samples/samples_factory.py

   1 from __future__ import unicode_literals
   2
   3 import datetime
   4
   5 from factory import LazyAttribute, Sequence, SubFactory, post_generation
   6 from factory.django import DjangoModelFactory
   7 from factory.fuzzy import FuzzyChoice, FuzzyText
   8 from . import models
   9
  10
  11 class AffiliationFactory(DjangoModelFactory):
  12     class Meta:
  13         model = models.Affiliation
  14
  15     name = FuzzyText(prefix='affiliation ')
  16     contact = 'contact name'
  17     email = LazyAttribute(lambda obj: '%s@example.com' % obj.name)
  18
  19     @post_generation
  20     def users(self, create, extracted, **kwargs):
  21         if not create:
  22             return
  23
  24         if extracted:
  25             for user in extracted:
  26                 self.users.add(user)
  27
  28 class AntibodyFactory(DjangoModelFactory):
  29     class Meta:
  30         model = models.Antibody
  31         django_get_or_create = ('antigene',)
  32
  33     antigene = 'antigene'
  34     nickname = 'short name'
  35     catalog = 'catalog #'
  36     antibodies = 'antibody'
  37     source = 'source'
  38     biology = 'some biological description'
  39     notes = 'some notes'
  40
  41
  42 class CelllineFactory(DjangoModelFactory):
  43     class Meta:
  44         model = models.Cellline
  45
  46     cellline_name = 'Test'
  47     nickname = 'Test'
  48     notes = 'Notes'
  49
  50
  51 class ConditionFactory(DjangoModelFactory):
  52     class Meta:
  53         model = models.Condition
  54
  55     condition_name = 'condition name'
  56     nicname = 'nickname'
  57     notes = 'notes'
  58
  59 class ExperimentTypeFactory(DjangoModelFactory):
  60     class Meta:
  61         model = models.ExperimentType
  62         django_get_or_create = ('name',)
  63
  64     name = 'experiment type name'
  65
  66 class HTSUserFactory(DjangoModelFactory):
  67     class Meta:
  68         model = models.HTSUser
  69         django_get_or_create = ('username',)
  70
  71     username = 'username'
  72     email = LazyAttribute(lambda obj: '%s@example.org' % obj.username)
  73     is_staff = False
  74     is_superuser = False
  75
  76 #class Tag
  77
  78 class SpeciesFactory(DjangoModelFactory):
  79     class Meta:
  80         model = models.Species
  81
  82     scientific_name = FuzzyText(prefix='scientific name ')
  83     common_name = FuzzyText(prefix='common name ')
  84
  85 class LibraryTypeFactory(DjangoModelFactory):
  86     class Meta:
  87         model = models.LibraryType
  88
  89     is_paired_end = FuzzyChoice([True, False])
  90     can_multiplex = FuzzyChoice([True, False])
  91     name = FuzzyText(prefix='library type ')
  92
  93 class MultiplexIndexFactory(DjangoModelFactory):
  94     class Meta:
  95         model = models.MultiplexIndex
  96
  97     adapter_type = SubFactory(LibraryTypeFactory)
  98     multiplex_id = LazyAttribute(lambda o: 'N{}'.format(o.sequence))
  99     sequence = FuzzyText(length=5, chars='AGCT')
 100
 101 class LibraryFactory(DjangoModelFactory):
 102     class Meta:
 103         model = models.Library
 104
 105     id = Sequence(lambda n: str(10000 + n))
 106     library_name = LazyAttribute(lambda o: 'Library %s' % (o.id))
 107     library_species = SubFactory(SpeciesFactory)
 108     experiment_type = SubFactory(ExperimentTypeFactory)
 109     creation_date = datetime.datetime.now()
 110     gel_cut_size = 400
 111     made_for = 'scientist unit 2007'
 112     made_by = 'microfluidics bot 7321'
 113     stopping_point = '2A'
 114     undiluted_concentration = '5.01'
 115     hidden = False
 116     library_type = SubFactory(LibraryTypeFactory)
 117
 118
 119 class AccessionAgencyFactory(DjangoModelFactory):
 120     class Meta:
 121         model = models.AccessionAgency
 122
 123     name = FuzzyText(prefix="agency ")
 124     homepage = FuzzyText(prefix="http://", suffix=".example.com")
 125     library_template = LazyAttribute(lambda o: "%s/library/{}" % (o.homepage,))
 126
 127
 128 class LibraryAccessionFactory(DjangoModelFactory):
 129     class Meta:
 130         model = models.LibraryAccession
 131
 132     accession = FuzzyText(prefix="ACC")
 133     agency = SubFactory(AccessionAgencyFactory)
 134     created = datetime.datetime.now()