htsworkflow/util/test/test_makebed.py

   1 import os
   2 from StringIO import StringIO
   3 from unittest import TestCase
   4
   5 from htsworkflow.util import makebed
   6
   7 class testMakeBed(TestCase):
   8     def test_multi_1_0_0_limit_1(self):
   9       instream = StringIO('>HWI-EAS229_26_209LVAAXX:7:3:112:383    TCAAATCTTATGCTANGAATCNCAAATTTTCT 1:0:0   mm9_chr13_random.fa:1240R0')
  10       out = StringIO()
  11
  12       out = list(makebed.make_bed_from_multi_eland_generator(instream, 'name', 'description', 'mm9_chr', 1))
  13       self.failUnlessEqual(out[1], 'mm9_chr13_random 1240 1272 read 0 - - - 255,255,0\n')
  14
  15     def test_multi_1_0_0_limit_255(self):
  16       instream = StringIO('>HWI-EAS229_26_209LVAAXX:7:3:112:383    TCAAATCTTATGCTANGAATCNCAAATTTTCT 1:0:0   mm9_chr13_random.fa:1240R0')
  17       out = StringIO()
  18
  19       out = list(makebed.make_bed_from_multi_eland_generator(instream, 'name', 'desc', 'mm9_chr', 255))
  20       self.failUnlessEqual(out[1], 'mm9_chr13_random 1240 1272 read 0 - - - 255,255,0\n')
  21
  22
  23     def test_multi_2_0_0_limit_1(self):
  24       instream = StringIO('>HWI-EAS229_26_209LVAAXX:7:3:104:586    GTTCTCGCATAAACTNACTCTNAATAGATTCA 2:0:0   mm9_chr4.fa:42995432F0,mm9_chrX.fa:101541458F0')
  25       out = StringIO()
  26
  27       out = list(makebed.make_bed_from_multi_eland_generator(instream, 'name', 'desc', 'mm9_chr', 1))
  28       self.failUnlessEqual(len(out), 1)
  29
  30     def test_multi_2_0_0_limit_255(self):
  31       instream = StringIO('>HWI-EAS229_26_209LVAAXX:7:3:104:586    GTTCTCGCATAAACTNACTCTNAATAGATTCA 2:0:0   mm9_chr4.fa:42995432F0,mm9_chrX.fa:101541458F0')
  32       out = StringIO()
  33
  34       out = list(makebed.make_bed_from_multi_eland_generator(instream, 'name', 'desc', 'mm9_chr', 255))
  35       self.failUnlessEqual(len(out), 3)
  36       self.failUnlessEqual(out[1],
  37         'mm9_chr4 42995432 42995464 read 0 + - - 0,0,255\n')
  38       self.failUnlessEqual(out[2],
  39         'mm9_chrX 101541458 101541490 read 0 + - - 0,0,255\n')
  40
  41     def test_multi_0_2_0_limit_1(self):
  42       instream = StringIO('>HWI-EAS229_26_209LVAAXX:7:3:115:495    TCTCCCTGAAAAATANAAGTGNTGTTGGTGAG        0:2:1   mm9_chr14.fa:104434729F2,mm9_chr16.fa:63263818R1,mm9_chr2.fa:52265438R1')
  43       out = StringIO()
  44
  45       out = list(makebed.make_bed_from_multi_eland_generator(instream, 'name', 'desc', 'mm9_chr', 1))
  46       self.failUnlessEqual(len(out), 1)
  47
  48
  49 def suite():
  50     from unittest import TestSuite, defaultTestLoader
  51     suite = TestSuite()
  52     suite.addTests(defaultTestLoader.loadTestsFromTestCase(testMakeBed))
  53     return suite
  54
  55
  56 if __name__ == "__main__":
  57     from unittest import main
  58     main(defaultTest="suite")