htsworkflow/pipelines/test/test_genome_mapper.py

   1 from unittest import TestCase
   2
   3 from StringIO import StringIO
   4 from htsworkflow.pipelines import genome_mapper
   5
   6 class testGenomeMapper(TestCase):
   7     def test_construct_mapper(self):
   8         genomes = {
   9         'Arabidopsis thaliana': {'v01212004': '/arabidopsis'},
  10         'Homo sapiens': {'hg18': '/hg18'},
  11         'Mus musculus': {'mm8': '/mm8',
  12                         'mm9': '/mm9',
  13                         'mm10': '/mm10'},
  14         'Phage': {'174': '/phi'},
  15         }
  16         genome_map = genome_mapper.constructMapperDict(genomes)
  17
  18         self.failUnlessEqual("%(Mus musculus|mm8)s" % (genome_map), "/mm8")
  19         self.failUnlessEqual("%(Phage|174)s" % (genome_map), "/phi")
  20         self.failUnlessEqual("%(Mus musculus)s" % (genome_map), "/mm10")
  21         self.failUnlessEqual("%(Mus musculus|mm8)s" % (genome_map), "/mm8")
  22         self.failUnlessEqual("%(Mus musculus|mm10)s" % (genome_map), "/mm10")
  23
  24         self.failUnlessEqual(len(genome_map.keys()), 6)
  25         self.failUnlessEqual(len(genome_map.values()), 6)
  26         self.failUnlessEqual(len(genome_map.items()), 6)
  27
  28
  29 def suite():
  30     from unittest import TestSuite, defaultTestLoader
  31     suite = TestSuite()
  32     suite.addTests(defaultTestLoader.loadTestsFromTestCase(testGenomeMapper))
  33     return suite
  34
  35
  36 if __name__ == "__main__":
  37     from unittest import main
  38     main(defaultTest="suite")