htsworkflow/util/schemas/htsworkflow.turtle

   1 @prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
   2 @prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
   3 @prefix owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> .
   4 @prefix dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/> .
   5 @prefix xml: <http://www.w3.org/XML/1998/namespace> .
   6 @prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
   7 @prefix htswlib: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/LibraryOntology#> .
   8
   9 # I'm still learning how to do modeling & validation
  10 # this version is just using rdfs:Literal for
  11 # any literal node.
  12
  13 <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/LibraryOntology#>
  14     dc:title "HTS-Workflow ontology" ;
  15     a owl:Ontology .
  16
  17 htswlib:Class rdfs:subClassOf rdfs:Class ;
  18               a rdfs:Class .
  19 rdfs:Resource a rdfs:Class.
  20
  21 htswlib:IlluminaFlowcell
  22     a rdfs:Class, htswlib:Class;
  23     rdfs:comment "information about a illumina flowcell" ;
  24     rdfs:label "Flowcell" .
  25
  26 htswlib:IlluminaLane
  27     a rdfs:Class, htswlib:Class ;
  28     rdfs:comment "information specific to a lane in a flowcell" ;
  29     rdfs:label "Lane" .
  30
  31 htswlib:Library
  32     a rdfs:Class, htswlib:Class ;
  33     rdfs:comment "a biological library that can be run on a flowcell" ;
  34     rdfs:label "library" .
  35
  36 htswlib:Sequencer
  37     a rdfs:Class, htswlib:Class;
  38     rdfs:comment "an instrument that converts libraries into sequence reads" ;
  39     rdfs:label "Sequencer" .
  40
  41 htswlib:Species
  42     a rdfs:Class, htswlib:Class ;
  43     rdfs:comment "What 'species' was our sample created from." ;
  44     rdfs:label "Species" .
  45
  46 htswlib:MappedCount
  47     a rdfs:Class, htswlib:Class ;
  48     rdfs:comment "Count of reads with locations" ;
  49     rdfs:label "Mapped locations" .
  50
  51 # reused properties?
  52 htswlib:flowcell
  53     a rdf:Property ;
  54     rdfs:comment "link to our source flowcell" ;
  55     rdfs:label "Flowcell" ;
  56     rdfs:domain htswlib:IlluminaLane ;
  57     rdfs:range htswlib:IlluminaFlowcell .
  58
  59 htswlib:has_lane
  60     a rdf:Property ;
  61     rdfs:comment "which lanes are attached to a flowcell" ;
  62     rdfs:label "lanes" ;
  63     # cheating, only flowcells & libraries can have lanes
  64     rdfs:domain htswlib:Library ;
  65     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
  66     rdfs:range htswlib:IlluminaLane .
  67
  68 htswlib:date
  69     a rdf:Property ;
  70     rdfs:comment "Date thing was constructed" ;
  71     rdfs:label "made on" ;
  72     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
  73     rdfs:domain htswlib:Library ;
  74     rdfs:range xsd:dateTime .
  75
  76 htswlib:total_unique_locations
  77     a rdf:Property ;
  78     rdfs:comment "How many reads mapped uniquely" ;
  79     rdfs:label "Unique locations" ;
  80     rdfs:domain htswlib:Library ;
  81     rdfs:domain htswlib:IlluminaLane ;
  82     rdfs:range xsd:integer .
  83
  84 htswlib:has_mappings
  85     a rdf:Property ;
  86     rdfs:comment "collection of counts against sequence collections" ;
  87     rdfs:label "Has mapping" ;
  88     rdfs:domain htswlib:Library ;
  89     rdfs:domain htswlib:IlluminaLane ;
  90     rdfs:range htswlib:MappedCount .
  91
  92 # flowcell properties
  93 htswlib:flowcell_id
  94     a rdf:Property ;
  95     rdfs:comment "Serial number of a flowcell, used as unique key" ;
  96     rdfs:label "Flowcell ID" ;
  97     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
  98     rdfs:range rdfs:Literal .
  99
 100 htswlib:flowcell_notes
 101     a rdf:Property ;
 102     rdfs:comment "Comments about flowcell" ;
 103     rdfs:label "Notes" ;
 104     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 105     rdfs:range rdfs:Literal .
 106
 107 htswlib:control_lane
 108     a rdf:Property ;
 109     rdfs:comment "Control lane used for image analysis/base calling" ;
 110     rdfs:label "Control Lane" ;
 111     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 112     rdfs:range rdfs:Literal .
 113
 114 htswlib:read_length
 115     a rdf:Property ;
 116     rdfs:comment "How many cycles did we run the sequencer for" ;
 117     rdfs:label "Read length" ;
 118     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 119     rdfs:range rdfs:Literal .
 120
 121 htswlib:flowcell_type
 122     a rdf:Property ;
 123     rdfs:comment "What kind of flowcell, e.g. single, paired." ;
 124     rdfs:label "Flowcell Type" ;
 125     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 126     rdfs:range rdfs:Literal .
 127
 128 htswlib:image_software
 129     a rdf:Property ;
 130     rdfs:comment "Image analysis software name." ;
 131     rdfs:label "Image processor" ;
 132     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 133     rdfs:range rdfs:Literal .
 134
 135 htswlib:image_version
 136     a rdf:Property ;
 137     rdfs:comment "Image analysis software version identifier." ;
 138     rdfs:label "Image processor version" ;
 139     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 140     rdfs:range rdfs:Literal .
 141
 142 htswlib:basecall_software
 143     a rdf:Property ;
 144     rdfs:comment "Base caller software name." ;
 145     rdfs:label "Basecaller" ;
 146     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 147     rdfs:range rdfs:Literal .
 148
 149 htswlib:basecall_version
 150     a rdf:Property ;
 151     rdfs:comment "Base caller software version identifier." ;
 152     rdfs:label "Basecaller Version" ;
 153     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 154     rdfs:range rdfs:Literal .
 155
 156 htswlib:alignment_software
 157     a rdf:Property ;
 158     rdfs:comment "Alignment software name." ;
 159     rdfs:label "Alignment software" ;
 160     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 161     rdfs:range rdfs:Literal .
 162
 163 htswlib:alignment_version
 164     a rdf:Property ;
 165     rdfs:comment "Alignment software version identifier." ;
 166     rdfs:label "Aligner" ;
 167     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 168     rdfs:range rdfs:Literal .
 169
 170 htswlib:sequenced_by
 171     a rdf:Property ;
 172     rdfs:comment "Which sequencer sequenced this flowcell" ;
 173     rdfs:label "Sequenced By" ;
 174     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 175     rdfs:range htswlib:Sequencer .
 176
 177 htswlib:sequencer_model
 178     a rdf:Property ;
 179     rdfs:comment "What model of sequencer was this flowcell run on." ;
 180     rdfs:label "Sequencer model" ;
 181     rdfs:domain htswlib:Sequencer ;
 182     rdfs:range rdfs:Literal .
 183
 184 htswlib:sequencer_instrument
 185     a rdf:Property ;
 186     rdfs:comment "Sequencer instrument identifier." ;
 187     rdfs:label "Instrument ID " ;
 188     rdfs:domain htswlib:Sequencer ;
 189     rdfs:range rdfs:Literal .
 190
 191 htswlib:sequencer_name
 192     a rdf:Property ;
 193     rdfs:comment "Local name for sequencer." ;
 194     rdfs:label "Sequencer name " ;
 195     rdfs:domain htswlib:Sequencer ;
 196     rdfs:range rdfs:Literal .
 197
 198 # lane properties
 199 htswlib:status
 200    a rdf:Proprety ;
 201    rdfs:comment "Operators opinion of lane status, e.g. were there spots in the pictures" ;
 202    rdfs:label "Status" ;
 203    rdfs:domain htswlib:IlluminaLane ;
 204    rdfs:range htswlib:Literal .
 205
 206 htswlib:cluster_estimate
 207    a rdf:Proprety ;
 208    rdfs:comment "Estimate of clusters per tile" ;
 209    rdfs:label "Cluster Estimate" ;
 210    rdfs:domain htswlib:IlluminaLane ;
 211    rdfs:range htswlib:Literal .
 212
 213 htswlib:pM
 214    a rdf:Proprety ;
 215    rdfs:comment "picoMolarity" ;
 216    rdfs:label "picoMolarity" ;
 217    rdfs:domain htswlib:IlluminaLane ;
 218    rdfs:range htswlib:Literal .
 219
 220
 221 # library only properties
 222 htswlib:library_id
 223     a rdf:Property ;
 224     rdfs:comment "Library unique identifier" ;
 225     rdfs:label "Library ID" ;
 226     rdfs:domain htswlib:Library ;
 227     rdfs:range rdfs:Literal .
 228
 229 htswlib:name
 230     a rdf:Property ;
 231     rdfs:comment "human readable name" ;
 232     rdfs:label "Name" ;
 233     rdfs:range rdfs:Literal .
 234
 235 htswlib:library_type
 236     a rdf:Property ;
 237     rdfs:comment """what type of library are we, which is primarily
 238                  determined by the type of adaptors ligated onto
 239                  sequence fragments.""" ;
 240     rdfs:label "Library Type" ;
 241     rdfs:domain htswlib:Library ;
 242     rdfs:range rdfs:Literal .
 243
 244 htswlib:condition
 245    a rdf:Property ;
 246    rdfs:comment "Describes what treatment has been applied to the cells" ;
 247    rdfs:label "Condition" ;
 248    rdfs:domain htswlib:Library ;
 249    rdfs:range rdfs:Literal .
 250
 251 htswlib:stopping_point
 252     a rdf:Property ;
 253     rdfs:comment "Protocol stopping point" ;
 254     rdfs:label "Stopping Point" ;
 255     rdfs:domain htswlib:Library ;
 256     rdfs:range rdfs:Literal .
 257
 258 htswlib:concentration
 259     a rdf:Property ;
 260     rdfs:comment "Concentration of sample in nanograms per microliter" ;
 261     rdfs:label "Concentration" ;
 262     rdfs:domain htswlib:Library ;
 263     rdfs:range rdfs:Literal .
 264
 265 htswlib:insert_size
 266     a rdf:Property ;
 267     rdfs:comment "The expected size of the sample sequence" ;
 268     rdfs:label "Insert Size" ;
 269     rdfs:domain htswlib:Library ;
 270     rdfs:range rdfs:Literal .
 271
 272 htswlib:gel_cut
 273     a rdf:Property ;
 274     rdfs:comment "The estimated fragment sizes cut from gel";
 275     rdfs:label "Gel Cut" ;
 276     rdfs:domain htswlib:Library ;
 277     rdfs:range xsd:decimal .
 278
 279 htswlib:made_by
 280     a rdf:Property ;
 281     rdfs:comment "Name of person who created library" ;
 282     rdfs:label "Made by" ;
 283     rdfs:domain htswlib:Library ;
 284     rdfs:range rdfs:Literal .
 285
 286 htswlib:multiplex_index
 287     a rdf:Property ;
 288     rdfs:comment "multiplex sequence" ;
 289     rdfs:label "index" ;
 290     rdfs:domain htswlib:Library ;
 291     rdfs:range rdfs:Literal .
 292
 293 htswlib:cell_line
 294     a rdf:Property ;
 295     rdfs:comment "Description of source material" ;
 296     rdfs:label "cell line" ;
 297     rdfs:domain htswlib:Library ;
 298     rdfs:range rdfs:Literal .
 299
 300 htswlib:experiment_type
 301     a rdf:Property ;
 302     rdfs:comment "What type of sequencing is this. e.g. RNA-Seq, DeNovo etc." ;
 303     rdfs:label "Experiment Type" ;
 304     rdfs:domain htswlib:Library ;
 305     rdfs:range rdfs:Literal .
 306
 307 htswlib:affiliation
 308     a rdf:Property ;
 309     rdfs:comment "Entity associated with this sample" ;
 310     rdfs:label "affiliation" ;
 311     rdfs:domain htswlib:Library ;
 312     rdfs:range rdfs:Literal .
 313
 314 htswlib:species
 315     a rdf:Property ;
 316     rdfs:comment "Scientific name of sample species" ;
 317     rdfs:label "Species" ;
 318     rdfs:domain htswlib:Library ;
 319     #rdfs:domain htswlib:IlluminaLane;
 320     rdfs:range htswlib:Species .
 321
 322 htswlib:replicate
 323     a rdf:Property ;
 324     rdfs:comment "Which replicate this was" ;
 325     rdfs:label "replicate" ;
 326     rdfs:domain htswlib:Library ;
 327     rdfs:range rdfs:Literal .
 328
 329 # lane only properties
 330 htswlib:lane_number
 331     a rdf:Property ;
 332     rdfs:comment "Which lane were we run in" ;
 333     rdfs:label "lane id" ;
 334     rdfs:domain htswlib:IlluminaLane ;
 335     rdfs:range xsd:string .
 336
 337 # FIXME: should this be note?
 338 htswlib:comment
 339     a rdf:Property ;
 340     rdfs:comment "Comment about an object" ;
 341     rdfs:range rdfs:Literal .
 342
 343 htswlib:library
 344      a rdf:Property ;
 345      rdfs:comment "which library was run on this lane." ;
 346      rdfs:label "Library" ;
 347      rdfs:domain htswlib:IlluminaLane ;
 348      rdfs:range htswlib:Library .
 349
 350 # species properites
 351 htswlib:species_name
 352      a rdf:Property ;
 353      rdfs:comment "Scientific name of species" ;
 354      rdfs:label "Species" ;
 355      rdfs:domain htswlib:Species ;
 356      rdfs:range rdfs:Literal .
 357
 358 # mapped count properties
 359 htswlib:mapped_to
 360      a rdf:Property ;
 361      rdfs:comment "A sequence collection, genome, chromosome, spike in, etc.";
 362      rdfs:label "Mapped to" ;
 363      rdfs:domain htswlib:MappedCount ;
 364      rdfs:range rdfs:Literal .
 365
 366 htswlib:reads
 367      a rdf:Property ;
 368      rdfs:comment "Number of read locations" ;
 369      rdfs:label "Reads" ;
 370      rdfs:domain htswlib:MappedCount ;
 371      rdfs:range rdfs:Literal .