htsworkflow/util/ethelp.py

   1 """
   2 ElementTree helper functions
   3 """
   4 def indent(elem, level=0):
   5     """
   6     reformat an element tree to be 'pretty' (indented)
   7     """
   8     i = "\n" + level*"  "
   9     if len(elem):
  10         if not elem.text or not elem.text.strip():
  11             elem.text = i + "  "
  12         for child in elem:
  13             indent(child, level+1)
  14         # we don't want the closing tag indented too far
  15         child.tail = i
  16         if not elem.tail or not elem.tail.strip():
  17             elem.tail = i
  18     else:
  19         if level and (not elem.tail or not elem.tail.strip()):
  20             elem.tail = i
  21
  22 def flatten(elem, include_tail=0):
  23     """
  24     Extract the text from an element tree
  25     (AKA extract the text that not part of XML tags)
  26     """
  27     text = elem.text or ""
  28     for e in elem:
  29         text += flatten(e, 1)
  30     if include_tail and elem.tail: text += elem.tail
  31     return text
  32