htsworkflow/util/alphanum.py

   1 #
   2 # The Alphanum Algorithm is an improved sorting algorithm for strings
   3 # containing numbers.  Instead of sorting numbers in ASCII order like
   4 # a standard sort, this algorithm sorts numbers in numeric order.
   5 #
   6 # The Alphanum Algorithm is discussed at http://www.DaveKoelle.com
   7 #
   8 #* Python implementation provided by Chris Hulan (chris.hulan@gmail.com)
   9 #* Distributed under same license as original
  10 #
  11 # This library is free software; you can redistribute it and/or
  12 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  13 # License as published by the Free Software Foundation; either
  14 # version 2.1 of the License, or any later version.
  15 #
  16 # This library is distributed in the hope that it will be useful,
  17 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19 # Lesser General Public License for more details.
  20 #
  21 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22 # License along with this library; if not, write to the Free Software
  23 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
  24 #
  25
  26 import re
  27 import types
  28
  29 #
  30 # TODO: Make decimal points be considered in the same class as digits
  31 #
  32
  33 def chunkify(str):
  34     """
  35     return a list of numbers and non-numeric substrings of +str+
  36     the numeric substrings are converted to integer, non-numeric are left as is
  37     """
  38     if type(str) in types.StringTypes:
  39         chunks = re.findall("(\d+|\D+)",str)
  40         #convert numeric strings to numbers
  41         chunks = [re.match('\d',x) and int(x) or x for x in chunks]
  42         return chunks
  43     elif type(str) in [types.IntType, types.LongType, types.FloatType]:
  44         return [str]
  45     else:
  46         raise ValueError("Unsupported type %s for input %s" % (type(str), str))
  47
  48 def alphanum(a,b):
  49     """
  50     breaks +a+ and +b+ into pieces and returns left-to-right comparison of the pieces
  51
  52     +a+ and +b+ are expected to be strings (for example file names) with numbers and non-numeric characters
  53     Split the values into list of numbers and non numeric sub-strings and so comparison of numbers gives
  54     Numeric sorting, comparison of non-numeric gives Lexicographic order
  55     """
  56     # split strings into chunks
  57     aChunks = chunkify(a)
  58     bChunks = chunkify(b)
  59
  60     return cmp(aChunks,bChunks) #built in comparison works once data is prepared
  61
  62
  63
  64 if __name__ == "__main__":
  65         unsorted = ["1000X Radonius Maximus","10X Radonius","200X Radonius","20X Radonius","20X Radonius Prime","30X Radonius","40X Radonius","Allegia 50 Clasteron","Allegia 500 Clasteron","Allegia 51 Clasteron","Allegia 51B Clasteron","Allegia 52 Clasteron","Allegia 60 Clasteron","Alpha 100","Alpha 2","Alpha 200","Alpha 2A","Alpha 2A-8000","Alpha 2A-900","Callisto Morphamax","Callisto Morphamax 500","Callisto Morphamax 5000","Callisto Morphamax 600","Callisto Morphamax 700","Callisto Morphamax 7000","Callisto Morphamax 7000 SE","Callisto Morphamax 7000 SE2","QRS-60 Intrinsia Machine","QRS-60F Intrinsia Machine","QRS-62 Intrinsia Machine","QRS-62F Intrinsia Machine","Xiph Xlater 10000","Xiph Xlater 2000","Xiph Xlater 300","Xiph Xlater 40","Xiph Xlater 5","Xiph Xlater 50","Xiph Xlater 500","Xiph Xlater 5000","Xiph Xlater 58"]
  66         sorted = unsorted[:]
  67         sorted.sort(alphanum)
  68         print '+++++Sorted...++++'
  69         print '\n'.join(sorted)