htsworkflow/util/rdfhelp.py

   1 """Helper features for working with librdf
   2 """
   3 import RDF
   4 import types
   5
   6 # standard ontology namespaces
   7 dublinCoreNS = RDF.NS("http://purl.org/dc/elements/1.1/")
   8 rdfNS = RDF.NS("http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#")
   9 rdfsNS= RDF.NS("http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#")
  10 xsdNS = RDF.NS("http://www.w3.org/2001/XMLSchema#")
  11
  12 # internal ontologies
  13 submitOntology = RDF.NS("http://jumpgate.caltech.edu/wiki/UCSCSubmissionOntology#")
  14 libraryOntology = RDF.NS("http://jumpgate.caltech.edu/wiki/LibraryOntology#")
  15
  16 def blankOrUri(value=None):
  17     node = None
  18     if value is None:
  19         node = RDF.Node()
  20     elif type(value) in types.StringTypes:
  21         node = RDF.Node(uri_string=value)
  22     elif isinstance(value, RDF.Node):
  23         node = value
  24
  25     return node
  26
  27
  28 def toTypedNode(value):
  29     if type(value) == types.BooleanType:
  30         value_type = xsdNS['boolean'].uri
  31         if value:
  32             value = u'1'
  33         else:
  34             value = u'0'
  35     elif type(value) in types.StringTypes:
  36         value_type = xsdNS['string'].uri
  37     else:
  38         value_type = None
  39         value = unicode(value)
  40
  41     return RDF.Node(literal=value, datatype=value_type)
  42