htsworkflow/submission/encoded.py

   1 """Interface with encoded software for ENCODE3 data submission & warehouse
   2
   3 This allows retrieving blocks
   4 """
   5 from __future__ import print_function
   6 import base64
   7 import collections
   8 import hashlib
   9 import logging
  10 import json
  11 import jsonschema
  12 import os
  13 import requests
  14 import six
  15 from six.moves.urllib.parse import urljoin, urlparse, urlunparse
  16
  17 LOGGER = logging.getLogger(__name__)
  18
  19 ENCODED_CONTEXT = {
  20     # The None context will get added to the root of the tree and will
  21     # provide common defaults.
  22     None: {
  23         # terms in multiple encoded objects
  24         'award': {'@type': '@id'},
  25         'dataset': {'@type': '@id'},
  26         'description': 'rdf:description',
  27         'documents': {'@type': '@id'},
  28         'experiment': {'@type': '@id'},
  29         'href': {'@type': '@id'},
  30         'lab': {'@type': '@id'},
  31         'library': {'@type': '@id'},
  32         'pi': {'@type': '@id'},
  33         'platform': {'@type': '@id'},
  34         'replicates': {'@type': '@id'},
  35         'submitted_by': {'@type': '@id'},
  36         'url': {'@type': '@id'},
  37     },
  38     # Identify and markup contained classes.
  39     # e.g. in the tree there was a sub-dictionary named 'biosample'
  40     # That dictionary had a term 'biosample_term_id, which is the
  41     # term that should be used as the @id.
  42     'biosample': {
  43         'biosample_term_id': {'@type': '@id'},
  44     },
  45     'experiment': {
  46         "assay_term_id": {"@type": "@id"},
  47         "files": {"@type": "@id"},
  48         "original_files": {"@type": "@id"},
  49     },
  50     # I tried to use the JSON-LD mapping capabilities to convert the lab
  51     # contact information into a vcard record, but the encoded model
  52     # didn't lend itself well to the vcard schema
  53     #'lab': {
  54     #    "address1": "vcard:street-address",
  55     #    "address2": "vcard:street-address",
  56     #    "city": "vcard:locality",
  57     #    "state": "vcard:region",
  58     #    "country": "vcard:country"
  59     #},
  60     'library': {
  61         'nucleic_acid_term_id': {'@type': '@id'}
  62     }
  63 }
  64
  65 #FIXME: this needs to be initialized from rdfns
  66 ENCODED_NAMESPACES = {
  67     # JSON-LD lets you define namespaces so you can used the shorted url syntax.
  68     # (instead of http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label you can do
  69     # rdfs:label)
  70     "rdf": "http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#",
  71     "rdfs": "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#",
  72     "owl": "http://www.w3.org/2002/07/owl#",
  73     "dc": "htp://purl.org/dc/elements/1.1/",
  74     "xsd": "http://www.w3.org/2001/XMLSchema#",
  75     "vcard": "http://www.w3.org/2006/vcard/ns#",
  76
  77     # for some namespaces I made a best guess for the ontology root.
  78     "EFO": "http://www.ebi.ac.uk/efo/",  # EFO ontology
  79     "OBO": "http://purl.obolibrary.org/obo/",  # OBO ontology
  80     "OBI": "http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_",  # Ontology for Biomedical Investigations
  81     # OBI: available from http://svn.code.sf.net/p/obi/code/releases/2012-07-01/merged/merged-obi-comments.owl
  82     "SO": "http://purl.obolibrary.org/obo/SO_",  # Sequence ontology
  83     # SO: available from http://www.berkeleybop.org/ontologies/so.owl
  84     # NTR: New Term Request space for DCC to implement new ontology terms
  85
  86 }
  87
  88 ENCODED_SCHEMA_ROOT = '/profiles/'
  89
  90
  91 class ENCODED:
  92     '''Programatic access encoded, the software powering ENCODE3's submit site.
  93     '''
  94     def __init__(self, server, contexts=None, namespaces=None):
  95         self.server = server
  96         self.scheme = 'https'
  97         self.username = None
  98         self.password = None
  99         self.contexts = contexts if contexts else ENCODED_CONTEXT
 100         self.namespaces = namespaces if namespaces else ENCODED_NAMESPACES
 101         self.json_headers = {'content-type': 'application/json', 'accept': 'application/json'}
 102         self.schemas = {}
 103
 104     def get_auth(self):
 105         return (self.username, self.password)
 106     auth = property(get_auth)
 107
 108     def load_netrc(self):
 109         import netrc
 110         session = netrc.netrc()
 111         authenticators = session.authenticators(self.server)
 112         if authenticators:
 113             self.username = authenticators[0]
 114             self.password = authenticators[2]
 115
 116     def add_jsonld_context(self, tree, default_base):
 117         """Add contexts to various objects in the tree.
 118
 119         tree is a json tree returned from the DCC's encoded database.
 120         contexts is a dictionary of dictionaries containing contexts
 121                 for the various  possible encoded classes.
 122         base, if supplied allows setting the base url that relative
 123             urls will be resolved against.
 124         """
 125         self.add_jsonld_child_context(tree, default_base)
 126         self.add_jsonld_namespaces(tree['@context'])
 127
 128     def add_jsonld_child_context(self, obj, default_base):
 129         '''Add JSON-LD context to the encoded JSON.
 130
 131         This is recursive because some of the IDs were relative URLs
 132         and I needed a way to properly compute a the correct base URL.
 133         '''
 134         # pretend strings aren't iterable
 135         if isinstance(obj, six.string_types):
 136             return
 137
 138         # recurse on container types
 139         if isinstance(obj, collections.Sequence):
 140             # how should I update lists?
 141             for v in obj:
 142                 self.add_jsonld_child_context(v, default_base)
 143             return
 144
 145         if isinstance(obj, collections.Mapping):
 146             for v in obj.values():
 147                 self.add_jsonld_child_context(v, default_base)
 148
 149         # we have an object. attach a context to it.
 150         if self._is_encoded_object(obj):
 151             context = self.create_jsonld_context(obj, default_base)
 152             if len(context) > 0:
 153                 obj.setdefault('@context', {}).update(context)
 154
 155     def add_jsonld_namespaces(self, context):
 156         '''Add shortcut namespaces to a context
 157
 158         Only needs to be run on the top-most context
 159         '''
 160         context.update(self.namespaces)
 161
 162     def create_jsonld_context(self, obj, default_base):
 163         '''Synthesize the context for a encoded type
 164
 165         self.contexts[None] = default context attributes added to any type
 166         self.contexts[type] = context attributes for this type.
 167         '''
 168         obj_type = self.get_object_type(obj)
 169         context = {'@base': urljoin(default_base, obj['@id']),
 170                    '@vocab': self.get_schema_url(obj_type)}
 171         # add in defaults
 172         context.update(self.contexts[None])
 173         for t in obj['@type']:
 174             if t in self.contexts:
 175                 context.update(self.contexts[t])
 176         return context
 177
 178     def get_json(self, obj_id, **kwargs):
 179         '''GET an ENCODE object as JSON and return as dict
 180
 181         Uses prepare_url to allow url short-cuts
 182         if no keyword arguments are specified it will default to adding limit=all
 183         Alternative keyword arguments can be passed in and will be sent to the host.
 184
 185         Known keywords are:
 186           limit - (integer or 'all') how many records to return, all for all of them
 187           embed - (bool) if true expands linking ids into their associated object.
 188           format - text/html or application/json
 189         '''
 190         if len(kwargs) == 0:
 191             kwargs['limit'] = 'all'
 192
 193         url = self.prepare_url(obj_id)
 194         LOGGER.info('requesting url: {}'.format(url))
 195
 196         # do the request
 197
 198         LOGGER.debug('username: %s, password: %s', self.username, self.password)
 199         arguments = {}
 200         if self.username and self.password:
 201             arguments['auth'] = self.auth
 202         response = requests.get(url, headers=self.json_headers,
 203                                 params=kwargs,
 204                                 **arguments)
 205         if not response.status_code == requests.codes.ok:
 206             LOGGER.error("Error http status: {}".format(response.status_code))
 207             response.raise_for_status()
 208         return response.json()
 209
 210     def get_jsonld(self, obj_id, **kwargs):
 211         '''Get ENCODE object as JSONLD annotated with classses contexts
 212
 213         see get_json for documentation about what keywords can be passed.
 214         '''
 215         url = self.prepare_url(obj_id)
 216         json = self.get_json(obj_id, **kwargs)
 217         self.add_jsonld_context(json, url)
 218         return json
 219
 220     def get_object_type(self, obj):
 221         """Return type for a encoded object
 222         """
 223         obj_type = obj.get('@type')
 224         if not obj_type:
 225             raise ValueError('None type')
 226         if isinstance(obj_type, six.string_types):
 227             raise ValueError('@type should be a list, not a string')
 228         if not isinstance(obj_type, collections.Sequence):
 229             raise ValueError('@type is not a sequence')
 230         return obj_type[0]
 231
 232     def get_schema_url(self, object_type):
 233         """Create the ENCODED jsonschema url.
 234
 235         Return the ENCODED object schema url be either
 236         object type name or the collection name one posts to.
 237
 238         For example
 239            server.get_schema_url('experiment') and
 240            server.get_schema_url('/experiments/') both resolve to
 241            SERVER/profiles/experiment.json
 242
 243         Arguments:
 244            object_type (str): either ENCODED object name or collection
 245
 246         Returns:
 247            Schema URL
 248         """
 249         collection_to_type = {
 250             '/biosamples/': 'biosample',
 251             '/datasets/': 'dataset',
 252             '/documents/': 'document',
 253             '/experiments/': 'experiment',
 254             '/libraries/': 'library',
 255             '/replicates/': 'replicate',
 256         }
 257         object_type = collection_to_type.get(object_type, object_type)
 258
 259         return self.prepare_url(ENCODED_SCHEMA_ROOT + object_type + '.json') + '#'
 260
 261     def get_accession_name(self, collection):
 262         """Lookup common object accession name given a collection name.
 263         """
 264         collection_to_accession_name = {
 265             '/experiments/': 'experiment_accession',
 266             '/biosamples/': 'biosample_accession',
 267             '/libraries/': 'library_accession',
 268             '/replicates/': 'uuid',
 269         }
 270
 271         accession_name = collection_to_accession_name.get(collection, None)
 272         if accession_name is None:
 273             raise RuntimeError("Update list of collection to accession names for %s",
 274                                collection)
 275
 276         return accession_name
 277
 278     def _is_encoded_object(self, obj):
 279         '''Test to see if an object is a JSON-LD object
 280
 281         Some of the nested dictionaries lack the @id or @type
 282         information necessary to convert them.
 283         '''
 284         if not isinstance(obj, collections.Iterable):
 285             return False
 286
 287         if '@id' in obj and '@type' in obj:
 288             return True
 289         return False
 290
 291     def patch_json(self, obj_id, changes):
 292         """Given a dictionary of changes push them as a HTTP patch request
 293         """
 294         url = self.prepare_url(obj_id)
 295         LOGGER.info('PATCHing to %s', url)
 296         payload = json.dumps(changes)
 297         response = requests.patch(url, auth=self.auth, headers=self.json_headers, data=payload)
 298         if response.status_code != requests.codes.ok:
 299             LOGGER.error("Error http status: {}".format(response.status_code))
 300             LOGGER.error("Response: %s", response.text)
 301             response.raise_for_status()
 302         return response.json()
 303
 304     def put_json(self, obj_id, new_object):
 305         url = self.prepare_url(obj_id)
 306         LOGGER.info('PUTing to %s', url)
 307         payload = json.dumps(new_object)
 308         response = requests.put(url, auth=self.auth, headers=self.json_headers, data=payload)
 309         if response.status_code != requests.codes.created:
 310             LOGGER.error("Error http status: {}".format(response.status_code))
 311             response.raise_for_status()
 312         return response.json()
 313
 314     def post_json(self, collection_id, new_object):
 315         url = self.prepare_url(collection_id)
 316         LOGGER.info('POSTing to %s', url)
 317         payload = json.dumps(new_object)
 318
 319         response = requests.post(url, auth=self.auth, headers=self.json_headers, data=payload)
 320         if response.status_code != requests.codes.created:
 321             LOGGER.error("Error http status: {}".format(response.status_code))
 322             response.raise_for_status()
 323         return response.json()
 324
 325     def prepare_url(self, request_url):
 326         '''This attempts to provide some convienence for accessing a URL
 327
 328         Given a url fragment it will default to :
 329         * requests over http
 330         * requests to self.server
 331
 332         This allows fairly flexible urls. e.g.
 333
 334         prepare_url('/experiments/ENCSR000AEG')
 335         prepare_url('submit.encodedcc.org/experiments/ENCSR000AEG')
 336         prepare_url('http://submit.encodedcc.org/experiments/ENCSR000AEG?limit=all')
 337
 338         should all return the same url
 339         '''
 340         # clean up potentially messy urls
 341         url = urlparse(request_url)._asdict()
 342         if not url['scheme']:
 343             url['scheme'] = self.scheme
 344         if not url['netloc']:
 345             url['netloc'] = self.server
 346         url = urlunparse(url.values())
 347         return url
 348
 349     def search_jsonld(self, **kwargs):
 350         '''Send search request to ENCODED
 351
 352         to do a general search do
 353             searchTerm=term
 354         '''
 355         url = self.prepare_url('/search/')
 356         result = self.get_json(url, **kwargs)
 357         self.convert_search_to_jsonld(result)
 358         return result
 359
 360     def convert_search_to_jsonld(self, result):
 361         '''Add the context to search result
 362
 363         Also remove hard to handle nested attributes
 364           e.g. remove object.term when we have no id
 365         '''
 366         graph = result['@graph']
 367         for i, obj in enumerate(graph):
 368             # suppress nested attributes
 369             graph[i] = {k: v for k, v in obj.items() if '.' not in k}
 370
 371         self.add_jsonld_context(result, self.prepare_url(result['@id']))
 372         return result
 373
 374     def validate(self, obj, object_type=None):
 375         object_type = object_type if object_type else self.get_object_type(obj)
 376         schema_url = self.get_schema_url(object_type)
 377         if not schema_url:
 378             raise ValueError("Unable to construct schema url")
 379
 380         schema = self.schemas.setdefault(object_type, self.get_json(schema_url))
 381         hidden = obj.copy()
 382         if '@id' in hidden:
 383             del hidden['@id']
 384         if '@type' in hidden:
 385             del hidden['@type']
 386         jsonschema.validate(hidden, schema)
 387
 388 class TypedColumnParser(object):
 389     @staticmethod
 390     def parse_sheet_array_type(value):
 391         """Helper function to parse :array columns in sheet
 392         """
 393         return value.split(', ')
 394
 395     @staticmethod
 396     def parse_sheet_integer_type(value):
 397         """Helper function to parse :integer columns in sheet
 398         """
 399         return int(value)
 400
 401     @staticmethod
 402     def parse_sheet_boolean_type(value):
 403         """Helper function to parse :boolean columns in sheet
 404         """
 405         return bool(value)
 406
 407     @staticmethod
 408     def parse_sheet_timestamp_type(value):
 409         """Helper function to parse :date columns in sheet
 410         """
 411         return value.strftime('%Y-%m-%d')
 412
 413     @staticmethod
 414     def parse_sheet_string_type(value):
 415         """Helper function to parse :string columns in sheet (the default)
 416         """
 417         return unicode(value)
 418
 419     def __getitem__(self, name):
 420         parser = {
 421             'array': self.parse_sheet_array_type,
 422             'boolean': self.parse_sheet_boolean_type,
 423             'integer': self.parse_sheet_integer_type,
 424             'date': self.parse_sheet_timestamp_type,
 425             'string': self.parse_sheet_string_type
 426         }.get(name)
 427         if parser:
 428             return parser
 429         else:
 430             raise RuntimeError("unrecognized column type")
 431
 432     def __call__(self, header, value):
 433         header = header.split(':')
 434         column_type = 'string'
 435         if len(header) > 1:
 436             if header[1] == 'skip':
 437                 return None, None
 438             else:
 439                 column_type = header[1]
 440         return header[0], self[column_type](value)
 441
 442 typed_column_parser = TypedColumnParser()
 443
 444 class Document(object):
 445     """Helper class for registering documents
 446
 447     Usage:
 448     lysis_uuid = 'f0cc5a7f-96a5-4970-9f46-317cc8e2d6a4'
 449     lysis = Document(url_to_pdf, 'extraction protocol', 'Lysis Protocol')
 450     lysis.create_if_needed(server, lysis_uuid)
 451     """
 452     award = 'U54HG006998'
 453     lab = '/labs/barbara-wold'
 454
 455     def __init__(self, url, document_type, description, aliases=None):
 456         self.url = url
 457         self.filename = os.path.basename(url)
 458         self.document_type = document_type
 459         self.description = description
 460
 461         self.references = []
 462         self.aliases = aliases if aliases is not None else []
 463         self.content_type = None
 464         self.document = None
 465         self.md5sum = None
 466         self.urls = None
 467         self.uuid = None
 468
 469         self.get_document()
 470
 471     def get_document(self):
 472         if os.path.exists(self.url):
 473             with open(self.url, 'r') as instream:
 474                 assert self.url.endswith('pdf')
 475                 self.content_type = 'application/pdf'
 476                 self.document = instream.read()
 477                 self.md5sum = hashlib.md5(self.document)
 478         else:
 479             req = requests.get(self.url)
 480             if req.status_code == 200:
 481                 self.content_type = req.headers['content-type']
 482                 self.document = req.content
 483                 self.md5sum = hashlib.md5(self.document)
 484                 self.urls = [self.url]
 485
 486     def create_payload(self):
 487         document_payload = {
 488             'attachment': {
 489               'download': self.filename,
 490               'type': self.content_type,
 491               'href': 'data:'+self.content_type+';base64,' + base64.b64encode(self.document),
 492               'md5sum': self.md5sum.hexdigest()
 493             },
 494             'document_type': self.document_type,
 495             'description': self.description,
 496             'award': self.award,
 497             'lab': self.lab,
 498         }
 499         if self.aliases:
 500             document_payload['aliases'] = self.aliases
 501         if self.references:
 502             document_payload['references'] = self.references
 503         if self.urls:
 504             document_payload['urls'] = self.urls
 505
 506         return document_payload
 507
 508     def post(self, server):
 509         document_payload = self.create_payload()
 510         return server.post_json('/documents/', document_payload)
 511
 512     def save(self, filename):
 513         payload = self.create_payload()
 514         with open(filename, 'w') as outstream:
 515             outstream.write(pformat(payload))
 516
 517     def create_if_needed(self, server, uuid):
 518         self.uuid = uuid
 519         if uuid is None:
 520             return self.post(server)
 521         else:
 522             return server.get_json(uuid, embed=False)
 523
 524 if __name__ == '__main__':
 525     # try it
 526     from htsworkflow.util.rdfhelp import get_model, dump_model
 527     from htsworkflow.util.rdfjsonld import load_into_model
 528     from pprint import pprint
 529     model = get_model()
 530     logging.basicConfig(level=logging.DEBUG)
 531     encoded = ENCODED('test.encodedcc.org')
 532     encoded.load_netrc()
 533     body = encoded.get_jsonld('/experiments/ENCSR000AEC/')
 534     pprint(body)
 535     load_into_model(model, body)
 536     #dump_model(model)