scripts/configure_pipeline

   1 #!/usr/bin/env python
   2 import os
   3 import sys
   4 from gaworkflow.pipeline.configure_run import *
   5 from gaworkflow.pipeline.monitors import startCmdLineStatusMonitor
   6
   7
   8 def main(args=None):
   9   ci = ConfigInfo()
  10
  11   #FIXME: make a better command line tool
  12   skip_retrieve_config = False
  13   if len(args) == 1:
  14     cfg_filepath = os.path.abspath(args[0])
  15     skip_retrieve_config = True
  16   else:
  17     cfg_filepath = os.path.abspath('config32auto.txt')
  18
  19   flowcell = 'FC12150'
  20   genome_dir = '/home/king/trog_drive/'
  21
  22   if not skip_retrieve_config:
  23     status_retrieve_cfg = retrieve_config(ci, flowcell, cfg_filepath, genome_dir)
  24     if status_retrieve_cfg:
  25       print "Retrieve config file successful"
  26     else:
  27       print "Failed to retrieve config file"
  28   else:
  29     print "Config file %s provided from command-line" % (cfg_filepath)
  30     ci.config_filepath = cfg_filepath
  31     status_retrieve_cfg = True
  32
  33   if status_retrieve_cfg:
  34     status = configure(ci)
  35     if status:
  36       print "Configure success"
  37     else:
  38       print "Configure failed"
  39
  40     print 'Run Dir:', ci.run_path
  41     print 'Bustard Dir:', ci.bustard_path
  42
  43     if status:
  44       # Setup status cmdline status monitor
  45       startCmdLineStatusMonitor(ci)
  46
  47       print 'Running pipeline now!'
  48       run_status = run_pipeline(ci)
  49       if run_status is True:
  50         print 'Pipeline ran successfully.'
  51         return 0
  52       else:
  53         print 'Pipeline run failed.'
  54         return 1
  55
  56     return 2
  57
  58 if __name__ == "__main__":
  59   sys.exit(main(sys.argv[1:]))