htsworkflow/frontend/templates/samples/library_detail.html

   1 {% extends "flowcell_libraries_app.html" %}
   2 {% load humanize %}
   3
   4 {% block additional_css %}
   5 <style type="text/css">
   6   /* <![CDATA[ */
   7   div#librarydetail {
   8     margin: 0;
   9     padding: 0;
  10   }
  11   div#librarydetail table, div#librarydetail td {
  12     border-style: solid;
  13   }
  14   div#librarydetail table {
  15     border-width: 0 0 1px 1px;
  16     border-spacing: 0;
  17     border-collapse: collapse;
  18   }
  19   div#librarydetail td {
  20     margin: 0;
  21     padding: 3px;
  22     border-width: 1px 1px 0 0;
  23   }
  24   div#librarydetail thead {
  25     text-align: center;
  26     }
  27   div#librarydetail tbody {
  28     text-align: right;
  29   }
  30   div#librarydetail h1,
  31   div#librarydetail h2
  32   {
  33     font-size: 150%;
  34   }
  35
  36   div#librarydetail h3 {
  37      font-size: 125%;
  38      margin: 0;
  39   }
  40
  41   div#librarydetail h4,
  42   div#librarydetail h5,
  43   div#librarydetail ul,
  44   div#librarydetail ol,
  45   div#librarydetail li
  46   {
  47     list-style: none;
  48     margin: 0;
  49   }
  50
  51   div#librarydetail ul,
  52   div#librarydetail ol
  53   {
  54     margin-bottom: .5em;
  55   }
  56  /* ]]> */
  57 </style>
  58 {% endblock %}
  59
  60 {% block content %}
  61 <div id="librarydetail">
  62   <h2>About this library</h2>
  63   <b>Library ID</b>: {{ lib.id }}<br/>
  64   <b>Name</b>: {{ lib.library_name }}<br/>
  65   <b>Species</b>: {{ lib.library_species.scientific_name }}<br/>
  66   <b>Concentration</b>: {{ lib.undiluted_concentration }} ng/µl<br/>
  67   <b>Gel Cut Size</b>: {{ lib.gel_cut_size }}<br/>
  68   <b>Insert Size</b>: {{ lib.insert_size }}<br/>
  69   <b>Made By</b>: {{ lib.made_by }} <br/>
  70   <b>Affiliations</b>:
  71   <ul>
  72     {% for individual in lib.affiliations.all %}
  73       <li>{{ individual.name }} ( {{ individual.contact }} )</li>
  74     {% endfor %}
  75   </ul>
  76
  77   <h2>Raw Result Files</h2>
  78   <table>
  79   <thead>
  80     <tr>
  81       <td>Run Start Date</td>
  82       <td>Cycle</td>
  83       <td>Flowcell</td>
  84       <td>Lane</td>
  85       <td>Summary</td>
  86       <td>Eland</td>
  87       <td>Bed</td>
  88       <td>Archived</td>
  89     </tr>
  90   {% for result in eland_results %}
  91   <tr>
  92     <td>{{ result.run_date|date }}</td>
  93     <td>{{ result.cycle }}</td>
  94     <td>{{ result.flowcell_id }}</td>
  95     <td>{{ result.lane }}</td>
  96     <td><a href="{{ result.summary_url }}">Summary</a></td>
  97     <td><a href="{{ result.result_url }}">{{ result.result_label }}</a></td>
  98     <td>
  99     {% if result.bed_url %}
 100       <a href="{{ result.bed_url }}">Bed</a>
 101     {% endif %}
 102     </td>
 103     <td>
 104       {% if result.storage_ids %}
 105         {{ result.storage_ids|safe }}
 106       {% endif %}
 107     </td>
 108   </tr>
 109   {% endfor %}
 110   </table>
 111
 112   <h2>Lane Summary Statistics</h2>
 113   {% block summary_stats %}
 114   <table>
 115     <thead>
 116       <tr>
 117         <td colspan="7"></td>
 118         <td colspan="2">No Match</td>
 119         <td colspan="2">QC Failed</td>
 120         <td colspan="4">Unique</td>
 121         <td colspan="4">Repeat</td>
 122       </tr>
 123       <tr>
 124       <td>Cycles</td>
 125       <td>Flowcell</td>
 126       <td>Lane</td>
 127       <td>End</td>
 128       <td>Cluster / Tile</td>
 129       <td>pM</td>
 130       <td>Raw Reads</td>
 131       <td>total</td>
 132       <td>%</td>
 133       <td>total</td>
 134       <td>%</td>
 135       <td>0 mismatch</td>
 136       <td>1 mismatch</td>
 137       <td>2 mismatch</td>
 138       <td>Total</td>
 139       <td>0 mismatch</td>
 140       <td>1 mismatch</td>
 141       <td>2 mismatch</td>
 142       <td>Total</td>
 143       </tr>
 144     </thead>
 145     <tbody>
 146
 147       {% for lane in lane_summary_list %}
 148       <tr>
 149         <td>{{ lane.cycle_width }}</td>
 150         <td>{{ lane.flowcell_id }}</td>
 151         <td>{{ lane.lane_id }}</td>
 152         <td>{% if lane.end %}{{ lane.end }}{% endif %}</td>
 153         <td>{{ lane.clusters.0|intcomma }}</td>
 154         <td>{{ lane.successful_pm }}</td>
 155         <td>{{ lane.reads|intcomma }}</td>
 156         <td>{{ lane.no_match|intcomma }}</td>
 157         <td>{{ lane.no_match_percent|stringformat:".2f" }}</td>
 158         <td>{{ lane.qc_failed|intcomma }}</td>
 159         <td>{{ lane.qc_failed_percent|stringformat:".2f" }}</td>
 160         <td>{{ lane.match_codes.U0|intcomma }}</td>
 161         <td>{{ lane.match_codes.U1|intcomma }}</td>
 162         <td>{{ lane.match_codes.U2|intcomma }}</td>
 163         <td>{{ lane.unique_reads|intcomma }}</td>
 164         <td>{{ lane.match_codes.R0|intcomma }}</td>
 165         <td>{{ lane.match_codes.R1|intcomma }}</td>
 166         <td>{{ lane.match_codes.R2|intcomma }}</td>
 167         <td>{{ lane.repeat_reads|intcomma }}</td>
 168       </tr>
 169       {% endfor %}
 170     </tbody>
 171   </table>
 172
 173   <h2>Flowcell Notes</h2>
 174   <table>
 175     <thead>
 176       <tr>
 177         <td>Flowcell ID</td>
 178         <td>Lane</td>
 179         <td>Comment</td>
 180     </thead>
 181     <tbody>
 182       {% for lane in lib.lane_set.all %}
 183       <tr>
 184         <td>{{ lane.flowcell.flowcell_id }}</td>
 185         <td>{{ lane.lane_number }}</td>
 186         <td>{{ lane.comment }}</td>
 187         {% endfor %}
 188     </tbody>
 189   </table>
 190   <br/>
 191   <hr/>
 192   <h2>Count of multi-reads</h2>
 193   {% for lane in lane_summary_list %}
 194     {% if lane.summarized_reads %}
 195     <h3>
 196       {{lane.cycle_width}} {{ lane.flowcell_id }} lane {{ lane.lane_id }}
 197       {% if lane.end %} end {{ lane.end }}{% endif %}
 198     </h3>
 199     <ul>
 200       {% for name, counts in lane.summarized_reads.items %}
 201       <li><b>{{ name }}</b>: {{ counts|intcomma }}</li>
 202       {% endfor %}
 203     </ul>
 204     {% endif %}
 205   {% endfor %}
 206   {% endblock %}
 207 </div>
 208 {% endblock %}