samplebc/samples/models.py

   1 from django.db import models
   2 from django.db.models import signals
   3 from django.contrib.auth.models import User, Group
   4
   5 from samplebc import settings
   6
   7
   8 #AUDIT_TYPES = [('Create', 'Create'),
   9 #               ('Update', 'Update'),
  10 #               ('Delete', 'Delete')]
  11
  12 EXP_TYPES = [('RNASeq', 'RNASeq'),
  13              ('ChIPSeq','ChIPSeq'),
  14              ('DeNovoSeq','DeNovoSeq'),
  15              ('MethylSeq','MethylSeq')]
  16
  17 FREEZER_BUILDINGS = [('Kerckhoff', 'Kerckhoff')]
  18
  19
  20
  21 class Owner(models.Model):
  22     name = models.CharField(max_length=32)
  23
  24     def __unicode__(self):
  25         return u'%s' % (self.name)
  26
  27
  28 class Freezer(models.Model):
  29     name = models.CharField(max_length=256)
  30     building = models.CharField(max_length=256, choices=FREEZER_BUILDINGS,
  31                                 default=FREEZER_BUILDINGS[0][0])
  32     loc_desc = models.CharField(max_length=256, blank=True, null=True)
  33     temperature = models.FloatField(help_text='Celsius')
  34
  35     notes = models.TextField(blank=True, null=True)
  36
  37     uuid = models.CharField(max_length=32, unique=True)
  38
  39     def __unicode__(self):
  40         return u'%s (%s; %sC)' % (self.name, self.building, self.temperature)
  41
  42     @models.permalink
  43     def get_absolute_url(self):
  44         return ('samplebc.samples.views.freezer_summary', [str(self.uuid)])
  45
  46
  47 class SampleType(models.Model):
  48     name = models.CharField(max_length=256)
  49
  50     def __unicode__(self):
  51         return u'%s' % (self.name)
  52
  53
  54 class Container(models.Model):
  55     name = models.CharField(max_length=256, unique=True)
  56     sample_type = models.ManyToManyField(SampleType)
  57     max_items = models.IntegerField()
  58     freezer = models.ForeignKey(Freezer)
  59
  60     notes = models.TextField(blank=True, null=True)
  61
  62     uuid = models.CharField(max_length=32, unique=True)
  63
  64     def __unicode__(self):
  65         return u'%s (spc: %s)' % (self.name, self.space_available())
  66
  67     @models.permalink
  68     def get_absolute_url(self):
  69         return ('samplebc.samples.views.container_summary', [str(self.uuid)])
  70
  71     def space_available(self):
  72         """
  73         returns the space available for the container
  74         """
  75         return (self.max_items - self.sample_set.count())
  76
  77
  78 class Sample(models.Model):
  79     name = models.CharField(max_length=256, unique=True)
  80     #sampleid = models.CharField(max_length=64, unique=True)
  81     sampleid = models.CharField(max_length=64, unique=True)
  82     sample_type = models.ForeignKey(SampleType)
  83     owner = models.ForeignKey(Owner)
  84
  85     description = models.TextField()
  86
  87     # Concentration in ng/ul
  88     concentration = models.FloatField(help_text='ng/ul', blank=True, null=True)
  89     volume = models.FloatField(help_text='ul', blank=True, null=True)
  90     container = models.ForeignKey(Container, blank=True, null=True)
  91
  92     def __unicode__(self):
  93         return u's|%s|%s' % (self.sampleid, self.owner.name)
  94
  95     @models.permalink
  96     def get_absolute_url(self):
  97         return ('samplebc.samples.views.sample_summary', [str(self.sampleid)])
  98
  99 def assign_sample_id(sender, instance, **kwargs):
 100
 101     print 'Instance ID: %s' % (instance.id)
 102     if instance.sampleid is None or len(instance.sampleid) == 0:
 103         instance.sampleid = settings.HTSW_SAMPLE_ID_TEMPLATE % (instance.id)
 104         instance.save()
 105
 106 signals.post_save.connect(assign_sample_id, sender=Sample)
 107