htsworkflow/templates/geo_files.sparql

   1 PREFIX libraryOntology: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/LibraryOntology#>
   2 PREFIX submissionOntology: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UcscSubmissionOntology#>
   3 PREFIX ucscDaf: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UcscDaf#>
   4 PREFIX ncbiTaxon: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=>
   5 PREFIX geoSoft: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/soft2.html#>
   6
   7 select distinct ?filename, ?md5sum, ?file_type ?file_type_label
   8 WHERE {
   9   <{{submission}}> ucscDaf:has_file ?file ;
  10                    a submissionOntology:submission .
  11
  12   ?file ucscDaf:filename ?filename ;
  13         ucscDaf:md5sum ?md5sum ;
  14         a ?file_type .
  15   ?file_type a <{{file_class}}> ;
  16              geoSoft:fileTypeLabel ?file_type_label .
  17
  18 }