htsworkflow/util/schemas/htsworkflow.turtle

   1 @prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
   2 @prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
   3 @prefix owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> .
   4 @prefix dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/> .
   5 @prefix xml: <http://www.w3.org/XML/1998/namespace> .
   6 @prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
   7 @prefix htswlib: <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/LibraryOntology#> .
   8
   9 # I'm still learning how to do modeling & validation
  10 # this version is just using rdfs:Literal for
  11 # any literal node.
  12
  13 <http://jumpgate.caltech.edu/wiki/LibraryOntology#>
  14     dc:title "HTS-Workflow ontology" ;
  15     a owl:Ontology .
  16
  17 htswlib:Class a rdfs:Class .
  18
  19 htswlib:IlluminaFlowcell
  20     a rdfs:Class, htswlib:Class ;
  21     rdfs:comment "information about a illumina flowcell" ;
  22     rdfs:label "Flowcell" .
  23
  24 htswlib:IlluminaLane
  25     a rdfs:Class, htswlib:Class ;
  26     rdfs:comment "information specific to a lane in a flowcell" ;
  27     rdfs:label "Lane" .
  28
  29 htswlib:Library
  30     a rdfs:Class, htswlib:Class ;
  31     rdfs:comment "a biological library that can be run on a flowcell" ;
  32     rdfs:label "library" .
  33
  34 htswlib:Sequencer
  35     a rdfs:Class, htswlib:Class;
  36     rdfs:comment "an instrument that converts libraries into sequence reads" ;
  37     rdfs:label "Sequencer" .
  38
  39 htswlib:Species
  40     a rdfs:Class, htswlib:Class ;
  41     rdfs:comment "What 'species' was our sample created from." ;
  42     rdfs:label "Species" .
  43
  44 htswlib:MappedCount
  45     a rdfs:Class, htswlib:Class ;
  46     rdfs:comment "Count of reads with locations" ;
  47     rdfs:label "Mapped locations" .
  48
  49 # reused properties?
  50 htswlib:flowcell
  51     a rdf:Property ;
  52     rdfs:comment "link to our source flowcell" ;
  53     rdfs:label "Flowcell" ;
  54     rdfs:domain htswlib:IlluminaLane ;
  55     rdfs:range htswlib:IlluminaFlowcell .
  56
  57 htswlib:has_lane
  58     a rdf:Property ;
  59     rdfs:comment "which lanes are attached to a flowcell" ;
  60     rdfs:label "lanes" ;
  61     # cheating, only flowcells & libraries can have lanes
  62     rdfs:domain htswlib:Library ;
  63     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
  64     rdfs:range htswlib:IlluminaLane .
  65
  66 htswlib:date
  67     a rdf:Property ;
  68     rdfs:comment "Date thing was constructed" ;
  69     rdfs:label "made on" ;
  70     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
  71     rdfs:domain htswlib:Library ;
  72     rdfs:range rdfs:Literal .
  73
  74 htswlib:total_unique_locations
  75     a rdf:Property ;
  76     rdfs:comment "How many reads mapped uniquely" ;
  77     rdfs:label "Unique locations" ;
  78     rdfs:domain htswlib:Library ;
  79     rdfs:domain htswlib:IlluminaLane ;
  80     rdfs:range rdfs:Literal .
  81
  82 htswlib:has_mappings
  83     a rdf:Property ;
  84     rdfs:comment "collection of counts against sequence collections" ;
  85     rdfs:label "Has mapping" ;
  86     rdfs:domain htswlib:Library ;
  87     rdfs:domain htswlib:IlluminaLane ;
  88     rdfs:range htswlib:MappedCount .
  89
  90 # flowcell properties
  91 htswlib:flowcell_id
  92     a rdf:Property ;
  93     rdfs:comment "Serial number of a flowcell, used as unique key" ;
  94     rdfs:label "Flowcell ID" ;
  95     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
  96     rdfs:range rdfs:Literal .
  97
  98 htswlib:flowcell_notes
  99     a rdf:Property ;
 100     rdfs:comment "Comments about flowcell" ;
 101     rdfs:label "Notes" ;
 102     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 103     rdfs:range rdfs:Literal .
 104
 105 htswlib:control_lane
 106     a rdf:Property ;
 107     rdfs:comment "Control lane used for image analysis/base calling" ;
 108     rdfs:label "Control Lane" ;
 109     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 110     rdfs:range rdfs:Literal .
 111
 112 htswlib:read_length
 113     a rdf:Property ;
 114     rdfs:comment "How many cycles did we run the sequencer for" ;
 115     rdfs:label "Read length" ;
 116     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 117     rdfs:range rdfs:Literal .
 118
 119 htswlib:flowcell_type
 120     a rdf:Property ;
 121     rdfs:comment "What kind of flowcell, e.g. single, paired." ;
 122     rdfs:label "Flowcell Type" ;
 123     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 124     rdfs:range rdfs:Literal .
 125
 126 htswlib:image_software
 127     a rdf:Property ;
 128     rdfs:comment "Image analysis software name." ;
 129     rdfs:label "Image processor" ;
 130     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 131     rdfs:range rdfs:Literal .
 132
 133 htswlib:image_version
 134     a rdf:Property ;
 135     rdfs:comment "Image analysis software version identifier." ;
 136     rdfs:label "Image processor version" ;
 137     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 138     rdfs:range rdfs:Literal .
 139
 140 htswlib:basecall_software
 141     a rdf:Property ;
 142     rdfs:comment "Base caller software name." ;
 143     rdfs:label "Basecaller" ;
 144     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 145     rdfs:range rdfs:Literal .
 146
 147 htswlib:basecall_version
 148     a rdf:Property ;
 149     rdfs:comment "Base caller software version identifier." ;
 150     rdfs:label "Basecaller Version" ;
 151     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 152     rdfs:range rdfs:Literal .
 153
 154 htswlib:alignment_software
 155     a rdf:Property ;
 156     rdfs:comment "Alignment software name." ;
 157     rdfs:label "Alignment software" ;
 158     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 159     rdfs:range rdfs:Literal .
 160
 161 htswlib:alignment_version
 162     a rdf:Property ;
 163     rdfs:comment "Alignment software version identifier." ;
 164     rdfs:label "Aligner" ;
 165     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 166     rdfs:range rdfs:Literal .
 167
 168 htswlib:sequenced_by
 169     a rdf:Property ;
 170     rdfs:comment "Which sequencer sequenced this flowcell" ;
 171     rdfs:label "Sequenced By" ;
 172     rdfs:domain htswlib:IlluminaFlowcell ;
 173     rdfs:range htswlib:Sequencer .
 174
 175 htswlib:sequencer_model
 176     a rdf:Property ;
 177     rdfs:comment "What model of sequencer was this flowcell run on." ;
 178     rdfs:label "Sequencer model" ;
 179     rdfs:domain htswlib:Sequencer ;
 180     rdfs:range rdfs:Literal .
 181
 182 htswlib:sequencer_instrument
 183     a rdf:Property ;
 184     rdfs:comment "Sequencer instrument identifier." ;
 185     rdfs:label "Instrument ID " ;
 186     rdfs:domain htswlib:Sequencer ;
 187     rdfs:range rdfs:Literal .
 188
 189 htswlib:sequencer_name
 190     a rdf:Property ;
 191     rdfs:comment "Local name for sequencer." ;
 192     rdfs:label "Sequencer name " ;
 193     rdfs:domain htswlib:Sequencer ;
 194     rdfs:range rdfs:Literal .
 195
 196 # lane properties
 197 htswlib:status
 198    a rdf:Proprety ;
 199    rdfs:comment "Operators opinion of lane status, e.g. were there spots in the pictures" ;
 200    rdfs:label "Status" ;
 201    rdfs:domain htswlib:IlluminaLane ;
 202    rdfs:range htswlib:Literal .
 203
 204 htswlib:cluster_estimate
 205    a rdf:Proprety ;
 206    rdfs:comment "Estimate of clusters per tile" ;
 207    rdfs:label "Cluster Estimate" ;
 208    rdfs:domain htswlib:IlluminaLane ;
 209    rdfs:range htswlib:Literal .
 210
 211 htswlib:pM
 212    a rdf:Proprety ;
 213    rdfs:comment "picoMolarity" ;
 214    rdfs:label "picoMolarity" ;
 215    rdfs:domain htswlib:IlluminaLane ;
 216    rdfs:range htswlib:Literal .
 217
 218
 219 # library only properties
 220 htswlib:library_id
 221     a rdf:Property ;
 222     rdfs:comment "Library unique identifier" ;
 223     rdfs:label "Library ID" ;
 224     rdfs:domain htswlib:Library ;
 225     rdfs:range rdfs:Literal .
 226
 227 htswlib:name
 228     a rdf:Property ;
 229     rdfs:comment "human readable name" ;
 230     rdfs:label "Name" ;
 231     rdfs:range rdfs:Literal .
 232
 233 htswlib:library_type
 234     a rdf:Property ;
 235     rdfs:comment """what type of library are we, which is primarily
 236                  determined by the type of adaptors ligated onto
 237                  sequence fragments.""" ;
 238     rdfs:label "Library Type" ;
 239     rdfs:domain htswlib:Library ;
 240     rdfs:range rdfs:Literal .
 241
 242 htswlib:condition
 243    a rdf:Property ;
 244    rdfs:comment "Describes what treatment has been applied to the cells" ;
 245    rdfs:label "Condition" ;
 246    rdfs:domain htswlib:Library ;
 247    rdfs:range rdfs:Literal .
 248
 249 htswlib:stopping_point
 250     a rdf:Property ;
 251     rdfs:comment "Protocol stopping point" ;
 252     rdfs:label "Stopping Point" ;
 253     rdfs:domain htswlib:Library ;
 254     rdfs:range rdfs:Literal .
 255
 256 htswlib:concentration
 257     a rdf:Property ;
 258     rdfs:comment "Concentration of sample in nanograms per microliter" ;
 259     rdfs:label "Concentration" ;
 260     rdfs:domain htswlib:Library ;
 261     rdfs:range rdfs:Literal .
 262
 263 htswlib:insert_size
 264     a rdf:Property ;
 265     rdfs:comment "The expected size of the sample sequence" ;
 266     rdfs:label "Insert Size" ;
 267     rdfs:domain htswlib:Library ;
 268     rdfs:range rdfs:Literal .
 269
 270 htswlib:gel_cut
 271     a rdf:Property ;
 272     rdfs:comment "The estimated fragment sizes cut from gel";
 273     rdfs:label "Gel Cut" ;
 274     rdfs:domain htswlib:Library ;
 275     rdfs:range rdfs:Literal .
 276
 277 htswlib:made_by
 278     a rdf:Property ;
 279     rdfs:comment "Name of person who created library" ;
 280     rdfs:label "Made by" ;
 281     rdfs:domain htswlib:Library ;
 282     rdfs:range rdfs:Literal .
 283
 284 htswlib:multiplex_index
 285     a rdf:Property ;
 286     rdfs:comment "multiplex sequence" ;
 287     rdfs:label "index" ;
 288     rdfs:domain htswlib:Library ;
 289     rdfs:range rdfs:Literal .
 290
 291 htswlib:cell_line
 292     a rdf:Property ;
 293     rdfs:comment "Description of source material" ;
 294     rdfs:label "cell line" ;
 295     rdfs:domain htswlib:Library ;
 296     rdfs:range rdfs:Literal .
 297
 298 htswlib:experiment_type
 299     a rdf:Property ;
 300     rdfs:comment "What type of sequencing is this. e.g. RNA-Seq, DeNovo etc." ;
 301     rdfs:label "Experiment Type" ;
 302     rdfs:domain htswlib:Library ;
 303     rdfs:range rdfs:Literal .
 304
 305 htswlib:affiliation
 306     a rdf:Property ;
 307     rdfs:comment "Entity associated with this sample" ;
 308     rdfs:label "affiliation" ;
 309     rdfs:domain htswlib:Library ;
 310     rdfs:range rdfs:Literal .
 311
 312 htswlib:species
 313     a rdf:Property ;
 314     rdfs:comment "Scientific name of sample species" ;
 315     rdfs:label "Species" ;
 316     rdfs:domain htswlib:Library ;
 317     #rdfs:domain htswlib:IlluminaLane;
 318     rdfs:range htswlib:Species .
 319
 320 htswlib:replicate
 321     a rdf:Property ;
 322     rdfs:comment "Which replicate this was" ;
 323     rdfs:label "replicate" ;
 324     rdfs:domain htswlib:Library ;
 325     rdfs:range rdfs:Literal .
 326
 327 # lane only properties
 328 htswlib:lane_number
 329     a rdf:Property ;
 330     rdfs:comment "Which lane were we run in" ;
 331     rdfs:label "lane id" ;
 332     rdfs:domain htswlib:IlluminaLane ;
 333     rdfs:range rdfs:Literal .
 334
 335 # FIXME: should this be note?
 336 htswlib:comment
 337     a rdf:Property ;
 338     rdfs:comment "Comment about an object" ;
 339     rdfs:range rdfs:Literal .
 340
 341 htswlib:library
 342      a rdf:Property ;
 343      rdfs:comment "which library was run on this lane." ;
 344      rdfs:label "Library" ;
 345      rdfs:domain htswlib:IlluminaLane ;
 346      rdfs:range htswlib:Library .
 347
 348 # species properites
 349 htswlib:species_name
 350      a rdf:Property ;
 351      rdfs:comment "Scientific name of species" ;
 352      rdfs:label "Species" ;
 353      rdfs:domain htswlib:Species ;
 354      rdfs:range rdfs:Literal .
 355
 356 # mapped count properties
 357 htswlib:mapped_to
 358      a rdf:Property ;
 359      rdfs:comment "A sequence collection, genome, chromosome, spike in, etc.";
 360      rdfs:label "Mapped to" ;
 361      rdfs:domain htswlib:MappedCount ;
 362      rdfs:range rdfs:Literal .
 363
 364 htswlib:reads
 365      a rdf:Property ;
 366      rdfs:comment "Number of read locations" ;
 367      rdfs:label "Reads" ;
 368      rdfs:domain htswlib:MappedCount ;
 369      rdfs:range rdfs:Literal .