htsworkflow/templates/qseq.condor

   1 Universe=vanilla
   2 executable={{ python }}
   3 error={{ logdir }}/fastq.$(process).out
   4 output={{ logdir }}/fastq.$(process).out
   5 log={{ logdir }}/fastq.log
   6 {% if env %}environment="{{env}}"{% endif %}
   7
   8 {% for arg in args %}
   9 arguments="{{ arg.pyscript }} -o {{ arg.target }} {% if arg.flowcell %}-f {{ arg.flowcell }}{% endif %} {% if arg.istar %}-i{% endif %} {% for s in arg.sources %}{{ s }} {% endfor %}"
  10 queue
  11 {% endfor %}