Change to using django templates for generating condor fastq scripts
[htsworkflow.git] / htsworkflow / templates / split_fastq.condor
1 Universe=vanilla
2 executable={{ exe }}
3 error={{ logdir }}/fastq.$(process).out
4 output={{ logdir }}/fastq.$(process).out
5 log={{ logdir }}/fastq.log
6 {% if env %}environment={{ env }}{% endif %}
7
8 {% for arg in args %}
9 arguments="{{ arg.pyscript }} -o {{ arg.target }} {% for s in arg.sources %}{{ s }} {% endfor %}
10 queue
11 {% endfor %}