htsworkflow/frontend/templates/samples/library_detail.html

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   6   /* <![CDATA[ */
   7   table, td {
   8     border-style: solid;
   9   }
  10   table {
  11     border-width: 0 0 1px 1px;
  12     border-spacing: 0;
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  14   }
  15   td {
  16     margin: 0;
  17     padding: 4px;
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  19   }
  20   thead {
  21     text-align: center;
  22     }
  23   tbody {
  24     text-align: right;
  25   }
  26   /* ]]> */
  27 </style>
  28
  29 {% block summary_stats %}
  30 <table>
  31   <thead>
  32     <tr>
  33       <td colspan="6"></td>
  34       <td colspan="2">No Match</td>
  35       <td colspan="2">QC Failed</td>
  36       <td colspan="4">Unique</td>
  37       <td colspan="4">Repeat</td>
  38     </tr>
  39     <tr>
  40     <td>Cycles</td>
  41     <td>Flowcell</td>
  42     <td>Lane</td>
  43     <td>End</td>
  44     <td>Cluster / Tile</td>
  45     <td>Raw Reads</td>
  46     <td>total</td>
  47     <td>%</td>
  48     <td>total</td>
  49     <td>%</td>
  50     <td>0 mismatch</td>
  51     <td>1 mismatch</td>
  52     <td>2 mismatch</td>
  53     <td>Total</td>
  54     <td>0 mismatch</td>
  55     <td>1 mismatch</td>
  56     <td>2 mismatch</td>
  57     <td>Total</td>
  58     </tr>
  59   </thead>
  60   <tbody>
  61
  62     {% for lane in lane_summary_list %}
  63     <tr>
  64       <td>{{ lane.cycle_width }}</td>
  65       <td>{{ lane.flowcell_id }}</td>
  66       <td>{{ lane.lane_id }}</td>
  67       <td>{% if lane.end %}{{ lane.end }}{% endif %}</td>
  68       <td>{{ lane.clusters.0|intcomma }}</td>
  69       <td>{{ lane.reads|intcomma }}</td>
  70       <td>{{ lane.no_match|intcomma }}</td>
  71       <td>{{ lane.no_match_percent|stringformat:".2f" }}</td>
  72       <td>{{ lane.qc_failed|intcomma }}</td>
  73       <td>{{ lane.qc_failed_percent|stringformat:".2f" }}</td>
  74       <td>{{ lane.match_codes.U0|intcomma }}</td>
  75       <td>{{ lane.match_codes.U1|intcomma }}</td>
  76       <td>{{ lane.match_codes.U2|intcomma }}</td>
  77       <td>{{ lane.unique_reads|intcomma }}</td>
  78       <td>{{ lane.match_codes.R0|intcomma }}</td>
  79       <td>{{ lane.match_codes.R1|intcomma }}</td>
  80       <td>{{ lane.match_codes.R2|intcomma }}</td>
  81       <td>{{ lane.repeat_reads|intcomma }}</td>
  82     </tr>
  83     {% endfor %}
  84   </tbody>
  85 </table>
  86 <br/>
  87 <hr/>
  88 {% for lane in lane_summary_list %}
  89 <h2>
  90   {{lane.cycle_width}} {{ lane.flowcell_id }} lane {{ lane.lane_id }}
  91   {% if lane.end %} end {{ lane.end }}{% endif %}
  92 </h2>
  93   <ul>
  94     {% for name, counts in lane.summarized_reads.items %}
  95     <li><b>{{ name }}</b>: {{ counts|intcomma }}</li>
  96     {% endfor %}
  97   </ul>
  98 {% endfor %}
  99 {% endblock %}