings can be
   5 defined in a configuration file read by ConfigParser.
   6
   7 The options understood by this module are (with their defaults):
   8
   9   [frontend]
  10   email_host=localhost
  11   email_port=25
  12   database_engine=sqlite3
  13   database_name=/path/to/db
  14
  15   [admins]
  16   #name1=email1
  17
  18   [allowed_hosts]
  19   #name1=ip
  20   localhost=127.0.0.1
  21
  22   [allowed_analysis_hosts]
  23   #name1=ip
  24   localhost=127.0.0.1
  25
  26 """
  27 import ConfigParser
  28 import os
  29
  30 def options_to_list(dest, section_name):
  31   """
  32   Load a options from section_name and store in a dictionary
  33   """
  34   if options.has_section(section_name):
  35     for name in options.options(section_name):
  36       dest.append( options.get(section_name, name) )
  37
  38 def options_to_dict(dest, section_name):
  39   """
  40   Load a options from section_name and store in a dictionary
  41   """
  42   if options.has_section(section_name):
  43     for name in options.options(section_name):
  44       dest[name] = options.get(section_name, name)
  45
  46 # define your defaults here
  47 options = ConfigParser.SafeConfigParser(
  48            { 'email_host': 'localhost',
  49              'email_port': '25',
  50              'database_engine': 'sqlite3',
  51              'database_name':
  52                os.path.abspath('/htsworkflow/htswfrontend/dev_fctracker.db'),
  53              'time_zone': 'America/Los_Angeles',
  54            })
  55
  56 options.read([os.path.expanduser("~/.htsworkflow.ini"),
  57               '/etc/htsworkflow.ini',])
  58
  59 # Django settings for elandifier project.
  60
  61 DEBUG = True
  62 TEMPLATE_DEBUG = DEBUG
  63
  64 ADMINS = []
  65 options_to_list(ADMINS, 'admins')
  66
  67 MANAGERS = ADMINS
  68
  69 EMAIL_HOST = options.get('frontend', 'email_host')
  70 EMAIL_PORT = int(options.get('frontend', 'email_port'))
  71
  72 # 'postgresql_psycopg2', 'postgresql', 'mysql', 'sqlite3' or 'ado_mssql'.
  73 DATABASE_ENGINE = options.get('frontend', 'database_engine')
  74
  75 # Or path to database file if using sqlite3.
  76 DATABASE_NAME = options.get('frontend', 'database_name' )
  77 DATABASE_USER = ''             # Not used with sqlite3.
  78 DATABASE_PASSWORD = ''         # Not used with sqlite3.
  79 DATABASE_HOST = ''             # Set to empty string for localhost. Not used with sqlite3.
  80 DATABASE_PORT = ''             # Set to empty string for default. Not used with sqlite3.
  81
  82 # Local time zone for this installation. Choices can be found here:
  83 # http://www.postgresql.org/docs/8.1/static/datetime-keywords.html#DATETIME-TIMEZONE-SET-TABLE
  84 # although not all variations may be possible on all operating systems.
  85 # If running in a Windows environment this must be set to the same as your
  86 # system time zone.
  87 TIME_ZONE = options.get('frontend', 'time_zone')
  88
  89 # Language code for this installation. All choices can be found here:
  90 # http://www.w3.org/TR/REC-html40/struct/dirlang.html#langcodes
  91 # http://blogs.law.harvard.edu/tech/stories/storyReader$15
  92 LANGUAGE_CODE = 'en-us'
  93
  94 SITE_ID = 1
  95
  96 # If you set this to False, Django will make some optimizations so as not
  97 # to load the internationalization machinery.
  98 USE_I18N = True
  99
 100 # Absolute path to the directory that holds media.
 101 # Example: "/home/media/media.lawrence.com/"
 102 MEDIA_ROOT = ''
 103
 104 # URL that handles the media served from MEDIA_ROOT.
 105 # Example: "http://media.lawrence.com"
 106 MEDIA_URL = ''
 107
 108 # URL prefix for admin media -- CSS, JavaScript and images. Make sure to use a
 109 # trailing slash.
 110 # Examples: "http://foo.com/media/", "/media/".
 111 ADMIN_MEDIA_PREFIX = '/media/'
 112
 113 # Make this unique, and don't share it with anybody.
 114 SECRET_KEY = '(ekv^=gf(j9f(x25@a7r+8)hqlz%&_1!tw^75l%^041#vi=@4n'
 115
 116 # List of callables that know how to import templates from various sources.
 117 TEMPLATE_LOADERS = (
 118     'django.template.loaders.filesystem.load_template_source',
 119     'django.template.loaders.app_directories.load_template_source',
 120 #     'django.template.loaders.eggs.load_template_source',
 121 )
 122
 123 MIDDLEWARE_CLASSES = (
 124     'django.middleware.common.CommonMiddleware',
 125     'django.contrib.sessions.middleware.SessionMiddleware',
 126     'django.contrib.auth.middleware.AuthenticationMiddleware',
 127     'django.middleware.doc.XViewMiddleware',
 128 )
 129
 130 ROOT_URLCONF = 'htsworkflow.frontend.urls'
 131
 132 TEMPLATE_DIRS = (
 133     # Put strings here, like "/home/html/django_templates" or "C:/www/django/templates".
 134     # Always use forward slashes, even on Windows.
 135     # Don't forget to use absolute paths, not relative paths.
 136     os.path.join(os.path.split(__file__)[0], 'templates'),
 137 )
 138
 139 INSTALLED_APPS = (
 140     'django.contrib.admin',
 141     'django.contrib.auth',
 142     'django.contrib.contenttypes',
 143     'django.contrib.sessions',
 144     'django.contrib.sites',
 145     'htsworkflow.frontend.eland_config',
 146     'htsworkflow.frontend.samples',
 147     # modules from htsworkflow branch
 148     'htsworkflow.frontend.experiments',
 149     'htsworkflow.frontend.analysis',
 150     'htsworkflow.frontend.reports',
 151     'django.contrib.databrowse',
 152 )
 153
 154 # Project specific settings
 155
 156 ALLOWED_IPS={'localhost': '127.0.0.1'}
 157 options_to_dict(ALLOWED_IPS, 'allowed_hosts')
 158
 159 ALLOWED_ANALYS_IPS = {'localhost': '127.0.0.1'}
 160 options_to_dict(ALLOWED_ANALYS_IPS, 'allowed_analysis_hosts')
 161 #UPLOADTO_HOME = os.path.abspath('../../uploads')
 162 #UPLOADTO_CONFIG_FILE = os.path.join(UPLOADTO_HOME, 'eland_config')
 163 #UPLOADTO_ELAND_RESULT_PACKS = os.path.join(UPLOADTO_HOME, 'eland_results')
 164 #UPLOADTO_BED_PACKS = os.path.join(UPLOADTO_HOME, 'bed_packs')