htsworkflow/pipelines/test/test_runfolder_utils.py

   1 from unittest import TestCase, TestSuite, defaultTestLoader
   2
   3 from htsworkflow.pipelines import runfolder
   4 class TestRunfolderUtilities(TestCase):
   5     """Some functions can be tested independently of the runfolder version.
   6     """
   7     def test_match_aligned_unaligned_abspath(self):
   8         aligned = ['/a/b/c/Aligned', '/a/b/c/Aligned1234', '/a/b/c/Aligned_3mm']
   9         unaligned = ['/a/b/c/Unaligned', '/a/b/c/Unaligned_3mm', '/a/b/c/Unaligned_6index']
  10
  11         matches = set(runfolder.hiseq_match_aligned_unaligned(aligned, unaligned))
  12         self.assertEqual(len(matches), 4)
  13         self.assertTrue(('/a/b/c/Aligned', '/a/b/c/Unaligned', '') in matches )
  14         self.assertTrue(('/a/b/c/Aligned1234', None, '1234') in matches )
  15         self.assertTrue(('/a/b/c/Aligned_3mm', '/a/b/c/Unaligned_3mm', '_3mm') in matches )
  16         self.assertTrue((None, '/a/b/c/Unaligned_6index', '_6index') in matches )
  17
  18     def test_match_aligned_unaligned_relpath(self):
  19         aligned = ['./Aligned', './Aligned1234', './Aligned_3mm']
  20         unaligned = ['./Unaligned', './Unaligned_3mm', './Unaligned_6index']
  21
  22         matches = set(runfolder.hiseq_match_aligned_unaligned(aligned, unaligned))
  23         self.assertEqual(len(matches), 4)
  24         self.assertTrue(('./Aligned', './Unaligned', '') in matches )
  25         self.assertTrue(('./Aligned1234', None, '1234') in matches )
  26         self.assertTrue(('./Aligned_3mm', './Unaligned_3mm', '_3mm') in matches )
  27         self.assertTrue((None, './Unaligned_6index', '_6index') in matches )
  28
  29 def suite():
  30     suite = TestSuite()
  31     suite.addTests(defaultTestLoader.loadTestsFromTestCase(RunfolderTests))
  32     return suite
  33
  34 if __name__ == "__main__":
  35     from unittest import main
  36     main(defaultTest="suite")