htsworkflow/frontend/templates/samples/library_detail.html

   1 {% load humanize %}
   2 <style type="text/css">
   3   /* <![CDATA[ */
   4   table, td {
   5     border-style: solid;
   6   }
   7   table {
   8     border-width: 0 0 1px 1px;
   9     border-spacing: 0;
  10     border-collapse: collapse;
  11   }
  12   td {
  13     margin: 0;
  14     padding: 4px;
  15     border-width: 1px 1px 0 0;
  16   }
  17   thead {
  18     text-align: center;
  19     }
  20   tbody {
  21     text-align: right;
  22   }
  23   /* ]]> */
  24 </style>
  25
  26 <h2>About this library</h2>
  27 <b>Library ID</b>: {{ lib.library_id }}<br/>
  28 <b>Name</b>: {{ lib.library_name }}<br/>
  29 <b>Species</b>: {{ lib.library_species.scientific_name }}<br/>
  30 <b>Affiliations</b>:
  31 <ul>
  32   {% for individual in lib.affiliations.all %}
  33     <li>{{ individual.name }} ( {{ individual.contact }} )</li>
  34   {% endfor %}
  35 </ul>
  36
  37 <h2>Raw Result Files</h2>
  38 <table>
  39 <thead>
  40   <tr>
  41     <td>Cycle</td>
  42     <td>Flowcell</td>
  43     <td>Lane</td>
  44     <td>Summary</td>
  45     <td>Eland</td>
  46     <td>Bed</td>
  47   </tr>
  48 {% for result in eland_results %}
  49 <tr>
  50   <td>{{ result.cycle }}</td>
  51   <td>{{ result.flowcell_id }}</td>
  52   <td>{{ result.lane }}</td>
  53   <td><a href="{{ result.summary_url }}">Summary</a></td>
  54   <td><a href="{{ result.result_url }}">{{ result.result_label }}</a></td>
  55   <td>
  56   {% if result.bed_url %}
  57     <a href="{{ result.bed_url }}">Bed</a>
  58   {% endif %}
  59   </td>
  60 </tr>
  61 {% endfor %}
  62 </table>
  63
  64 <h2>Lane Summary Statistics</h2>
  65 {% block summary_stats %}
  66 <table>
  67   <thead>
  68     <tr>
  69       <td colspan="7"></td>
  70       <td colspan="2">No Match</td>
  71       <td colspan="2">QC Failed</td>
  72       <td colspan="4">Unique</td>
  73       <td colspan="4">Repeat</td>
  74     </tr>
  75     <tr>
  76     <td>Cycles</td>
  77     <td>Flowcell</td>
  78     <td>Lane</td>
  79     <td>End</td>
  80     <td>Cluster / Tile</td>
  81     <td>pM</td>
  82     <td>Raw Reads</td>
  83     <td>total</td>
  84     <td>%</td>
  85     <td>total</td>
  86     <td>%</td>
  87     <td>0 mismatch</td>
  88     <td>1 mismatch</td>
  89     <td>2 mismatch</td>
  90     <td>Total</td>
  91     <td>0 mismatch</td>
  92     <td>1 mismatch</td>
  93     <td>2 mismatch</td>
  94     <td>Total</td>
  95     </tr>
  96   </thead>
  97   <tbody>
  98
  99     {% for lane in lane_summary_list %}
 100     <tr>
 101       <td>{{ lane.cycle_width }}</td>
 102       <td>{{ lane.flowcell_id }}</td>
 103       <td>{{ lane.lane_id }}</td>
 104       <td>{% if lane.end %}{{ lane.end }}{% endif %}</td>
 105       <td>{{ lane.clusters.0|intcomma }}</td>
 106       <td>{{ lane.successful_pm }}</td>
 107       <td>{{ lane.reads|intcomma }}</td>
 108       <td>{{ lane.no_match|intcomma }}</td>
 109       <td>{{ lane.no_match_percent|stringformat:".2f" }}</td>
 110       <td>{{ lane.qc_failed|intcomma }}</td>
 111       <td>{{ lane.qc_failed_percent|stringformat:".2f" }}</td>
 112       <td>{{ lane.match_codes.U0|intcomma }}</td>
 113       <td>{{ lane.match_codes.U1|intcomma }}</td>
 114       <td>{{ lane.match_codes.U2|intcomma }}</td>
 115       <td>{{ lane.unique_reads|intcomma }}</td>
 116       <td>{{ lane.match_codes.R0|intcomma }}</td>
 117       <td>{{ lane.match_codes.R1|intcomma }}</td>
 118       <td>{{ lane.match_codes.R2|intcomma }}</td>
 119       <td>{{ lane.repeat_reads|intcomma }}</td>
 120     </tr>
 121     {% endfor %}
 122   </tbody>
 123 </table>
 124 <br/>
 125 <hr/>
 126 <h2>Count of multi-reads</h2>
 127 {% for lane in lane_summary_list %}
 128 <h3>
 129   {{lane.cycle_width}} {{ lane.flowcell_id }} lane {{ lane.lane_id }}
 130   {% if lane.end %} end {{ lane.end }}{% endif %}
 131 </h3>
 132   <ul>
 133     {% for name, counts in lane.summarized_reads.items %}
 134     <li><b>{{ name }}</b>: {{ counts|intcomma }}</li>
 135     {% endfor %}
 136   </ul>
 137 {% endfor %}
 138 {% endblock %}