htsworkflow/templates/trackhub_manifest.sparql

   1 PREFIX htswlib: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/LibraryOntology#>
   2 PREFIX submissionOntology: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UcscSubmissionOntology#>
   3 PREFIX ucscDaf: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UcscDaf#>
   4 PREFIX encode3: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/Encode3#>
   5 PREFIX ncbiTaxon: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=>
   6 PREFIX geoSoft: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/soft2.html#>
   7 PREFIX cells: <http://encodewiki.ucsc.edu/EncodeDCC/index.php/Cell_lines#>
   8
   9 select distinct ?name ?filename ?relative_path ?file_format ?output_type ?dataset_id ?replicate ?enriched_in ?ucsc_db
  10 WHERE {
  11   <{{submission}}> a submissionOntology:submission ;
  12                    submissionOntology:name ?name ;
  13                    ucscDaf:has_file ?file .
  14
  15   ?file ucscDaf:filename ?filename ;
  16         ucscDaf:relative_path ?relative_path ;
  17         htswlib:library ?library ;
  18         a ?fileClass .
  19
  20   ?fileClass geoSoft:fileTypeLabel ?file_format ;
  21              ucscDaf:output_type ?output_type .
  22
  23   ?library htswlib:replicate ?replicate ;
  24            ucscDaf:enriched_in ?enriched_in;
  25            ucscDaf:genome_build ?ucsc_db .
  26
  27   ?library encode3:dataset_id ?dataset_id .
  28   # This is lame! why!!!!
  29   # ?library2 encode3:dcc_id ?dcc_library_id .
  30   # FILTER (?library = ?library2)
  31
  32 }