htsworkflow/frontend/settings.py

   1 """
   2 Generate settings for the Django Application.
   3
   4 To make it easier to customize the application the settings can be
   5 defined in a configuration file read by ConfigParser.
   6
   7 The options understood by this module are (with their defaults):
   8
   9   [frontend]
  10   email_host=localhost
  11   email_port=25
  12   database_engine=sqlite3
  13   database_name=/path/to/db
  14
  15   [admins]
  16   #name1=email1
  17
  18   [allowed_hosts]
  19   #name1=ip
  20   localhost=127.0.0.1
  21
  22   [allowed_analysis_hosts]
  23   #name1=ip
  24   localhost=127.0.0.1
  25
  26 """
  27 import ConfigParser
  28 import os
  29 import shlex
  30
  31 # make epydoc happy
  32 __docformat__ = "restructuredtext en"
  33
  34 def options_to_list(options, dest, section_name, option_name):
  35   """
  36   Load a options from section_name and store in a dictionary
  37   """
  38   if options.has_option(section_name, option_name):
  39     opt = options.get(section_name, option_name)
  40     dest.extend( shlex.split(opt) )
  41
  42 def options_to_dict(dest, section_name):
  43   """
  44   Load a options from section_name and store in a dictionary
  45   """
  46   if options.has_section(section_name):
  47     for name in options.options(section_name):
  48       dest[name] = options.get(section_name, name)
  49
  50 # define your defaults here
  51 options = ConfigParser.SafeConfigParser(
  52            { 'email_host': 'localhost',
  53              'email_port': '25',
  54              'database_engine': 'sqlite3',
  55              'database_name':
  56                os.path.abspath('/htsworkflow/htswfrontend/dev_fctracker.db'),
  57              'time_zone': 'America/Los_Angeles',
  58              'default_pm': '5',
  59              'link_flowcell_storage_device_url': "http://localhost:8000/inventory/lts/link/",
  60              'printer1_host': '127.0.0.1',
  61              'printer1_port': '9100',
  62              'printer2_host': '127.0.0.1',
  63              'printer2_port': '9100',
  64            })
  65
  66 options.read([os.path.expanduser("~/.htsworkflow.ini"),
  67               '/etc/htsworkflow.ini',])
  68
  69 # OptionParser will use the dictionary passed into the config parser as
  70 # 'Default' values in any section. However it still needs an empty section
  71 # to exist in order to retrieve anything.
  72 if not options.has_section('frontend'):
  73     options.add_section('frontend')
  74 if not options.has_section('bcprinter'):
  75     options.add_section('bcprinter')
  76
  77
  78 # Django settings for elandifier project.
  79
  80 DEBUG = True
  81 TEMPLATE_DEBUG = DEBUG
  82
  83 ADMINS = []
  84 options_to_list(options, ADMINS, 'frontend', 'admins')
  85
  86 MANAGERS = []
  87 options_to_list(options, MANAGERS, 'frontend', 'managers')
  88
  89 AUTHENTICATION_BACKENDS = ( 'samples.auth_backend.HTSUserModelBackend', )
  90 CUSTOM_USER_MODEL = 'samples.HTSUser'
  91
  92 EMAIL_HOST = options.get('frontend', 'email_host')
  93 EMAIL_PORT = int(options.get('frontend', 'email_port'))
  94
  95 if options.has_option('frontend', 'notification_sender'):
  96     NOTIFICATION_SENDER = options.get('frontend', 'notification_sender')
  97 else:
  98     NOTIFICATION_SENDER = "noreply@example.com"
  99
 100 # 'postgresql_psycopg2', 'postgresql', 'mysql', 'sqlite3' or 'ado_mssql'.
 101 DATABASE_ENGINE = options.get('frontend', 'database_engine')
 102
 103 # Or path to database file if using sqlite3.
 104 DATABASE_NAME = options.get('frontend', 'database_name' )
 105 DATABASE_USER = ''             # Not used with sqlite3.
 106 DATABASE_PASSWORD = ''         # Not used with sqlite3.
 107 DATABASE_HOST = ''             # Set to empty string for localhost. Not used with sqlite3.
 108 DATABASE_PORT = ''             # Set to empty string for default. Not used with sqlite3.
 109
 110 # Local time zone for this installation. Choices can be found here:
 111 # http://www.postgresql.org/docs/8.1/static/datetime-keywords.html#DATETIME-TIMEZONE-SET-TABLE
 112 # although not all variations may be possible on all operating systems.
 113 # If running in a Windows environment this must be set to the same as your
 114 # system time zone.
 115 TIME_ZONE = options.get('frontend', 'time_zone')
 116
 117 # Language code for this installation. All choices can be found here:
 118 # http://www.w3.org/TR/REC-html40/struct/dirlang.html#langcodes
 119 # http://blogs.law.harvard.edu/tech/stories/storyReader$15
 120 LANGUAGE_CODE = 'en-us'
 121
 122 SITE_ID = 1
 123
 124 # If you set this to False, Django will make some optimizations so as not
 125 # to load the internationalization machinery.
 126 USE_I18N = True
 127
 128 # Absolute path to the directory that holds media.
 129 # Example: "/home/media/media.lawrence.com/"
 130 MEDIA_ROOT = os.path.abspath(os.path.split(__file__)[0]) + '/static/'
 131
 132 # URL that handles the media served from MEDIA_ROOT.
 133 # Example: "http://media.lawrence.com"
 134 MEDIA_URL = '/static/'
 135
 136 # URL prefix for admin media -- CSS, JavaScript and images. Make sure to use a
 137 # trailing slash.
 138 # Examples: "http://foo.com/media/", "/media/".
 139 ADMIN_MEDIA_PREFIX = '/media/'
 140
 141 # Make this unique, and don't share it with anybody.
 142 SECRET_KEY = '(ekv^=gf(j9f(x25@a7r+8)hqlz%&_1!tw^75l%^041#vi=@4n'
 143
 144 # some of our urls need an api key
 145 DEFAULT_API_KEY = 'n7HsXGHIi0vp9j5u4TIRJyqAlXYc4wrH'
 146
 147 # List of callables that know how to import templates from various sources.
 148 TEMPLATE_LOADERS = (
 149     'django.template.loaders.filesystem.load_template_source',
 150     'django.template.loaders.app_directories.load_template_source',
 151 #     'django.template.loaders.eggs.load_template_source',
 152 )
 153
 154 MIDDLEWARE_CLASSES = (
 155     'django.middleware.common.CommonMiddleware',
 156     'django.contrib.sessions.middleware.SessionMiddleware',
 157     'django.contrib.auth.middleware.AuthenticationMiddleware',
 158     'django.middleware.doc.XViewMiddleware',
 159 )
 160
 161 ROOT_URLCONF = 'htsworkflow.frontend.urls'
 162
 163 TEMPLATE_DIRS = (
 164     # Put strings here, like "/home/html/django_templates" or "C:/www/django/templates".
 165     # Always use forward slashes, even on Windows.
 166     # Don't forget to use absolute paths, not relative paths.
 167     os.path.join(os.path.split(__file__)[0], 'templates'),
 168 )
 169
 170 INSTALLED_APPS = (
 171     'django.contrib.admin',
 172     'django.contrib.auth',
 173     'django.contrib.contenttypes',
 174     'django.contrib.humanize',
 175     'django.contrib.sessions',
 176     'django.contrib.sites',
 177     'htsworkflow.frontend.eland_config',
 178     'htsworkflow.frontend.samples',
 179     # modules from htsworkflow branch
 180     'htsworkflow.frontend.experiments',
 181     'htsworkflow.frontend.analysis',
 182     'htsworkflow.frontend.reports',
 183     'htsworkflow.frontend.inventory',
 184     'htsworkflow.frontend.bcmagic',
 185     'django.contrib.databrowse',
 186 )
 187
 188 # Project specific settings
 189
 190 ALLOWED_IPS={'127.0.0.1': '127.0.0.1'}
 191 options_to_dict(ALLOWED_IPS, 'allowed_hosts')
 192
 193 ALLOWED_ANALYS_IPS = {'127.0.0.1': '127.0.0.1'}
 194 options_to_dict(ALLOWED_ANALYS_IPS, 'allowed_analysis_hosts')
 195
 196 UPLOADTO_HOME = os.path.abspath('/home/www/gaworkflow/uploads')
 197 UPLOADTO_CONFIG_FILE = os.path.join(UPLOADTO_HOME, 'eland_config')
 198 UPLOADTO_ELAND_RESULT_PACKS = os.path.join(UPLOADTO_HOME, 'eland_results')
 199 UPLOADTO_BED_PACKS = os.path.join(UPLOADTO_HOME, 'bed_packs')
 200
 201 RESULT_HOME_DIR=os.path.abspath('/woldlab/loxcyc/data00/solexa-sequence/flowcells')
 202
 203 LINK_FLOWCELL_STORAGE_DEVICE_URL = options.get('frontend', 'link_flowcell_storage_device_url')
 204 # PORT 9100 is default for Zebra tabletop/desktop printers
 205 # PORT 6101 is default for Zebra mobile printers
 206 BCPRINTER_PRINTER1_HOST = options.get('bcprinter', 'printer1_host')
 207 BCPRINTER_PRINTER1_PORT = int(options.get('bcprinter', 'printer1_port'))
 208 BCPRINTER_PRINTER2_HOST = options.get('bcprinter', 'printer2_host')
 209 BCPRINTER_PRINTER2_PORT = int(options.get('bcprinter', 'printer2_port'))