htsworkflow/templates/geo_fastqs.sparql

   1 PREFIX libraryOntology: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/LibraryOntology#>
   2 PREFIX submissionOntology: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UcscSubmissionOntology#>
   3 PREFIX ucscDaf: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UcscDaf#>
   4 PREFIX ncbiTaxon: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=>
   5 PREFIX geoSoft: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/soft2.html#>
   6 PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
   7
   8 select distinct ?lane ?filename, ?md5sum, ?file_type ?file_type_label ?flowcell_id ?read_length ?flowcell_type ?image_software ?image_version ?basecall_software ?basecall_version ?sequencer_model
   9 WHERE {
  10   <{{submission}}> ucscDaf:has_file ?file ;
  11                    submissionOntology:library ?library ;
  12                    a submissionOntology:submission .
  13
  14   ?file ucscDaf:filename ?filename ;
  15         ucscDaf:md5sum ?md5sum ;
  16         dc:source ?source ;
  17         a ?file_type .
  18   ?file_type a <{{file_class}}> ;
  19              geoSoft:fileTypeLabel ?file_type_label .
  20
  21   ?source libraryOntology:flowcell ?flowcell .
  22
  23   ?flowcell libraryOntology:flowcell_id ?flowcell_id ;
  24             libraryOntology:read_length ?read_length ;
  25             libraryOntology:flowcell_type ?flowcell_type ;
  26   OPTIONAL { ?flowcell libraryOntology:image_software ?image_software ;
  27                        libraryOntology:image_version ?image_version . }
  28   OPTIONAL {?flowcell  libraryOntology:basecall_software ?basecall_software ;
  29                        libraryOntology:basecall_version ?basecall_version . }
  30   OPTIONAL {?flowcell  libraryOntology:sequenced_by ?sequencer .
  31              ?sequencer libraryOntology:sequencer_model ?sequencer_model . }
  32 }
  33