htsworkflow/templates/geo_samples.sparql

   1 PREFIX libraryOntology: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/LibraryOntology#>
   2 PREFIX submissionOntology: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UcscSubmissionOntology#>
   3 PREFIX ucscDaf: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UcscDaf#>
   4 PREFIX ncbiTaxon: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=>
   5 PREFIX geoSoft: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/soft2.html#>
   6 PREFIX cells: <http://encodewiki.ucsc.edu/EncodeDCC/index.php/Cell_lines#>
   7
   8 select distinct ?name ?cell ?antibody ?sex ?control ?strain ?controlId ?library_id ?treatment ?protocol ?readType ?insertLength ?replicate, ?mapAlgorithm ?species_name ?taxon_id ?extractMolecule ?growthProtocol ?extractProtocol ?dataProtocol ?experiment_type ?library_selection ?library_source
   9 WHERE {
  10   <{{submission}}> a submissionOntology:submission .
  11
  12   OPTIONAL { <{{submission}}> ucscDaf:control ?control }
  13   OPTIONAL { <{{submission}}> ucscDaf:controlId ?controlId }
  14   OPTIONAL { ?library libraryOntology:antibody ?antibody }
  15   OPTIONAL { ?library libraryOntology:cell_line ?cell .
  16              ?cell_line cells:cell ?cell ;
  17                         cells:documents ?growthProtocol . }
  18   OPTIONAL { ?library ucscDaf:sex ?sex }
  19   OPTIONAL { ?library libraryOntology:library_id ?library_id }
  20   OPTIONAL { ?library libraryOntology:replicate ?replicate }
  21   OPTIONAL { ?library libraryOntology:species ?species_name }
  22   OPTIONAL { ?library libraryOntology:condition_term ?treatment }
  23   OPTIONAL { ?library libraryOntology:experiment_type ?experiment_type }
  24   OPTIONAL { ?library libraryOntology:librarySelection ?library_selection }
  25   OPTIONAL { ?library libraryOntology:librarySource ?library_source }
  26   OPTIONAL { <{{submissionSet}}> geoSoft:data_processing ?dataProtocol }
  27   OPTIONAL { ?library libraryOntology:extractMolecule ?extractMolecule }
  28   OPTIONAL { ?library libraryOntology:extractProtocol ?extractProtocol }
  29   OPTIONAL { ?library ucscDaf:protocol ?protocol }
  30   OPTIONAL { ?library ucscDaf:readType ?readType }
  31   OPTIONAL { ?library ucscDaf:strain ?strain }
  32   OPTIONAL { ?library libraryOntology:insert_size ?insertLength }
  33   OPTIONAL { ?library ucscDaf:mapAlgorithm ?mapAlgorithm }
  34
  35   <{{submission}}> submissionOntology:library ?library ;
  36                    submissionOntology:name ?name .
  37   ?species libraryOntology:species ?species_name ;
  38            libraryOntology:taxon_id ?taxon_id .
  39
  40
  41 }