htsworkflow/templates/trackhub_samples.sparql

   1 PREFIX htswlib: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/LibraryOntology#>
   2 PREFIX submissionOntology: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UcscSubmissionOntology#>
   3 PREFIX ucscDaf: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UcscDaf#>
   4 PREFIX ncbiTaxon: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=>
   5 PREFIX geoSoft: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/soft2.html#>
   6 PREFIX cells: <http://encodewiki.ucsc.edu/EncodeDCC/index.php/Cell_lines#>
   7 PREFIX encode3: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/Encode3#>
   8
   9 select distinct ?lab_library_id ?library_id ?filename ?relative_path ?output_type ?file_type ?cell ?replicate ?assay ?rna_type ?protocol
  10
  11 WHERE {
  12   ?trackType geoSoft:fileTypeLabel ?file_type ;
  13              ucscDaf:output_type ?output_type .
  14   ?file ucscDaf:filename ?filename ;
  15         ucscDaf:relative_path ?relative_path ;
  16         htswlib:library ?library ;
  17         a ?trackType .
  18   OPTIONAL { ?library htswlib:library_id ?lab_library_id }
  19   OPTIONAL { ?library encode3:library_id ?library_id }
  20   OPTIONAL { ?library htswlib:cell_line ?cell . }
  21   OPTIONAL { ?library htswlib:replicate ?replicate }
  22   OPTIONAL { ?library encode3:assay ?assay . }
  23   OPTIONAL { ?library encode3:rna_type ?rna_type. }
  24   OPTIONAL { ?library encode3:protocol ?protocol. }
  25   #OPTIONAL { ?library ucscDaf:readType ?read_type }
  26 }
  27 order by ?trackType