scripts/configure_pipeline

   1 #!/usr/bin/env python
   2 import sys
   3 from gaworkflow.pipeline.configure_run import *
   4
   5 def main(args=None):
   6   ci = ConfigInfo()
   7
   8   flowcell = 'FC12150'
   9   cfg_filepath = 'config32auto.txt'
  10   genome_dir = '/home/king/trog_drive/'
  11
  12   status_retrieve_cfg = retrieve_config(ci, flowcell, cfg_filepath, genome_dir)
  13   if status_retrieve_cfg:
  14     print "Retrieve config file successful"
  15   else:
  16     print "Failed to retrieve config file"
  17   #ci.config_filepath = 'config32bk.txt'
  18
  19   if status_retrieve_cfg:
  20     status = configure(ci)
  21     if status:
  22       print "Configure success"
  23     else:
  24       print "Configure failed"
  25
  26     print 'Run Dir:', ci.run_path
  27     print 'Bustard Dir:', ci.bustard_path
  28
  29     if status:
  30       print 'Running pipeline now!'
  31       run_status = run_pipeline(ci)
  32       if run_status is True:
  33         print 'Pipeline ran successfully.'
  34         return 0
  35       else:
  36         print 'Pipeline run failed.'
  37         return 1
  38
  39     return 2
  40
  41 if __name__ == "__main__":
  42   sys.exit(main(sys.argv[1:]))