htsworkflow/templates/srf.condor

   1 Universe=vanilla
   2 executable={{ python }}
   3 error={{ logdir }}/fastq.$(process).out
   4 output={{ logdir }}/fastq.$(process).out
   5 log={{ logdir }}/fastq.log
   6 {% if env %}environment="{{env}}"{% endif %}
   7
   8 {% for arg in args %}
   9 arguments="{{ arg.pyscript }}  {{ arg.sources.0 }} --verbose {% if arg.flowcell %}--flowcell {{ arg.flowcell }}{% endif %} {% if arg.ispaired %}--left {{ arg.target }} --right {{ arg.target_right }}{% else %}--single {{ arg.target }}{% endif %}"
  10 queue
  11 {% endfor %}