samples/samples_factory.py

   1 from __future__ import unicode_literals
   2
   3 import datetime
   4
   5 import factory
   6 from factory.django import DjangoModelFactory
   7 from factory.fuzzy import FuzzyChoice, FuzzyText, FuzzyInteger
   8 from . import models
   9
  10 class AffiliationFactory(DjangoModelFactory):
  11     class Meta:
  12         model = models.Affiliation
  13
  14     name = FuzzyText(prefix='affiliation ')
  15     contact = 'contact name'
  16     email = factory.LazyAttribute(lambda obj: '%s@example.com' % obj.name)
  17
  18     @factory.post_generation
  19     def users(self, create, extracted, **kwargs):
  20         if not create:
  21             return
  22
  23         if extracted:
  24             for user in extracted:
  25                 self.users.add(user)
  26
  27 class AntibodyFactory(DjangoModelFactory):
  28     class Meta:
  29         model = models.Antibody
  30         django_get_or_create = ('antigene',)
  31
  32     antigene = 'antigene'
  33     nickname = 'short name'
  34     catalog = 'catalog #'
  35     antibodies = 'antibody'
  36     source = 'source'
  37     biology = 'some biological description'
  38     notes = 'some notes'
  39
  40
  41 class CelllineFactory(DjangoModelFactory):
  42     class Meta:
  43         model = models.Cellline
  44
  45     cellline_name = 'Test'
  46     nickname = 'Test'
  47     notes = 'Notes'
  48
  49
  50 class ConditionFactory(DjangoModelFactory):
  51     class Meta:
  52         model = models.Condition
  53
  54     condition_name = 'condition name'
  55     nicname = 'nickname'
  56     notes = 'notes'
  57
  58 class ExperimentTypeFactory(DjangoModelFactory):
  59     class Meta:
  60         model = models.ExperimentType
  61         django_get_or_create = ('name',)
  62
  63     name = 'experiment type name'
  64
  65 class HTSUserFactory(DjangoModelFactory):
  66     class Meta:
  67         model = models.HTSUser
  68         django_get_or_create = ('username',)
  69
  70     username = 'username'
  71     email = factory.LazyAttribute(lambda obj: '%s@example.org' % obj.username)
  72     is_staff = False
  73     is_superuser = False
  74
  75 #class Tag
  76
  77 class SpeciesFactory(DjangoModelFactory):
  78     class Meta:
  79         model = models.Species
  80
  81     scientific_name = FuzzyText(prefix='scientific name ')
  82     common_name = FuzzyText(prefix='common name ')
  83
  84 class LibraryTypeFactory(DjangoModelFactory):
  85     class Meta:
  86         model = models.LibraryType
  87
  88     is_paired_end = FuzzyChoice([True, False])
  89     can_multiplex = FuzzyChoice([True, False])
  90     name = FuzzyText(prefix='library type ')
  91
  92 class MultiplexIndexFactory(DjangoModelFactory):
  93     class Meta:
  94         model = models.MultiplexIndex
  95
  96     adapter_type = factory.SubFactory(LibraryTypeFactory)
  97     multiplex_id = factory.LazyAttribute(lambda o: 'N{}'.format(o.sequence))
  98     sequence = FuzzyText(length=5, chars='AGCT')
  99
 100 class LibraryFactory(DjangoModelFactory):
 101     class Meta:
 102         model = models.Library
 103
 104     id = factory.Sequence(lambda n: str(10000 + n))
 105     library_name = factory.LazyAttribute(lambda o: 'Library %s' % (o.id))
 106     library_species = factory.SubFactory(SpeciesFactory)
 107     experiment_type = factory.SubFactory(ExperimentTypeFactory)
 108     creation_date = datetime.datetime.now()
 109     gel_cut_size = 400
 110     made_for = 'scientist unit 2007'
 111     made_by = 'microfluidics bot 7321'
 112     stopping_point = '2A'
 113     undiluted_concentration = '5.01'
 114     hidden = False
 115     library_type = factory.SubFactory(LibraryTypeFactory)