htsworkflow/templates/aws_metadata.sparql

   1 PREFIX htswlib: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/LibraryOntology#>
   2 PREFIX submissionOntology: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UcscSubmissionOntology#>
   3 PREFIX ucscDaf: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UcscDaf#>
   4 PREFIX encode3: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/Encode3#>
   5 PREFIX ncbiTaxon: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=>
   6 PREFIX geoSoft: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/soft2.html#>
   7 PREFIX cells: <http://encodewiki.ucsc.edu/EncodeDCC/index.php/Cell_lines#>
   8
   9 select distinct ?dataset ?replicate ?award ?lab ?lane ?barcode ?submitted_file_name ?file_format ?file_size ?output_type ?md5sum ?flowcell ?machine ?platform
  10 WHERE {
  11   <{{submission}}> a submissionOntology:submission ;
  12                    encode3:dataset ?dataset ;
  13                    encode3:replicate ?replicate ;
  14                    encode3:award ?award ;
  15                    encode3:lab ?lab ;
  16                    ucscDaf:has_file ?file .
  17
  18   ?file ucscDaf:relative_path ?submitted_file_name ;
  19         ucscDaf:md5sum ?md5sum ;
  20         encode3:file_format ?file_format ;
  21         ucscDaf:file_size ?file_size ;
  22         encode3:output_type ?output_type ;
  23         htswlib:library ?library ;
  24         htswlib:flowcell ?flowcell_url ;
  25         htswlib:lane_number ?lane ;
  26         a ?fileClass .
  27
  28   ?flowcell_url htswlib:sequenced_by ?machine ;
  29             htswlib:flowcell_id ?flowcell .
  30   ?library htswlib:multiplex_index ?barcode .
  31
  32   ?machine htswlib:sequencer_model ?platform .
  33 }