htsworkflow/submission/trackhub.py

   1 import logging
   2 import os
   3
   4 import RDF
   5
   6 from htsworkflow.submission.submission import Submission
   7
   8 from htsworkflow.util.rdfhelp import \
   9      fromTypedNode, \
  10      geoSoftNS, \
  11      stripNamespace, \
  12      submissionOntology
  13
  14 from django.conf import settings
  15 from django.template import Context, loader
  16
  17 LOGGER = logging.getLogger(__name__)
  18
  19 class TrackHubSubmission(Submission):
  20     def __init__(self, name, model, host):
  21         super(TrackHubSubmission, self).__init__(name, model, host)
  22
  23     def make_hub(self, result_map):
  24         samples = []
  25         for lib_id, result_dir in result_map.items():
  26             an_analysis = self.get_submission_node(result_dir)
  27             metadata = self.get_sample_metadata(an_analysis)
  28             if len(metadata) == 0:
  29                 errmsg = 'No metadata found for {0}'
  30                 LOGGER.error(errmsg.format(str(an_analysis),))
  31                 continue
  32             elif len(metadata) > 1:
  33                 errmsg = 'Confused there are more than one sample for %s'
  34                 LOGGER.debug(errmsg % (str(an_analysis),))
  35             metadata = metadata[0]
  36             samples.append(metadata)
  37
  38         template = loader.get_template('trackDb.txt')
  39         context = Context({
  40             'samples': samples,
  41         })
  42         return str(template.render(context))
  43
  44     def make_manifest(self, result_map):
  45         files = []
  46         for lib_id, result_dir in result_map.items():
  47             an_analysis = self.get_submission_node(result_dir)
  48             metadata = self.get_manifest_metadata(an_analysis)
  49             files.extend(metadata)
  50
  51         template = loader.get_template('manifest.txt')
  52         context = Context({
  53             'files': files
  54         })
  55         return str(template.render(context))
  56
  57     def get_sample_metadata(self, analysis_node):
  58         """Gather information for filling out sample section of a SOFT file
  59         """
  60         query_template = loader.get_template('trackhub_samples.sparql')
  61
  62         context = Context({
  63             'submission': str(analysis_node.uri),
  64             'submissionSet': str(self.submissionSetNS[''].uri),
  65             })
  66
  67         results = self.execute_query(query_template, context)
  68         return results
  69
  70     def get_manifest_metadata(self, analysis_node):
  71         query_template = loader.get_template('trackhub_manifest.sparql')
  72
  73         context = Context({
  74             'submission': str(analysis_node.uri),
  75             'submissionSet': str(self.submissionSetNS[''].uri),
  76             })
  77         results = self.execute_query(query_template, context)
  78         return results