htsworkflow/templates/geo_submission.sparql

   1 PREFIX libraryOntology: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/LibraryOntology#>
   2 PREFIX submissionOntology: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UcscSubmissionOntology#>
   3 PREFIX ucscDaf: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UcscDaf#>
   4 PREFIX ncbiTaxon: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=>
   5
   6 select distinct ?name ?filename ?md5sum ?cell ?antibody ?sex ?control ?strain ?controlId ?labExpId ?labVersion ?treatment ?protocol ?readType ?insertLength ?replicate, ?mapAlgorithm ?species_name ?taxon_id
   7 WHERE {
   8   <{{submission}}> a submissionOntology:submission .
   9
  10   OPTIONAL { ?submission ucscDaf:control ?control }
  11   #OPTIONAL { ?submission ucscDaf:controlId ?controlId }
  12   #OPTIONAL { ?library libraryOntology:antibody ?antibody }
  13   OPTIONAL { ?library libraryOntology:cell_line ?cell } .
  14   #OPTIONAL { ?library ucscDaf:sex ?sex }
  15   OPTIONAL { ?library libraryOntology:library_id ?labExpId }
  16   OPTIONAL { ?library libraryOntology:library_id ?labVersion }
  17   OPTIONAL { ?library libraryOntology:replicate ?replicate }
  18   OPTIONAL { ?library libraryOntology:species ?species_name }
  19
  20   #OPTIONAL { ?library libraryOntology:condition_term ?treatment }
  21   #OPTIONAL { ?library ucscDaf:protocol ?protocol }
  22   #OPTIONAL { ?library ucscDaf:readType ?readType }
  23   #OPTIONAL { ?library ucscDaf:strain ?strain }
  24   #OPTIONAL { ?library libraryOntology:insert_size ?insertLength }
  25   #OPTIONAL { ?library ucscDaf:mapAlgorithm ?mapAlgorithm }
  26
  27   <{{submission}}> submissionOntology:library ?library ;
  28                    ucscDaf:has_file ?file ;
  29                    submissionOntology:name ?name .
  30   ?species libraryOntology:species ?species_name ;
  31            libraryOntology:taxon_id ?taxon_id .
  32   ?file ucscDaf:filename ?filename .
  33 }