htsworkflow/templates/trackhub_manifest.sparql

   1 PREFIX htswlib: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/LibraryOntology#>
   2 PREFIX submissionOntology: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UcscSubmissionOntology#>
   3 PREFIX ucscDaf: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UcscDaf#>
   4 PREFIX encode3: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/Encode3#>
   5 PREFIX ncbiTaxon: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=>
   6 PREFIX geoSoft: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/soft2.html#>
   7 PREFIX cells: <http://encodewiki.ucsc.edu/EncodeDCC/index.php/Cell_lines#>
   8
   9 select distinct ?name ?filename ?relative_path ?file_format ?output_type ?dataset_id ?replicate ?enriched_in ?ucsc_db ?paired_end ?technical_replicate ?replaces ?replace_reason
  10 WHERE {
  11   <{{submission}}> a submissionOntology:submission ;
  12                    submissionOntology:name ?name ;
  13                    ucscDaf:has_file ?file .
  14
  15   ?file ucscDaf:filename ?filename ;
  16         ucscDaf:relative_path ?relative_path ;
  17         htswlib:library ?library ;
  18         a ?fileClass .
  19
  20   OPTIONAL { ?file encode3:replaces ?replaces_accession ;
  21                    encode3:replace_reason ?replace_reason .
  22   }
  23
  24   ?fileClass geoSoft:fileTypeLabel ?file_format ;
  25              ucscDaf:output_type ?output_type .
  26   OPTIONAL { ?fileClass ucscDaf:paired_end ?paired_end . }
  27   OPTIONAL { ?fileClass ucscDaf:technical_replicate ?technical_replicate . }
  28
  29
  30   ?library htswlib:replicate ?replicate ;
  31            ucscDaf:enriched_in ?enriched_in;
  32            ucscDaf:genome_build ?ucsc_db .
  33
  34   ?library encode3:dataset_id ?dataset_id .
  35 }