samples/admin.py

   1 from __future__ import absolute_import, print_function, unicode_literals
   2
   3 from django.contrib import admin
   4 from django.contrib.admin import widgets
   5 from django.contrib.auth.admin import UserAdmin
   6 from django.contrib.auth.forms import UserCreationForm, UserChangeForm
   7 from django.template import Context, Template
   8
   9 from .models import (
  10     AccessionAgency,
  11     LibraryAccession,
  12     Antibody,
  13     Cellline,
  14     Condition,
  15     ExperimentType,
  16     HTSUser,
  17     LibraryType,
  18     MultiplexIndex,
  19     Species,
  20     Affiliation,
  21     Library
  22 )
  23 from experiments.models import Lane
  24 from inventory.models import PrinterTemplate
  25 from bcmagic.utils import print_zpl_socket
  26
  27 # Let's disable those pesky delete everything by accident features.
  28 admin.site.disable_action('delete_selected')
  29
  30
  31 class AccessionAgencyOptions(admin.ModelAdmin):
  32     model = AccessionAgency
  33
  34
  35 class LibraryAccessionOptions(admin.ModelAdmin):
  36     model = LibraryAccession
  37     search_fields = ('accession', 'library')
  38     list_filter = ('agency', 'created',)
  39     list_display = ('accession', 'library', 'created')
  40
  41
  42 class LibraryAccessionInline(admin.TabularInline):
  43     model = LibraryAccession
  44     fieldsets = (
  45         (None, {
  46             'fields': ('agency', 'accession', 'accession_url')
  47         }),
  48     )
  49
  50
  51 class AffiliationOptions(admin.ModelAdmin):
  52     list_display = ('name', 'contact', 'email')
  53     fieldsets = (
  54         (None, {
  55             'fields': (('name', 'contact', 'email', 'users'))
  56         }),
  57     )
  58
  59     # some post 1.0.2 version of django has formfield_overrides
  60     # which would replace this code with:
  61     # formfield_overrids = {
  62     #   models.ManyToMany: { 'widget': widgets.FilteredSelectMultiple }
  63     # }
  64     def formfield_for_dbfield(self, db_field, **kwargs):
  65         if db_field.name == 'users':
  66             kwargs['widget'] = widgets.FilteredSelectMultiple(
  67                 db_field.verbose_name,
  68                 (db_field.name in self.filter_vertical))
  69         rv = super(AffiliationOptions, self).formfield_for_dbfield(
  70             db_field,
  71             **kwargs)
  72         #  print db_field.name, kwargs
  73         return rv
  74
  75
  76 class AntibodyOptions(admin.ModelAdmin):
  77     search_fields = ('antigene', 'nickname', 'catalog',
  78                      'antibodies', 'source', 'biology', 'notes')
  79     list_display = ('antigene', 'nickname', 'antibodies',
  80                     'catalog', 'source', 'biology', 'notes')
  81     list_filter = ('antibodies', 'source')
  82     fieldsets = (
  83         (None, {
  84             'fields': (('antigene', 'nickname', 'antibodies'),
  85                        ('catalog', 'source'),
  86                        ('biology'),
  87                        ('notes'))
  88         }),
  89     )
  90
  91
  92 class CelllineOptions(admin.ModelAdmin):
  93     list_display = ('cellline_name', 'notes')
  94     search_fields = ('cellline_name', 'nickname', 'notes')
  95     fieldsets = (
  96         (None, {
  97             'fields': (('cellline_name', 'nickname',),
  98                        ('notes'),)
  99         }),
 100     )
 101
 102
 103 class ConditionOptions(admin.ModelAdmin):
 104     list_display = (('condition_name'), ('notes'),)
 105     fieldsets = (
 106         (None, {
 107             'fields': (('condition_name'),
 108                        ('nickname'),
 109                        ('notes'),)
 110         }),
 111     )
 112
 113
 114 class ExperimentTypeOptions(admin.ModelAdmin):
 115     model = ExperimentType
 116     list_display = ('name',)
 117     fieldsets = ((None, {'fields': ('name',)}),)
 118
 119
 120 class HTSUserCreationForm(UserCreationForm):
 121     class Meta:
 122         model = HTSUser
 123         fields = ('username', 'first_name', 'last_name')
 124
 125
 126 class HTSUserChangeForm(UserChangeForm):
 127     class Meta:
 128         model = HTSUser
 129         fields = ('username', 'first_name', 'last_name')
 130
 131
 132 class HTSUserOptions(UserAdmin):
 133     form = HTSUserChangeForm
 134     add_form = HTSUserCreationForm
 135
 136
 137 class LaneLibraryInline(admin.StackedInline):
 138     model = Lane
 139     extra = 0
 140
 141
 142 class Library_Inline(admin.TabularInline):
 143     model = Library
 144
 145
 146 class LibraryTypeOptions(admin.ModelAdmin):
 147     list_display = ['name', 'is_paired_end', 'can_multiplex']
 148     model = LibraryType
 149
 150
 151 class MultiplexIndexOptions(admin.ModelAdmin):
 152     model = MultiplexIndex
 153     list_display = ['adapter_type', 'multiplex_id', 'sequence']
 154
 155
 156 class LibraryOptions(admin.ModelAdmin):
 157     class Media:
 158         css = {
 159             "all": ("css/wide_account_number.css",)
 160             }
 161
 162     date_hierarchy = "creation_date"
 163     save_as = True
 164     save_on_top = True
 165     search_fields = (
 166         'id',
 167         'library_name',
 168         'cell_line__cellline_name',
 169         'library_species__scientific_name',
 170         'library_species__common_name',
 171         'libraryaccession__accession',
 172     )
 173     list_display = (
 174         'id',
 175         'library_name',
 176         'index_sequence_text',
 177         'affiliation',
 178         'undiluted_concentration',
 179         'gel_cut_size',
 180         'creation_date',
 181     )
 182     list_filter = (
 183         'hidden',
 184         'experiment_type',
 185         'library_type',
 186         # 'cell_line',
 187         'stopping_point',
 188         'made_by',
 189         'library_species',
 190         'affiliations',
 191         )
 192     list_display_links = ('id', 'library_name',)
 193     fieldsets = (
 194         (None, {
 195             'fields': (
 196                 ('id', 'library_name', 'hidden'),
 197                 ('library_species', 'experiment_type'),
 198                 ('library_type', 'multiplex_id'),
 199             )
 200         }),
 201         ('Experiment Detail:', {
 202             'fields': (
 203                 ('cell_line', 'replicate',),
 204                 ('condition',),
 205                 ('antibody', )
 206             ),
 207             'classes': ('collapse',),
 208         }),
 209         ('Creation Information:', {
 210             'fields': (
 211                 ('made_by', 'creation_date', 'stopping_point'),
 212                 ('amplified_from_sample'),
 213                 ('gel_cut_size', 'insert_size', 'undiluted_concentration'),
 214                 ('bioanalyzer_concentration', 'bioanalyzer_image_url'),
 215                 ('bioanalyzer_summary'),
 216                 ('notes'))
 217         }),
 218         ('Library/Project Affiliation:', {
 219             'fields': (('account_number', 'affiliations'),)
 220         }),
 221     )
 222     inlines = [
 223         LaneLibraryInline,
 224         LibraryAccessionInline,
 225     ]
 226     actions = ['action_print_library_labels']
 227
 228     def action_print_library_labels(self, request, queryset):
 229         """Django action which prints labels for the selected set of labels from the
 230         Django Admin interface.
 231         """
 232
 233         # Probably should ask if the user really meant to print all selected
 234         # libraries if the count is above X. X=10 maybe?
 235
 236         # Grab the library template
 237         # FIXME: Hardcoding library template name. Not a good idea... *sigh*.
 238         EVIL_HARDCODED_LIBRARY_TEMPLATE_NAME = "Library"
 239
 240         try:
 241             template = PrinterTemplate.objects.get(
 242                 item_type__name=EVIL_HARDCODED_LIBRARY_TEMPLATE_NAME)
 243         except PrinterTemplate.DoesNotExist:
 244             self.message_user(
 245                 request,
 246                 "Could not find a library template with ItemType.name of '%s'" %
 247                 (EVIL_HARDCODED_LIBRARY_TEMPLATE_NAME))
 248             return
 249
 250         # ZPL Template
 251         t = Template(template.template)
 252
 253         zpl_list = []
 254         # Iterate over selected labels to print
 255         for library in queryset.all():
 256
 257             # Django Template Context
 258             c = Context({'library': library})
 259
 260             # Send rendered template to the printer that the template
 261             #  object has been attached to in the database.
 262             zpl_list.append(t.render(c))
 263
 264         print_zpl_socket(zpl_list, host=template.printer.ip_address)
 265
 266         self.message_user(request, "%s labels printed." % (len(queryset)))
 267
 268     action_print_library_labels.short_description = "Print Labels"
 269
 270     def formfield_for_dbfield(self, db_field, **kwargs):
 271         # Override Field type
 272         if db_field.name in ('affiliations', 'tags'):
 273             kwargs['widget'] = widgets.FilteredSelectMultiple(
 274                 db_field.verbose_name,
 275                 (db_field.name in self.filter_vertical)
 276             )
 277         field = super(LibraryOptions, self).formfield_for_dbfield(db_field,
 278                                                                   **kwargs)
 279         # Override field attributes
 280         if db_field.name == "bioanalyzer_summary":
 281             field.widget.attrs["rows"] = "3"
 282         return field
 283
 284
 285 class SpeciesOptions(admin.ModelAdmin):
 286     fieldsets = (
 287       (None, {
 288           'fields': (('scientific_name', 'common_name'),)
 289       }),
 290     )
 291
 292
 293 class TagOptions(admin.ModelAdmin):
 294     list_display = ('tag_name', 'context')
 295     fieldsets = (
 296         (None, {
 297             'fields': ('tag_name', 'context')
 298         }),
 299     )
 300
 301 admin.site.register(AccessionAgency, AccessionAgencyOptions)
 302 admin.site.register(LibraryAccession, LibraryAccessionOptions)
 303 admin.site.register(Library, LibraryOptions)
 304 admin.site.register(Affiliation, AffiliationOptions)
 305 admin.site.register(Antibody, AntibodyOptions)
 306 admin.site.register(Cellline, CelllineOptions)
 307 admin.site.register(Condition, ConditionOptions)
 308 admin.site.register(ExperimentType, ExperimentTypeOptions)
 309 admin.site.register(LibraryType, LibraryTypeOptions)
 310 admin.site.register(MultiplexIndex, MultiplexIndexOptions)
 311 admin.site.register(Species, SpeciesOptions)