samplebc/samples/models.py

   1 from django.db import models
   2 from django.db.models import signals
   3 from django.contrib.auth.models import User, Group
   4
   5 #AUDIT_TYPES = [('Create', 'Create'),
   6 #               ('Update', 'Update'),
   7 #               ('Delete', 'Delete')]
   8
   9 EXP_TYPES = [('RNASeq', 'RNASeq'),
  10              ('ChIPSeq','ChIPSeq'),
  11              ('DeNovoSeq','DeNovoSeq'),
  12              ('MethylSeq','MethylSeq')]
  13
  14 FREEZER_BUILDINGS = [('Kerckhoff', 'Kerckhoff')]
  15
  16
  17
  18 class Owner(models.Model):
  19     name = models.CharField(max_length=32)
  20
  21     def __unicode__(self):
  22         return u'%s' % (self.name)
  23
  24
  25 class Freezer(models.Model):
  26     name = models.CharField(max_length=256)
  27     building = models.CharField(max_length=256, choices=FREEZER_BUILDINGS,
  28                                 default=FREEZER_BUILDINGS[0][0])
  29     loc_desc = models.CharField(max_length=256, blank=True, null=True)
  30     temperature = models.FloatField(help_text='Celsius')
  31
  32     notes = models.TextField(blank=True, null=True)
  33
  34     uuid = models.CharField(max_length=32, unique=True)
  35
  36     def __unicode__(self):
  37         return u'%s (%s; %sC)' % (self.name, self.building, self.temperature)
  38
  39     @models.permalink
  40     def get_absolute_url(self):
  41         return ('samplebc.samples.views.freezer_summary', [str(self.uuid)])
  42
  43
  44 class SampleType(models.Model):
  45     name = models.CharField(max_length=256)
  46
  47     def __unicode__(self):
  48         return u'%s' % (self.name)
  49
  50
  51 class Container(models.Model):
  52     name = models.CharField(max_length=256)
  53     sample_type = models.ManyToManyField(SampleType)
  54     max_items = models.IntegerField()
  55     freezer = models.ForeignKey(Freezer)
  56
  57     notes = models.TextField(blank=True, null=True)
  58
  59     uuid = models.CharField(max_length=32, unique=True)
  60
  61     def __unicode__(self):
  62         return u'%s (spc: %s)' % (self.name, self.space_available())
  63
  64     @models.permalink
  65     def get_absolute_url(self):
  66         return ('samplebc.samples.views.container_summary', [str(self.uuid)])
  67
  68     def space_available(self):
  69         """
  70         returns the space available for the container
  71         """
  72         return (self.max_items - self.sample_set.count())
  73
  74
  75 class Sample(models.Model):
  76     name = models.CharField(max_length=256)
  77     sampleid = models.CharField(max_length=64, unique=True)
  78     sample_type = models.ForeignKey(SampleType)
  79     owner = models.ForeignKey(Owner)
  80
  81     description = models.TextField()
  82
  83     # Concentration in ng/ul
  84     concentration = models.FloatField(help_text='ng/ul', blank=True, null=True)
  85     volume = models.FloatField(help_text='ul', blank=True, null=True)
  86     container = models.ForeignKey(Container, blank=True, null=True)
  87
  88     def __unicode__(self):
  89         return u's|%s|%s' % (self.sampleid, self.owner.name)
  90
  91     @models.permalink
  92     def get_absolute_url(self):
  93         return ('samplebc.samples.views.sample_summary', [str(self.sampleid)])
  94