htsworkflow/templates/geo_submission.soft

   1 Soft template
   2 !Platform_title = Illumina Genome Analyzer (Homo sapiens)
   3 !Platform_geo_accession = GPL9052
   4 {% for sample in samples %}{% for row in sample %}{%if forloop.first %}
   5 ^SAMPLE={{row.name}}
   6 !Sample_title={{row.name}}
   7 !Sample_organism_ch1 = {{ row.species_name }}
   8 !Sample_taxid_ch1 = {{ row.taxon_id }}
   9 {% spaceless %}{% if row.cell %}!Sample_characteristics_ch1 = cell: {{ row.cell }}
  10 {% endif %}{% endspaceless %}{% endif %}
  11 !Sample_supplementary_file_{{forloop.counter}}={{row.filename}}{% endfor %}{% endfor %}