samples/samples_factory.py

   1 import datetime
   2
   3 import factory
   4 from factory.django import DjangoModelFactory
   5 from factory.fuzzy import FuzzyChoice, FuzzyText, FuzzyInteger
   6 from . import models
   7
   8 class AffiliationFactory(DjangoModelFactory):
   9     class Meta:
  10         model = models.Affiliation
  11
  12     name = FuzzyText(prefix='affiliation ')
  13     contact = 'contact name'
  14     email = factory.LazyAttribute(lambda obj: '%s@example.com' % obj.name)
  15
  16     @factory.post_generation
  17     def users(self, create, extracted, **kwargs):
  18         if not create:
  19             return
  20
  21         if extracted:
  22             for user in extracted:
  23                 self.users.add(user)
  24
  25 class AntibodyFactory(DjangoModelFactory):
  26     class Meta:
  27         model = models.Antibody
  28         django_get_or_create = ('antigene',)
  29
  30     antigene = 'antigene'
  31     nickname = 'short name'
  32     catalog = 'catalog #'
  33     antibodies = 'antibody'
  34     source = 'source'
  35     biology = 'some biological description'
  36     notes = 'some notes'
  37
  38
  39 class CelllineFactory(DjangoModelFactory):
  40     class Meta:
  41         model = models.Cellline
  42
  43     cellline_name = 'Test'
  44     nickname = 'Test'
  45     notes = 'Notes'
  46
  47
  48 class ConditionFactory(DjangoModelFactory):
  49     class Meta:
  50         model = models.Condition
  51
  52     condition_name = 'condition name'
  53     nicname = 'nickname'
  54     notes = 'notes'
  55
  56 class ExperimentTypeFactory(DjangoModelFactory):
  57     class Meta:
  58         model = models.ExperimentType
  59         django_get_or_create = ('name',)
  60
  61     name = 'experiment type name'
  62
  63 class HTSUserFactory(DjangoModelFactory):
  64     class Meta:
  65         model = models.HTSUser
  66         django_get_or_create = ('username',)
  67
  68     username = 'username'
  69     email = factory.LazyAttribute(lambda obj: '%s@example.org' % obj.username)
  70     is_staff = False
  71     is_superuser = False
  72
  73 #class Tag
  74
  75 class SpeciesFactory(DjangoModelFactory):
  76     class Meta:
  77         model = models.Species
  78
  79     scientific_name = FuzzyText(prefix='scientific name ')
  80     common_name = FuzzyText(prefix='common name ')
  81
  82 class LibraryTypeFactory(DjangoModelFactory):
  83     class Meta:
  84         model = models.LibraryType
  85
  86     is_paired_end = FuzzyChoice([True, False])
  87     can_multiplex = FuzzyChoice([True, False])
  88     name = FuzzyText(prefix='library type ')
  89
  90 class MultiplexIndexFactory(DjangoModelFactory):
  91     class Meta:
  92         model = models.MultiplexIndex
  93
  94     adapter_type = factory.SubFactory(LibraryTypeFactory)
  95     multiplex_id = factory.LazyAttribute(lambda o: 'N{}'.format(o.sequence))
  96     sequence = FuzzyText(length=5, chars='AGCT')
  97
  98 class LibraryFactory(DjangoModelFactory):
  99     class Meta:
 100         model = models.Library
 101
 102     id = factory.Sequence(lambda n: str(10000 + n))
 103     library_name = factory.LazyAttribute(lambda o: 'Library %s' % (o.id))
 104     library_species = factory.SubFactory(SpeciesFactory)
 105     experiment_type = factory.SubFactory(ExperimentTypeFactory)
 106     creation_date = datetime.datetime.now()
 107     gel_cut_size = 400
 108     made_for = 'scientist unit 2007'
 109     made_by = 'microfluidics bot 7321'
 110     stopping_point = '2A'
 111     undiluted_concentration = '5.01'
 112     hidden = False
 113     library_type = factory.SubFactory(LibraryTypeFactory)