htsworkflow/util/conversion.py

   1 """
   2 Miscellaneous, more refined type casting functions
   3 """
   4 from __future__ import unicode_literals
   5
   6 def str_or_none(value):
   7     """
   8     Convert value to unicode string if its not none.
   9     """
  10     if value is None:
  11         return None
  12     else:
  13         return str(value)
  14
  15 def parse_flowcell_id(flowcell_id):
  16     """
  17     Return flowcell id and any status encoded in the id
  18
  19     We stored the status information in the flowcell id name.
  20     this was dumb, but database schemas are hard to update.
  21     """
  22     fields = flowcell_id.split()
  23     fcid = None
  24     status = None
  25     if len(fields) > 0:
  26         fcid = fields[0]
  27     if len(fields) > 1:
  28         status = fields[1]
  29     return fcid, status
  30
  31 def parse_slice(slice_text):
  32     if slice_text is None or len(slice_text) == 0:
  33         return slice(None)
  34
  35     slice_data = []
  36     for element in slice_text.split(':'):
  37         if len(element) == 0:
  38             element = None
  39         else:
  40             element = int(element)
  41         slice_data.append(element)
  42
  43     return slice(*slice_data)
  44
  45