htsworkflow/pipelines/test/testdata/gerald_config_1.7.xml

   1 <RunParameters>
   2 <ChipWideRunParameters>
   3   <ALIGN_PARAMS></ALIGN_PARAMS>
   4   <ANALYSIS>none</ANALYSIS>
   5   <BAD_TILES></BAD_TILES>
   6   <BIN_DIR>/usr/local/casava-1.7.0/bin/../bin</BIN_DIR>
   7   <CHASTITY_THRESHOLD>0.6</CHASTITY_THRESHOLD>
   8   <CMDPREFIX></CMDPREFIX>
   9   <COMPRESSION>gzip</COMPRESSION>
  10   <COMPRESSIONSUFFIX>.gz</COMPRESSIONSUFFIX>
  11   <ELAND_GENOME>Need_to_specify_ELAND_genome_directory</ELAND_GENOME>
  12   <ELAND_MAX_MATCHES></ELAND_MAX_MATCHES>
  13   <ELAND_MULTIPLE_INSTANCES></ELAND_MULTIPLE_INSTANCES>
  14   <ELAND_REPEAT></ELAND_REPEAT>
  15   <ELAND_RNA_GENOME_CONTAM></ELAND_RNA_GENOME_CONTAM>
  16   <ELAND_RNA_GENOME_REF_FLAT_GZ></ELAND_RNA_GENOME_REF_FLAT_GZ>
  17   <ELAND_RNA_GENOME_SEQ_GENE_MD_GZ></ELAND_RNA_GENOME_SEQ_GENE_MD_GZ>
  18   <ELAND_SEED_LENGTH></ELAND_SEED_LENGTH>
  19   <ELAND_SET_SIZE>20</ELAND_SET_SIZE>
  20   <EMAIL_DOMAIN>domain.com</EMAIL_DOMAIN>
  21   <EMAIL_LIST>igor</EMAIL_LIST>
  22   <EMAIL_SERVER>localhost:25</EMAIL_SERVER>
  23   <EXPT_DIR>/mmjggl/thornvalley/tardigrade/110420_SN787_0069_AB08VPABXX/Data/Intensities/BaseCalls</EXPT_DIR>
  24   <EXPT_DIR_ROOT>/mmjggl/thornvalley/tardigrade</EXPT_DIR_ROOT>
  25   <FLOW_CELL>v4</FLOW_CELL>
  26   <FLOW_CELL_ID></FLOW_CELL_ID>
  27   <FORCE>1</FORCE>
  28   <GENOME_DIR>/usr/local/casava-1.7.0/bin/../../Genomes</GENOME_DIR>
  29   <GENOME_FILE>Need_to_specify_genome_file_name</GENOME_FILE>
  30   <GROUP_LANES></GROUP_LANES>
  31   <INDEXING_READ_POSITION></INDEXING_READ_POSITION>
  32   <INDEX_BASES></INDEX_BASES>
  33   <KEEP_INTERMEDIARY>false</KEEP_INTERMEDIARY>
  34   <LANE_POST_RUN_COMMAND></LANE_POST_RUN_COMMAND>
  35   <NUM_LEADING_DIRS_TO_STRIP>2</NUM_LEADING_DIRS_TO_STRIP>
  36   <ORIG_READ_LENGTHS>100:100</ORIG_READ_LENGTHS>
  37   <OUT_DIR>/mmjggl/thornvalley/tardigrade/110420_SN787_0069_AB08VPABXX/Data/Intensities/BaseCalls/GERALD_02-05-2011_igor</OUT_DIR>
  38   <PAIR_PARAMS></PAIR_PARAMS>
  39   <POST_RUN_COMMAND>/home/diane/.local/bin/htsw-runfolder -j 4 --site=woldlab -o /woldlab/loxcyc/data00/solexa-sequence/flowcells/ --extract-results /mmjggl/thornvalley/tardigrade/110420_SN787_0069_AB08VPABXX</POST_RUN_COMMAND>
  40   <PRB_FILE_SUFFIX>_prb.txt</PRB_FILE_SUFFIX>
  41   <PURE_BASES>25</PURE_BASES>
  42   <QCAL_SOURCE>upstream</QCAL_SOURCE>
  43   <QCAL_SOURCE1></QCAL_SOURCE1>
  44   <QCAL_SOURCE2></QCAL_SOURCE2>
  45   <QHG_FILE_SUFFIX>_qhg.txt</QHG_FILE_SUFFIX>
  46   <QSEQ_READS>1 2</QSEQ_READS>
  47   <QTABLE_PATH></QTABLE_PATH>
  48   <QTABLE_PATH1></QTABLE_PATH1>
  49   <QTABLE_PATH2></QTABLE_PATH2>
  50   <QTABLE_PATH3></QTABLE_PATH3>
  51   <QTABLE_REQUIRED>0</QTABLE_REQUIRED>
  52   <QTABLE_REQUIRED1>0</QTABLE_REQUIRED1>
  53   <QTABLE_REQUIRED2>0</QTABLE_REQUIRED2>
  54   <QTABLE_REQUIRED3>0</QTABLE_REQUIRED3>
  55   <QUALITY_CALIBRATION>QualityCalibration.xml</QUALITY_CALIBRATION>
  56   <RAMM_REPORT_TYPE></RAMM_REPORT_TYPE>
  57   <READ_LENGTH>100</READ_LENGTH>
  58   <READ_LENGTH1>100</READ_LENGTH1>
  59   <READ_LENGTH2>0</READ_LENGTH2>
  60   <RNAQC_COUNT_CLUSTERS_CMD>$(WC) -l</RNAQC_COUNT_CLUSTERS_CMD>
  61   <RNAQC_COUNT_CLUSTERS_NAME>totalClusters</RNAQC_COUNT_CLUSTERS_NAME>
  62   <RNAQC_COUNT_CONTAM_1_CMD>($(EGREP) -c 'c.*M' || exit 0)</RNAQC_COUNT_CONTAM_1_CMD>
  63   <RNAQC_COUNT_CONTAM_1_NAME>mito</RNAQC_COUNT_CONTAM_1_NAME>
  64   <RNAQC_COUNT_CONTAM_2_CMD>($(FGREP) -c newcontam || exit 0)</RNAQC_COUNT_CONTAM_2_CMD>
  65   <RNAQC_COUNT_CONTAM_2_NAME>adapters</RNAQC_COUNT_CONTAM_2_NAME>
  66   <RNAQC_COUNT_CONTAM_3_CMD>($(FGREP) -c Ribosomal || exit 0)</RNAQC_COUNT_CONTAM_3_CMD>
  67   <RNAQC_COUNT_CONTAM_3_NAME>ribosomal</RNAQC_COUNT_CONTAM_3_NAME>
  68   <RNAQC_COUNT_CONTAM_4_CMD>($(FGREP) -c 5S || exit 0)</RNAQC_COUNT_CONTAM_4_CMD>
  69   <RNAQC_COUNT_CONTAM_4_NAME>5S</RNAQC_COUNT_CONTAM_4_NAME>
  70   <RNAQC_COUNT_CONTAM_5_CMD>($(FGREP) -c phi || exit 0)</RNAQC_COUNT_CONTAM_5_CMD>
  71   <RNAQC_COUNT_CONTAM_5_NAME>phiX</RNAQC_COUNT_CONTAM_5_NAME>
  72   <RNAQC_COUNT_CONTAM_6_CMD>($(FGREP) -c indexed || exit 0)</RNAQC_COUNT_CONTAM_6_CMD>
  73   <RNAQC_COUNT_CONTAM_6_NAME>indAdp</RNAQC_COUNT_CONTAM_6_NAME>
  74   <RNAQC_COUNT_GENOME_CMD>($(EGREP) -c '^c' || exit 0)</RNAQC_COUNT_GENOME_CMD>
  75   <RNAQC_COUNT_GENOME_NAME>genomeUsable</RNAQC_COUNT_GENOME_NAME>
  76   <RNAQC_COUNT_NM_CMD>($(FGREP) -wc NM || exit 0)</RNAQC_COUNT_NM_CMD>
  77   <RNAQC_COUNT_NM_NAME>noMatch</RNAQC_COUNT_NM_NAME>
  78   <RNAQC_COUNT_PF_CMD>$(WC) -l</RNAQC_COUNT_PF_CMD>
  79   <RNAQC_COUNT_PF_NAME>PFClusters</RNAQC_COUNT_PF_NAME>
  80   <RNAQC_COUNT_QC_CMD>($(FGREP) -wc QC || exit 0)</RNAQC_COUNT_QC_CMD>
  81   <RNAQC_COUNT_QC_NAME>QC</RNAQC_COUNT_QC_NAME>
  82   <RNAQC_COUNT_RM_CMD>($(FGREP) -wc RM || exit 0)</RNAQC_COUNT_RM_CMD>
  83   <RNAQC_COUNT_RM_NAME>repeatMasked</RNAQC_COUNT_RM_NAME>
  84   <RNAQC_COUNT_SPLICE_CMD>($(FGREP) -c splice_sites || exit 0)</RNAQC_COUNT_SPLICE_CMD>
  85   <RNAQC_COUNT_SPLICE_NAME>spliceUsable</RNAQC_COUNT_SPLICE_NAME>
  86   <RNAQC_COUNT_USABLE_CMD>$(CUT) -f13 |($(EGREP) [0-9] || exit 0)|$(WC) -l</RNAQC_COUNT_USABLE_CMD>
  87   <RNAQC_COUNT_USABLE_NAME>usable</RNAQC_COUNT_USABLE_NAME>
  88   <SEQUENCE_FORMAT>--fastq</SEQUENCE_FORMAT>
  89   <SEQ_FILE_SUFFIX>_seq.txt</SEQ_FILE_SUFFIX>
  90   <SIG2_COMPRESSION></SIG2_COMPRESSION>
  91   <SIG2_COMPRESSION_SUFFIX></SIG2_COMPRESSION_SUFFIX>
  92   <SIG_FILE_SUFFIX_DEPHASED>_sig2.txt</SIG_FILE_SUFFIX_DEPHASED>
  93   <SIG_FILE_SUFFIX_NOT_DEPHASED>_sig.txt</SIG_FILE_SUFFIX_NOT_DEPHASED>
  94   <SINGLESEED></SINGLESEED>
  95   <SOFTWARE_VERSION>CASAVA-1.7.0</SOFTWARE_VERSION>
  96   <SRF_2ND_CYCLE></SRF_2ND_CYCLE>
  97   <SRF_ARCHIVE_REQUIRED></SRF_ARCHIVE_REQUIRED>
  98   <SRF_CHASTITY>0.6</SRF_CHASTITY>
  99   <SRF_FILE_SUFFIX>_traces.srf</SRF_FILE_SUFFIX>
 100   <SRF_PROCESSED>-P</SRF_PROCESSED>
 101   <SRF_QCAL></SRF_QCAL>
 102   <SRF_RAW></SRF_RAW>
 103   <TILE_AREA></TILE_AREA>
 104   <TILE_READ1_REGEX>s_[1-8]_1_[0-9][0-9][0-9][0-9]</TILE_READ1_REGEX>
 105   <TILE_REGEX>s_[1-8]_[0-9][0-9][0-9][0-9]</TILE_REGEX>
 106   <TILE_ROOT>s</TILE_ROOT>
 107   <TIME_STAMP>Mon May  2 19:19:49 2011</TIME_STAMP>
 108   <UNGAPPED></UNGAPPED>
 109   <USE_BASES>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn</USE_BASES>
 110   <USE_BASES1>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYY</USE_BASES1>
 111   <USE_BASES2>nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn</USE_BASES2>
 112   <USE_BASES3></USE_BASES3>
 113   <WEB_DIR_ROOT>http://host.domain.com/yourshare/</WEB_DIR_ROOT>
 114   <WITH_SEQUENCE>false</WITH_SEQUENCE>
 115   <WITH_SORTED>false</WITH_SORTED>
 116 </ChipWideRunParameters>
 117 <LaneSpecificRunParameters>
 118   <ANALYSIS>
 119     <s_1>sequence_pair</s_1>
 120     <s_2>sequence_pair</s_2>
 121     <s_3>sequence_pair</s_3>
 122     <s_4>eland_pair</s_4>
 123     <s_5>eland_pair</s_5>
 124     <s_6>eland_pair</s_6>
 125     <s_7>eland_pair</s_7>
 126     <s_8>eland_pair</s_8>
 127   </ANALYSIS>
 128   <ELAND_GENOME>
 129     <s_4>/g/hg18</s_4>
 130     <s_5>/g/elegans190</s_5>
 131     <s_6>/g/elegans190</s_6>
 132     <s_7>/g/elegans190</s_7>
 133     <s_8>/g/phi</s_8>
 134   </ELAND_GENOME>
 135   <QTABLE_REQUIRED>
 136     <s_1>0</s_1>
 137     <s_2>0</s_2>
 138     <s_3>0</s_3>
 139     <s_4>0</s_4>
 140     <s_5>0</s_5>
 141     <s_6>0</s_6>
 142     <s_7>0</s_7>
 143     <s_8>0</s_8>
 144   </QTABLE_REQUIRED>
 145   <READ_LENGTH1>
 146     <s_1>100</s_1>
 147     <s_2>100</s_2>
 148     <s_3>100</s_3>
 149     <s_4>100</s_4>
 150     <s_5>100</s_5>
 151     <s_6>100</s_6>
 152     <s_7>100</s_7>
 153     <s_8>100</s_8>
 154   </READ_LENGTH1>
 155   <READ_LENGTH2>
 156     <s_1>100</s_1>
 157     <s_2>100</s_2>
 158     <s_3>100</s_3>
 159     <s_4>100</s_4>
 160     <s_5>100</s_5>
 161     <s_6>100</s_6>
 162     <s_7>100</s_7>
 163     <s_8>100</s_8>
 164   </READ_LENGTH2>
 165   <SRF_2ND_CYCLE>
 166     <s_1>-2 101</s_1>
 167     <s_2>-2 101</s_2>
 168     <s_3>-2 101</s_3>
 169     <s_4>-2 101</s_4>
 170     <s_5>-2 101</s_5>
 171     <s_6>-2 101</s_6>
 172     <s_7>-2 101</s_7>
 173     <s_8>-2 101</s_8>
 174   </SRF_2ND_CYCLE>
 175   <SRF_ARCHIVE_REQUIRED>
 176     <s_1></s_1>
 177     <s_2></s_2>
 178     <s_3></s_3>
 179     <s_4></s_4>
 180     <s_5></s_5>
 181     <s_6></s_6>
 182     <s_7></s_7>
 183     <s_8></s_8>
 184   </SRF_ARCHIVE_REQUIRED>
 185   <SRF_QCAL>
 186     <s_1></s_1>
 187     <s_2></s_2>
 188     <s_3></s_3>
 189     <s_4></s_4>
 190     <s_5></s_5>
 191     <s_6></s_6>
 192     <s_7></s_7>
 193     <s_8></s_8>
 194   </SRF_QCAL>
 195   <USE_BASES>
 196     <s_1>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy</s_1>
 197     <s_2>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy</s_2>
 198     <s_3>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy</s_3>
 199     <s_4>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy</s_4>
 200     <s_5>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy</s_5>
 201     <s_6>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy</s_6>
 202     <s_7>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy</s_7>
 203     <s_8>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy</s_8>
 204   </USE_BASES>
 205   <USE_BASES1>
 206     <s_1>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYY</s_1>
 207     <s_2>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYY</s_2>
 208     <s_3>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYY</s_3>
 209     <s_4>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYY</s_4>
 210     <s_5>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYY</s_5>
 211     <s_6>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYY</s_6>
 212     <s_7>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYY</s_7>
 213     <s_8>YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYY</s_8>
 214   </USE_BASES1>
 215   <USE_BASES2>
 216     <s_1>yyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy</s_1>
 217     <s_2>yyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy</s_2>
 218     <s_3>yyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy</s_3>
 219     <s_4>yyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy</s_4>
 220     <s_5>yyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy</s_5>
 221     <s_6>yyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy</s_6>
 222     <s_7>yyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy</s_7>
 223     <s_8>yyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy</s_8>
 224   </USE_BASES2>
 225   <USE_BASES3>
 226     <s_1></s_1>
 227     <s_2></s_2>
 228     <s_3></s_3>
 229     <s_4></s_4>
 230     <s_5></s_5>
 231     <s_6></s_6>
 232     <s_7></s_7>
 233     <s_8></s_8>
 234   </USE_BASES3>
 235   <WITH_SEQUENCE>
 236     <s_1>true</s_1>
 237     <s_2>true</s_2>
 238     <s_3>true</s_3>
 239     <s_4>true</s_4>
 240     <s_5>true</s_5>
 241     <s_6>true</s_6>
 242     <s_7>true</s_7>
 243     <s_8>true</s_8>
 244   </WITH_SEQUENCE>
 245 </LaneSpecificRunParameters>
 246 </RunParameters>